基因组二代测序数据的自动化分析流程

二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多, 但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如：仅进行序列比对或变异读取或功能注释等), 如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入, 调用业界标准的数据处理软件(如：BWA, Samtools, GATK, ANNOVAR等), 最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行, 一站式输出分析结果和报告, 简化了数据分析过程中的人工操作, 大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。     

从microarray时序表达数据识别周期表达基因

根据周期表达基因的周期性和峰值特点,提出了一种将microarray时序表达数据划分为若干个基因表达周期,并对周期内的峰值特点进行评估以识别周期表达基因的方法,能有效减小microarray实验时的噪声干扰。选取了三组广泛使用的时序表达数据和一组可靠的周期表达基因集合对该方法的效果进行了测试,并与三种典型的周期表达基因识别方法的效果进行了比较。该方法能有效地从各种microarray时序表达数据中识别周期表达基因。