毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析

糖外排转运蛋白(Sugars will eventually be exported transporters, SWEETs)在植物生理活动和发育过程中起重要作用。为探究SWEET基因家族在毛竹(Phyllostachys edulis)的生长发育过程中起的作用,基于毛竹基因组数据,通过生物信息学方法对SWEET基因家族成员进行鉴定,并对其编码的蛋白质理化性质、系统进化及共线性关系、基因结构、启动子元件及表达模式、蛋白互作网路分析、GO注释等进行细致分析。研究结果表明:该家族基因结构、基序和结构域相对保守,所有成员均含有MtN3_slv结构域。上游启动子序列中含有多个同非生物胁迫以及生长发育相关元件,结合转录组表达量分析显示,多个家族成员在毛竹不同组织器官均有表达。共线性分析揭示毛竹SWEET家族在演化过程中存在全基因组多倍化事件。蛋白互作网路分析挖掘出2个重要核心家族成员,GO注释分析进一步证实毛竹SWEET主要负责体内糖类物质的转运。以上结果为毛竹SWEET基因功能鉴定提供了重要参考,对于毛竹快速生长分子机制研究打下了基础。     

同时提取油茶中DNA和RNA的简便方法

介绍了一种以CTAB提取方法为基础,结合其它DNA和RNA提取方法,经反复实验建立的一种同时提取油茶DNA和RNA的简便方法。该方法能有效地去除植物组织中酚类和多糖等次生物质的影响,所得到的DNA和RNA纯度高,完整性好,可以用于进一步的如DNA分析,mRNA的分离,RT-PCR,构建cDNA文库和基因表达分析等实验。     

铁皮石斛微卫星SSR设计与应用

通过Websat对来源于NCBI公共数据库的2 447条石斛属(Dendrobium)核苷酸序列进行简单重复序列SSR的搜索,剔除冗余序列后,找到124个SSR位点。利用primer3.0软件设计引物75对,并通过改良的方法提取铁皮石斛DNA作为模板,对铁皮石斛(Dendrobium officinaleKimuraetMigo)的SSR引物进行筛选,选出21对有较清晰且稳定的目标扩增产物的引物,对8个种源的铁皮石斛进行多态性分析和聚类分析,得到8个种源的铁皮石斛进行遗传多样性和亲缘关系。     

油茶子叶体细胞胚形成的细胞学观察

以油茶子叶块为外植体,在附加2.0mg·L-1 2,4-D和1.0mg·L-1KT的MS培养基上进行培养,观察诱导产生的体细胞胚性愈伤组织细胞学结构.结果表明:油茶体细胞胚可直接起源于表皮或近表皮的单细胞原胚或者多细胞团.其中,单细胞原胚先分裂形成二细胞原胚,二细胞原胚再进一步分裂后聚集形成多细胞团,最终经过球形胚、梨形胚、心形胚发育形成一个完整的体细胞胚.     

哈密瓜组织培养和离体快繁

1　植物名称　哈密瓜 (Cucumismelovar.sacchar inus)品种金皇后。2　材料类别　子叶。3　培养条件　以MS为基本培养基。 ( 1 )种子发芽培养基 :1 /2MS ;( 2 )愈伤组织诱导培养基 :MS + 6 BA 0 .5mg·L- 1 (单位下同 ) +IBA 0 .1 ;( 3)不定芽诱导培养基 :MS + 6 BA 1 .0 ;( 4 )不定芽伸长培养基 :MS + 6 BA 1 .0 +GA30 .5 ;( 5 )生根培养基 :1 /2MS +IBA 2 .0。以上培养基均附加 0 .8%琼脂、3%蔗糖 ,pH 5 .8。培养温度( 2 6± 1 )℃ ,光照 1 6h·d- 1 ,光照度 2 0 0 0lx。4　生长与分化情况4.1　无菌材料的获得　金皇后种子去皮…     

