研究基因表达的新方法—mRNA差别显示（DifferentialDisplay）：原理和应用

研究基因表达的新方法──ｍＲＮＡ差别显示（ＤｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌＤｉｓｐｌａｙ）：原理和应用何祖华,李德葆（浙江农业大学生物技术研究所杭州３１００２９）１原理和方法高等生物一般具有１０’个不同的基因,在单个细胞或个体中仅有约１５％的基因得到表达,产...     

团头鲂foxO基因家族的序列特征及表达分析

为了研究鱼类foxO(Forkhead box O)基因的功能, 基于组学测序及PCR扩增获得了团头鲂(Megalobrama amblycephala)foxO家族7个基因, foxO1a/b、foxO3a/b、foxO4和foxO6a/b的编码序列, 分别为1965、1892、1929、1959、1878、1803和2157 bp。SMART结构域分析显示该家族基因属于典型的FoxO家族蛋白, 具有保守的Forkhead、FOXO_KIX_bdg和 FOXO-TAD结构域。系统进化分析显示, 团头鲂FoxO与其他鲤科鱼类的同源基因具有较高的相似性。基于qPCR分析显示7个基因在所检测的9个组织中均有表达, 但在各组织间存在表达差异, 其中foxO4在血液中表达量最高, foxO6a在肝脏中表达量最高, 而foxO6b在脑中表达量最高。在胚胎早期发育过程中, foxO1a和foxO1b、foxO3a和foxO3b、foxO6a和foxO6b的表达模式类似; 而foxO4在发育早期, 除了体节出现期、眼色素沉淀晚期、体节生成期和受精后10d表达量高外, 其他时期表达量都比较低。经急性低氧处理后, 团头鲂foxO家族基因的表达水平在所检测的大部分组织中呈现显著上调趋势, 尤其是在肌肉组织中。基于JASPAR分析显示foxO家族基因都包含有Hif-1α结合位点, 利用双荧光素酶报告系统对foxO1b启动子进行了验证, 发现该基因受到Hif-1α调控。这些结果说明foxO基因可能通过Hif-1α介导的途径在团头鲂低氧应激中发挥重要作用。     

H19／IGF2基因印记调控机制研究进展

H19／IGF2基因是目前发现的为数不多的印记基因之一,两基因定位相近,表达调控相关,对个体的生长、发育及行为发展有重要作用,H19／IGF2印记异常与许多肿瘤的发生有关。H19／IGF2基因印记调控机制非常复杂,近年的研究发现与其共同竞争一套增强子、等位基因的差异性甲基化、染色质构型以及转录周期有关,但尚未形成公认的统一调节机制。     

逆转录病毒运载的人乙肝病毒（adr）X基因在辅助细胞中…

本文报道以人ａｄｒ亚型ＨＢＶ ＤＮＡ（３．２ｋｂ）为模板,经多聚酶链反应（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ,ＰＣＲ）扩增Ｘ基因片段（９４９ｂｐ）,以逆转录病毒体ｆＰＧＶ１为运载体,在它的克隆位点上插入Ｘ基因片段,由此获得逆转录病毒重组体ｆＰＧＶ１－Ｘ,并同时以含反向Ｘ基因顺序ｆＰＧＶ１－ａｎｔｉ－Ｘ及ｆＰＧＶ１为对照,通过对ψ２及ＰＡ３１７细胞的转染和感染,获得了高于１０＾４ｐｆ     

基于信息论k—modes聚类法的基因表达数据分析

k-均值聚类算法是一种广泛应用于基因表达数据聚类分析中的迭代变换算法,它通常用距离法来表示基因间的关系,但不能有效的反应基因间的相互依赖的关系。为此,提出基于信息论的k-modes聚类算法,克服了以上缺点。另外,还引入了伪F统计量,一方面,可以对空间中有部分重叠的点进行有效的分类;另一方面,可以给出最佳聚类数目,从而弥补了k-modes聚类法的不足。使其成为一种非常有效的算法,从而达到较优的聚类效果。     

抑瘤素M cDNA的克隆及表达研究

抑瘤素Ｍ是一种我功能的细胞生长调节因子,从ＰＭＡ刺激后的Ｕ９３７细胞系提取总ＲＮＡ,采用逆转录－ＰＣＲ方法分离到了抑瘤素Ｍ的ＣＤＮＡ;将抑瘤素Ｍ的ＣＤＮＡ克隆到质粒ＰＵＣ１９中,筛选三个阳性克隆进行序列分析,与国外报导序列完全一致;将抑瘤素Ｍ的ＣＤＮＡ克隆到质粒ＰＢＶ２２０后再转化ＤＨ５α进行模拟表达,ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析表明有ＯＳＭ表达,表达量约占细菌总蛋白５％,经过初步纯化的ＯＳＭ能明显抑制Ａ     

Correlation of genomic and expression alterations of AS3 with esophageal squamous cell carcinoma

Androgen-induced proliferation shutoff gene AS3, also known as APRIN, is a growth inhibitory gene that is in itially implicated inprostate cancer. This gene is required for androgen-dependent growth arrest and is a primary target for 1,25(OH)2D3 and androgens. Alle-lic loss at AS3 locus has been linked to a variety of cancers. However, the correlation of genomic and expression alterations of AS3 with esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is not well established. In this study, the genomic and expression alterations of AS3 in ESCC and their clinical significance are evaluated. Loss of beterozygosity (LOH) analysis using an AS3 intragenic mierosatellite marker D13S171 revealed 72% allelic loss at AS3 locus in ESCC, which is significantly correlated with higher pathological grade (P=0.042).RT-PCR examination showed that AS3 mRNA obviously decreased in 44% tumors and its down-regulation was correlated with the sex of patients (P=0.03). Furthermore, the correlation between genomic and expression alterations of AS3 gene was analyzed in 18 ESCC specimens, which indicated that the consistency between allelic loss and decreased mRNA expression of AS3 was relatively poor. The results of this study indicate that the aberrant expression of AS3 may be involved in the tumorigenesis of esophagus and is responsible for the male predominance of ESCC.     

MC-LR对草鱼组织显微结构及HO-1、IL-10R1基因表达的影响

该项目主要研究微囊藻毒素-LR(microcystin-LR, MC-LR)对草鱼机体的毒害作用。草鱼经腹腔注射微囊藻毒素-LR的剂量为100μg/kg, 0.5 h、1 h、3 h、6 h、12 h和24 h后对草鱼组织和血液采样,然后进行组织显微结构和基因HO-1和IL-10R1的表达分析。(1)通过光学显微镜观察,肠道组织病理变化表现为肠绒毛上皮细胞脱落,杯状细胞增多,上皮细胞的细胞核变形; 6 h实验组出现肠道充血; 12 h实验组和24 h实验组肠绒毛黏膜固有层分离,且有时间效应。(2)采用荧光定量PCR技术对HO-1和IL-10R1基因进行检测,结果显示草鱼鳃、肝脏、肠道、脾脏和心脏组织各实验组较对照组的HO-1基因表达量显著降低(P<0.05),同时草鱼脑、肝脏、肠道、脾脏组织和血液各实验组较对照组的IL-10R1基因表达量显著降低(P<0.05)。微囊藻毒素-LR导致草鱼肠道、肝脏和鱼鳃等器官的病理损伤和HO-1和IL-10R1基因表达量显著降低,可为MC-LR刺激草鱼的炎症反应与免疫反应提供相关理论依据。