六妹羊肚菌PacBio基因组测序和DNA 6mA甲基化分析

羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时测序技术对我国四川省成功栽培的六妹羊肚菌Morchella sextelata SCLS菌株进行全基因组测序,获得其高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03%,包含42条重叠群（contigs）,重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒重复序列,为完整的染色体。通过链特异性RNA-seq测序和转录本拼接,并结合多种基因预测策略,预测到13 182个蛋白编码基因,包括267个碳水化合物活性酶,11个次生代谢产物合成基因簇。通过与内蒙古地区栽培的六妹羊肚菌菌株NZTD180501373基因组比较发现,六妹羊肚菌进化过程中可能发生过染色体重组事件,二者具有33 055个SNP和48 726个InDel位点差异,并且各自拥有超过6Mb的特有序列。此外,相比于梯棱羊肚菌M. importuna,六妹羊肚菌SCLS菌株中与逆转录转座酶有关的orthogroup发生了扩张,并且拥有5个成员数超过100的特有逆转录转座酶基因家族。对SCLS菌株中的DNA N⁶腺嘌呤甲基化（6mA）修饰进行了鉴定,发现SCLS菌株基因组中0.42%的腺嘌呤被6mA甲基化,其含量显著高于已报道的6种双核亚界（Dikarya）真菌。6mA甲基化位点在逆转录转座子上显著富集,表明六妹羊肚菌中6mA甲基化可能调控逆转录转座子的活性,这也是首次在真菌中报道6mA甲基化与转座子相关。     

小麦响应禾谷镰刀菌侵染的转录组学研究进展

由禾谷镰刀菌引起的小麦赤霉病直接为害作物穗部,不仅严重影响小麦产量,还可因为毒素污染问题威胁人畜健康。近年来对小麦与禾谷镰刀菌互作的转录组学研究带来了很多新见解,概述了小麦响应禾谷镰刀菌侵染的转录组学研究进展,主要比较了不同抗性品种、不同器官、不同籽粒发育时期的小麦穗部在禾谷镰刀菌侵染时的基因表达特征,总结了赤霉病感染时小麦的激素响应、信号传导、转录调控和防卫相关基因的表达规律,以期促进研究者对小麦响应禾谷镰刀菌侵染规律的理解。     

3"→5"核酸外切酶ERI-1调控多种RNA代谢的机制

ERI-1是一种3"→5"核糖核酸外切酶，具有一个类ERI-1_3"hExo结构域和一个SAP结构域，在真核生物中保守存在。ERI-1最初是在筛选秀丽隐杆线虫dsRNA敏感性增强突变体时发现的，是RNAi的重要调节因子。ERI-1通过与外源性RNAi组分竞争Dicer协调内源RNAi和外源性RNAi，并促进特定内源性siRNA的生成，且该功能为线虫特有。其还通过核酸外切酶活性降解siRNA及miRNA，负向调控RNAi。裂殖酵母ERI-1通过降解异染色质相关siRNA的水平，参与调控异染色质的形成。ERI-1在rRNA的加工和成熟中发挥重要作用。此外哺乳动物ERI-1在细胞周期S期末期降解组蛋白mRNA，从而推动细胞进入G2期。本文从结构、功能等方面概述了ERI-1调控多种RNA代谢的机制，探讨了其进化丢失问题和应用前景并对后续研究提出了建议。