均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系

本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。     

茂原链霉菌谷氨酰胺转胺酶序列分析及三维结构建模

利用DNASTAR、VectorNTI9、SignalP等生物信息学平台对茂原链霉菌(Streptomyces mobaraensis)谷氨酰胺转胺酶(TGase)进行了序列分析和三维结构建模。结果表明:茂原链霉菌TGase同已报道其他微生物来源的TGase有较高的同源性,无信号肽,存在一个跨膜结构区,二级结构是由多个α螺旋、转角和少量β折叠构成。同时在一二级结构分析的基础上,利用同源建模的方法完成了三维结构的建模。     

拟南芥阿拉伯糖-5-磷酸异构酶的原核表达、纯化及酶催化特性

阿拉伯糖-5-磷酸异构酶(Kds D)是2-酮-3-脱氧辛糖酸(KDO)生物合成途径的第一个关键限速酶,通过无缝克隆技术将拟南芥Kds D基因构建至原核表达载体p ET-HTT,经过IPTG诱导,在大肠杆菌BL21(DE3)中获得了大量重组蛋白的可溶性表达;表达产物经Ni-NTA亲和层析和分子筛层析(SEC)方法进行酶蛋白的分离纯化步骤,得到纯度85%以上的高纯度酶;分子筛层析结果发现纯化后的目的蛋白Kds D在溶液中主要以多聚体、二聚体和单体形式存在,这同微生物来源Kds D酶在溶液中以四聚体形式存在很大差异;进一步使用Western blotting和MALDI-TOF MASS技术对纯化的蛋白进行鉴定;测定了拟南芥Kds D酶学性质,证明该酶催化反应的最适p H值为8.0,最适作用温度为37℃,各种金属离子在低浓度均对酶活性存在不同程度的抑制作用,其中以Co~(2+)、Cd~(2+)对酶活性的抑制作用最强,而5 mmol/L金属螯合剂EDTA对酶有激活作用。此外,以阿拉伯糖-5-磷酸(A5P)为底物时,拟南芥Kds D酶动力学常数Vmax和Km值分别为0.18 mmol/(L·min)、0.16 mmol/L,比较发现该酶与底物的亲和性高于大肠杆菌Kds D。以上研究结果为Kds D蛋白结构与功能及其在新型抗生素研制领域中的工业化应用奠定了基础。     

H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列的变异分析

从GenBank上获得194株不同来源的H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,利用MEGA3分析了HA基N核酸序列碱基突变的特点。并通过比较序列同源性,构建NJ系统进化树,探讨了不同来源的H5N1病毒的系统进化关系。序列分析结果表明,被研究的194条H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,碱基长度大约在1700bp左右,共发现了757个可变位点,其中Parsimony—informative sites有537个,Singleton sites有220个;病毒的变异速率很快,平均变异率为3．23％;病毒的序列变异具有显著的地区特点和时间特点;同时,全球化的贸易以及候鸟的迁徙在传播病毒过程中起一定作用。     

毛竹抗逆锌指蛋白基因cDNA克隆与序列分析

根据水稻抗逆相关锌指蛋白基因的保守区序列设计引物,以毛竹基因组DNA和cDNA为模板,采用PCR方法,成功扩增出1个含有完整阅读框架的cDNA序列,长度为495bp,序列无内含子,共编码164个氨基酸,将其命名为PeZFP基因(GenBank登录号:FJ472953)。氨基酸序列(GenBank登录号:ACL01101)的分析结果表明,PeZFP与其他锌指结构蛋白有较高的同源性,同水稻锌指结构抗逆蛋白OSIAP1序列相似性高达87.7%,且其序列C端具有典型的AN1类型的锌指结构Cx2-4Cx9-12Cx2Cx4Cx2Hx5HxC,在N端具有典型的A20类型锌指蛋白结构,推测此PeZFP为植物抗逆OsIAP1类似基因,在功能上与毛竹抗逆性相关。