结核分枝杆菌Rv0081基因编码蛋白的生物信息学分析

运用生物信息学分析软件预测结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis, Mtb）Rv0081蛋白的生物学特征及筛选潜在的优势抗原表位。 从NCBI数据库获取Mtb Rv0081蛋白的氨基酸序列，利用生物信息学分析软件ProtParam、ProtScale及TMPRED分析Rv0081蛋白的理化性质及亲疏水性；TMHMM、SignalP-5.0 Server预测蛋白的跨膜区及信号肽；NetNGlyc-1.0 Server、NetPhos 3.1 Server分别预测蛋白的糖基化位点及磷酸化位点；STRING预测能与Rv0081相互作用的蛋白；分别运用SOPMA、SWISS-MODEL预测蛋白的二、三级结构；综合运用softberry、WoLF PSORT预测蛋白的亚细胞定位；运用DNAStar预测蛋白的B细胞抗原表位；综合运用SYFPEITHI、NetCTL 1.2 Server、Net MHC pan 4.1 server预测蛋白的CTL细胞抗原表位；综合运用SYFPEITHI、Net MHCII pan 4.0 server预测蛋白的Th细胞抗原表位。 结果表明，Rv0081蛋白由114个氨基酸组成，相对分子质量为12 356.32，亚细胞定位于细胞质中，为稳定的疏水性蛋白，无跨膜区和信号肽，含有1个糖基化位点及9个磷酸化位点；二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成，结构较松散；与hycE、hycP、Rv0088、Rv0083、hycD、hycQ、Rv0082、devR、Rv0080及Rv0079蛋白存在相互作用关系；综合分析各软件预测结果筛选出6个优势B细胞抗原表位、6个优势CTL细胞抗原表位及7个优势Th细胞抗原表位。Mtb Rv0081蛋白具有较多潜在的候选B、T细胞抗原表位，可作为研发新型结核疫苗的候选抗原。     

苏州市入侵福寿螺的遗传多样性

福寿螺属（Pomacea）中的小管福寿螺（P. canaliculata）和斑点福寿螺（P. maculata）形态相似,入侵能力很强,严重危害水稻和其他水生植物。本研究基于线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）基因和核基因EF1α序列,应用软件DnaSP 5.0、Arlequin 3.1.1、MEGA 7.0和PhyloSuite进行遗传参数统计、构建贝叶斯系统发育树,分析了来自江苏省苏州市虎丘区、吴中区、昆山周市镇、千灯镇和玉山镇共5个采样地的40只福寿螺（Pomacea spp.）的种类及其遗传多样性。结果表明,获得40条长度为605 bp的线粒体COI基因序列,经序列比对后发现有74个变异位点、4种单倍型。小管福寿螺有34只,分属3种单倍型（PcaH1 ~ PcaH3）,小管福寿螺的单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（π）分别为0.399和0.017。斑点福寿螺有6只,仅有1种单倍型（PmaH1）。苏州地区小管福寿螺和斑点福寿螺遗传多样性均较低。基于线粒体COI基因系统发育分析结果表明,苏州市的小管福寿螺可能与阿根廷的小管福寿螺亲缘关系较近,而苏州市的斑点福寿螺可能与巴西的斑点福寿螺亲缘关系较近。此外,昆山市周市镇是新发现的小管福寿螺和斑点福寿螺同域分布地区。苏州、昆山的9个福寿螺样本共获得430 bp的核基因EF1α序列28条,发现有40个变异位点和9种单倍型（EFHAP1 ~ EFHAP9）,其中,小管福寿螺有8种单倍型（EFHAP1 ~ EFHAP5和EFHAP7 ~ EFHAP9）,斑点福寿螺有2种单倍型（EFHAP5和EFHAP6）。基于线粒体COI基因和核基因EF1α序列构建的系统发育树,小管福寿螺和斑点福寿螺存在遗传信息混杂的现象,提示两种螺存在杂交。     

流感病毒NP表位序列增强H7N9 HA DNA疫苗免疫效果研究

为增强H7N9流感病毒HA DNA疫苗的免疫效果,本文构建了含有流感病毒NP的5个重复优势T表位或B表位(包括B_1线性表位和B_2构象表位)的表达质粒(简称NPT和NPB),以小鼠为动物模型,将NPT和NPB分别与H7N9流感病毒HA DNA混合免疫BALB/c小鼠1次,21 d后用致死剂量(20 LD_(50))的H7N9流感病毒攻击小鼠。通过检测免疫后小鼠血清特异性抗体滴度和攻毒后的免疫保护性指标-存活率、肺部残余病毒滴度及体重丢失率,评价表位质粒与HA DNA疫苗混合免疫对小鼠的保护效果。试验结果表明:用致死性H7N9流感病毒攻击小鼠后,HA DNA组小鼠全部死亡,HA+NPT免疫组小鼠存活率达到100%,HA+NPB1和HA+NPB2免疫组,小鼠存活率分别为30%和75%;混合免疫HA+NPT后小鼠抗体滴度升高明显,攻毒后小鼠体重丢失明显降低。综上表明,含有5个NP优势T表位或B表位的表达质粒能增强H7N9流感病毒HA DNA疫苗的免疫效果,混合免疫一次可以使小鼠得到较好的保护。HA DNA和表位疫苗的混合免疫,节约了疫苗用量,降低了免疫成本,为流感病毒核酸疫苗的临床开发提供了一定的试验基础。