一株柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016的全基因序列分析

对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016（简称V1641）全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点。设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。V1641毒株基因组全长7 392nt,5’-UTR和3’-UTR分别长744nt和90nt,编码区长6 558nt,与其他CVB5相比未见核苷酸的插入和缺失,编码一个2 185aa的多聚蛋白。CVB5流行株大体上分为两个基因组,中国大陆流行株同原型株Faulkner一起分布于GenogroupⅠ分支,外国流行株大多分布于GenogroupⅡ分支。在GenBank中,V1641与KY303900-417/JS-CHN-2013最为同源,相似性为97.86%。V1641与其他中国大陆流行株的全基因组序列的核苷酸和氨基酸相似性分别为85.1%～97.8%和97.1%～99.6%。V1641在P1、P2和P3区段均与EV-B不同血清型的原型株聚类,经...     

五龙鹅MHC ClassⅠ基因克隆及同源建模研究

主要组织相容性复合体(MHC)与动物机体对外源性抗原的免疫应答之间存在关联。从GenBank/DDBJ/EMBL基因库中读取鸡、其他鸟类、爬行类和哺乳类的MHC ClassⅠ基因进行序列分析设计引物, 使用LA-PCR法从五龙鹅的基因组中克隆了MHC ClassⅠ基因序列(DNA序列和mRNA序列GenBank登录号分别为: AM114925和AM114924), 并分析其基因组结构。运用生物信息学技术对测序结果进行分析显示: 基因组DNA由8个外显子和7个内含子组成, 与鸡基因序列同源率为60.8%~64.1%, 与人的同源率为42.9%。分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸡、其他鸟类、爬行类、哺乳类以及人类的进化关系, 同源建模分析发现该基因由氨基末端结构域和羧基末端结构域构成。     

HAV病毒液的3种浓缩方法比较

目的:对HAV病毒液的3种常见浓缩方法进行分析比较,为HAV病毒研究及规模化疫苗生产提供参考。方法:使用MILLIPORE PELLICON超滤、PEG 6000沉淀、蔗糖-甘油垫三种方法对纯化HAV病毒液进行浓缩,用ELISA方法对浓缩液进行抗原滴度检测,计算不同浓缩方法的回收率。结果:HAV病毒液经过7次超滤循环浓缩,平均回收率为86%;PEG浓缩方法回收率平均72.5%;蔗糖-甘油离心浓缩方法平均回收率53.3%。结论:蔗糖/甘油超离心法,集纯化浓缩一体,适用于样品量较少,需要高浓度样品的试验;PEG浓缩得率适中,操作简单,应用范围较广;超滤膜浓缩在大规模疫苗生产或样品量较大时适用,但需控制样品浓度及浓缩倍数不能太高,以免样品损失。     

HAV病毒液的3种浓缩方法比较

目的：对HAV病毒液的3种常见浓缩方法进行分析比较,为HAV病毒研究及规模化疫苗生产提供参考。方法：使用MILLIPOREPELLICON超滤、PEG6000沉淀、蔗糖．甘油垫三种方法对纯化HAV病毒液进行浓缩,用ELISA方法对浓缩液进行抗原滴度检测,计算不同浓缩方法的回收率。结果：HAV病毒液经过7次超滤循环浓缩,平均回收率为86％;PEG浓缩方法回收率平均72．5％;蔗糖．甘油离心浓缩方法平均回收率53．3％。结论：蔗糖／甘油超离心法,集纯化浓缩一体,适用于样品量较少,需要高浓度样品的试验;PEG浓缩得率适中,操作简单,应用范围较广;超滤膜浓缩在大规模疫苗生产或样品量较大时适用,但需控制样品浓度及浓缩倍数不能太高。以免样品损失。