一种基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法测定多重SNP

建立了一种基于DNA适配器连接介导的等位基因特异性扩增法测定多重SNP。以CYP2D6基因中的5个SNP位点（100C>T,1661G>C,1758G>T,2470T>C和2850C>T）为例,用PCR法预扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段,然后用限制性内切酶将其消化成短片段,在连接酶的作用下与设计的DNA适配器（adapter）相连;该适配器的一端与限制性内切酶降解后留下的粘性末端相同,另一端带有一段公共序列。在两管中加入与适配器连接的片段作为PCR扩增模板,并分别加入SNP特异性引物和一种适配器特异性的通用引物进行PCR扩增,最后用凝胶电泳法分离PCR扩增产物。由于每管与SNP的两种特异性引物中的一种对应,可以根据每管中扩增片段的大小判断SNP的类型。通过凝胶电泳法可以一次分离与5种SNP类型相对应的引物特异性延伸反应产物;采用该法成功测定了20名健康中国人的CYP2D6基因中5个SNP位点的基因多态性,与限制性片段长度多态性法（RFLP）测定结果完全一致。该方法采用n+1种引物（n种SNP特异性引物和一种通用引物）进行n重PCR反应,极大提高了PCR反应的特异性,结果准确,可用于同时测定多个SNP位点。

     

应用基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法检测LRRK2基因的单核苷酸多态性

目的：应用基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法（Adapter Ligation—mediated Allele-specific Amplification,简称ALM-ASA）技术,检测与帕金森病（PD）发病相关的LRRK2基因中的4个SNP位点（6055G〉A,7153G〉A,4321C〉T和2264C〉T）,探讨该法用于筛查帕金森病相关SNP位点的可行性,研究多个SNP住点同时检测的准确性和可靠性。方法：运用ALM—ASA法原理,改进使用多重PCR法代替单一预扩增法,使用4对引物在单管中预扩增含所待测SNP位点的四段片段,通过酶切、酶连和PCR特异性扩增检测判断SNP的类型。经PCR体外定点突变实验制备的相应位点的突变阳性片段,检验方法的准确性和可靠性。结果：采用该法成功测定了20名PD病人和20名健康中国人的LRRK2基因中最受关注的4个SNP位点的多态性。并随机对其中10分样本的检测结果以测序法检测进行验证,结果完全一致。结论：ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性,是一种准确、可靠,且费用低廉的SNP筛查方法,可推广应用于临床和实验室进行与PD有关的单核苷酸多态性的筛查检测。     

多重等位基因特异性扩增—— 微流控芯片电泳法同时测定多个单核苷酸多态性位点

文章以微流控芯片电泳为检测平台, 建立了一种基于DNA适配器连接介导的多重等位基因特异性扩增同时测定多个单核苷酸多态性(SNP)位点的方法。以白细胞介素1β(IL1B)基因中的7个SNP位点(794C>T、1274C>T、2143T>C、2766T>del、3298G>A、5200G>A和5277C>T)为检测对象, 通过PCR预扩增得一段含该7个待测SNP位点的长片段; 用限制性内切酶MboⅠ将其消化成短片段, 再与DNA适配器(adapter)相连; 以连接产物为模板, 在两管中分别用7条等位基因特异性引物和一条公用引物进行7重等位基因特异性扩增; 最后用微流控芯片电泳法分离等位基因特异性扩增产物, 根据两管扩增产物的芯片电泳图谱中扩增片段的大小判断SNP的类型。采用本法成功测定了48名健康中国人的IL1B基因上的7个SNP位点, 与聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)和测序法测定结果完全一致。本法结果准确, 可用于同时测定多个SNP位点; 以微流控芯片电泳作为检测平台, 分析速度快, 样品需要量少; 借助于自制筛分凝胶和重复使用芯片, 使得SNP分析成本大大降低。     

单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）的研究已成为人类后基因组时代的主要内容之一。因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。文章系统地介绍了最新发展的几种SNP检测技术的原理和检测平台,详细阐述了等位基因特异性杂交、内切酶酶切技术、引物延伸法、寡核苷酸连接反应等SNP检测原理,以及平板读数仪、基因芯片、微球阵列技术和质谱仪等检测平台,并对SNP高通量检测技术的发展进行了展望。     

PD-L1基因多态性与结直肠癌患者奥沙利铂化疗疗效和安全性的相关性研究

目的:研究PD-L1/3'-UTR上单核苷酸多态性rs4143815与结直肠癌患者奥沙利铂化疗疗效及安全性的相关性。方法:首先,测定262例接受奥沙利铂化疗的结直肠癌患者rs4143815的基因型;然后,统计分析基因型与奥沙利铂化疗疗效、不良反应发生情况及临床病理参数的相关性。结果:PD-L1/3'-UTR上单核苷酸多态性rs4143815与奥沙利铂治疗的疗效显著相关(P=0.028);与C/C型相比,C/G型患者的化疗疗效更好(OR=2.10),而G/G型患者的疗效却更差(OR=0.49)。然而,G/G型患者的不良反应发生率更低(OR=0.46)。此外,PD-L1/3'-UTR上单核苷酸多态性rs4143815与结直肠癌的肿瘤大小显著相关,G/G型患者的肿瘤体积比C/C型患者更小(R=0.08)。结论:rs4143815与奥沙利铂治疗结直肠癌患者的疗效、安全性和肿瘤大小显著相关,可能成为预测结直肠癌患者奥沙利铂治疗的疗效和安全性的参考分子标志物。     

CYP2C8及CYP3A4细胞表达体系的构建及其在小分子激酶药物对紫衫醇代谢途径抑制研究中的应用北大核心CSCD

构建CYP2C8及其3种突变体细胞表达体系,以紫杉醇为底物研究CYP2C8基因多态性对其酶活性的影响,以及构建CYP2C8和CYP3A4共转染细胞体系研究小分子激酶抑制剂对紫杉醇代谢途径的抑制。根据基因文库分别合成CYP3A4以及CYP2C8及其3种突变体CYP2C8*2(805A>T)、CYP2C8*3(416G>A,1196A>G)、CYP2C8*4(792C>G)的基因编码片段,将其连接到PEGFP-N1表达质粒,测序验证。将CYP2C8野生型及其突变体分别转染HepG2细胞,24 h后加入紫杉醇进行孵育,通过建立好的LC-MS/MS方法对代谢物进行定量分析。同时,也将野生型CYP2C8和CYP3A4质粒按一定的浓度比转入Hep G2细胞构建共表达体系。并筛选出合适的质粒浓度比转染细胞,在加入紫杉醇孵育时,同时加入小分子激酶抑制剂,考察小分子激酶抑制剂对紫杉醇代谢途径的抑制作用。结果表明,CYP2C8*4代谢酶对紫杉醇的代谢能力存在明显差异,其中CYP2C8*2和CYP2C8*3代谢活性分别是野生型的81%(P<0.05)和87%(P<0.05),而CYP2C8*4则是野生型的65%(P<0.01)。尼洛替尼完全抑制了紫杉醇的代谢,阿法替尼对紫杉醇的两条代谢途径抑制达30%,而伊马替尼选择性抑制了CYPD3A4的活性。不同基因型CYP2C8对紫杉醇的代谢存在差异,可能是导致临床疗效不同的原因。小分子激酶抑制剂在与紫杉醇联合使用时,对紫杉醇代谢的抑制各不相同。