蛋白质功能预测方法概述

蛋白质是生物体内最必需也是最通用的大分子,对它们功能的认识对于科学领域和农业领域的发展有着至关重要的作用。随着后基因组时代的发展,NCBI数据库中迅速涌现出大量不明结构与功能的蛋白质序列,这些蛋白质序列甚至一跃成了研究的热点。近几十年来蛋白质功能预测的方法不断被完善。由最初的仅基于蛋白质序列或3D结构信息的方法衍生出更多的基于序列相似性、基于结构基序、基于相互作用网络等新方法,这些新型方法采用新的算法、新的研究思路和技术手段,力求得到准确性与普遍性并存,能够被广泛应用的蛋白质功能预测方法。本文综述了近年来蛋白质功能预测的方法,并将这些研究方法分类归纳,各自阐明了每类方法的优缺点。     

植物SnRK家族的研究进展

植物在自然界中面临各种环境侵害时候,如干旱、盐、低温和病菌袭击,会启动自身的抵御机制来适应各种侵害。蔗糖非发酵相关的蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)是广泛存在于植物中的一类Ser/Thr蛋白激酶,参与各种胁迫信号传导通路,对植物抵御不良环境起到重要作用。植物中蔗糖非发酵相关的蛋白激酶共有38个成员,可以分为3个亚家族:SnRK1、SnRK2和SnRK3。本文主要讨论SnRK家族的研究进展,揭示SnRK家族在植物抗逆中的重要作用。     

甲状腺微小癌颈部淋巴结转移超声特征及淋巴结转移危险因素Logistic回归分析

目的:观察甲状腺微小癌(TMC)颈部淋巴结转移的超声特征,分析TMC发生淋巴结转移的危险因素。方法:选择2013年5月~2017年6月经本院手术病理证实的TMC患者197例为研究对象,其中伴颈部淋巴结转移的60例为转移组,无颈部淋巴结转移的137例为非转移组,观察其超声图像特征,采用单因素和多因素Logistic回归分析法分析颈部淋巴结转移的独立危险因素。结果:197例TMC患者共224个病灶,术后病理证实60例(67个病灶)有颈部淋巴结转移,137例(157个病灶)无颈部淋巴结转移,以术后病理诊断结果为金标准,超声诊断TMC颈部淋巴结转移的敏感性为16.67%(10/60),特异性为94.89%(130/137),准确性为71.07%为(140/197),阳性预测值为58.82%(10/17),阴性预测值为72.22%(130/180)。单因素分析显示TMC颈部淋巴结转移与年龄、肿瘤最大径、肿瘤形态、钙化情况有关(P0.05)。多因素Logistic回归分析显示,年龄≤50岁、肿瘤形态不规则、微钙化是TMC颈部淋巴结转移的独立危险因素(P0.05)。结论:超声诊断TMC颈部淋巴结转移的敏感性低,TMC颈部淋巴结转移与年龄、肿瘤形态和钙化情况有关。