| 毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析 |
| |
| 引用本文： | 李新然,张智俊,喻珮瑶,陈家璐,马瑞芳,刘笑雨.毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析[J].生物信息学,2020,18(4):236-246. |
| |
| 作者姓名： | 李新然 张智俊 喻珮瑶 陈家璐 马瑞芳 刘笑雨 |
| |
| 作者单位： | 浙江农林大学 省部共建亚热带森林培育国家重点实验室,杭州 311300 ;浙江农林大学 林业与生物技术学院,杭州 311300 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(No.31770721). |
| |
| 摘 要： | 糖外排转运蛋白(Sugars will eventually be exported transporters, SWEETs)在植物生理活动和发育过程中起重要作用。为探究SWEET基因家族在毛竹(Phyllostachys edulis)的生长发育过程中起的作用,基于毛竹基因组数据,通过生物信息学方法对SWEET基因家族成员进行鉴定,并对其编码的蛋白质理化性质、系统进化及共线性关系、基因结构、启动子元件及表达模式、蛋白互作网路分析、GO注释等进行细致分析。研究结果表明:该家族基因结构、基序和结构域相对保守,所有成员均含有MtN3_slv结构域。上游启动子序列中含有多个同非生物胁迫以及生长发育相关元件,结合转录组表达量分析显示,多个家族成员在毛竹不同组织器官均有表达。共线性分析揭示毛竹SWEET家族在演化过程中存在全基因组多倍化事件。蛋白互作网路分析挖掘出2个重要核心家族成员,GO注释分析进一步证实毛竹SWEET主要负责体内糖类物质的转运。以上结果为毛竹SWEET基因功能鉴定提供了重要参考,对于毛竹快速生长分子机制研究打下了基础。
|
| 关 键 词： | 毛竹 SWEET基因家族 基因分析 功能鉴定 |
| 收稿时间： | 2020/2/7 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/3/11 0:00:00 |
Genomic identification and expression analysis of SWEETgene family in moso bamboo (Phyllostachys edulis) |
| |
| LI Xinran,ZHANG Zhijun,YU Peiyao,CHEN Jialu,MA Ruifang,LIU Xiaoyu.Genomic identification and expression analysis of SWEETgene family in moso bamboo (Phyllostachys edulis)[J].China Journal of Bioinformation,2020,18(4):236-246. |
| |
| Authors: | LI Xinran ZHANG Zhijun YU Peiyao CHEN Jialu MA Ruifang LIU Xiaoyu |
| |
| Institution: | State Key Laboratory of Subtropical Forest Cultivation, Zhejiang A & F University,Hangzhou 311300,China;College of Forestry and Biotechnology, Zhejiang A & F University, Hangzhou 311300,China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Phyllostachys edulis SWEET Gene analysis Functional identification |
|
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《生物信息学》下载免费的PDF全文 |
|
