金沙江下游圆口铜鱼生境适宜度曲线的构建

金沙江下游的水电梯级开发对长江上游重要特有鱼类圆口铜鱼的自然栖息生境造成了严重影响, 开展生境恢复是保护其资源的重要手段之一。为获得圆口铜鱼的生境恢复目标, 构建圆口铜鱼不同生活史阶段对关键环境因子的适宜度曲线具有重要意义。基于2012-2014 年5-7 月在金沙江下游宜宾、巧家和皎平渡断面的早期资源采样结果, 以及2016 年5-7 月在金沙江下游攀枝花至金阳干流江段的野外个体采集和栖息地生境调查结构, 分别构建了圆口铜鱼亲鱼和幼鱼群体对水温、水深、流速和底质类型的适宜度曲线, 结果显示: 圆口铜鱼亲鱼的最适繁殖水温范围为20-25.2℃, 最适栖息水深为1.2-11.5 m, 最适栖息流速为0.2-1.3 m/s, 最适栖息底质类型为小型卵石、大型卵石和巨石,而圆口铜鱼幼鱼栖息的最适水温范围为19.8-25.4℃, 最适水深为0.4-3.95 m, 最适流速为0.1-0.7 m/s, 最适底质类型为细小砾石、中型砾石、大型砾石、小型卵石和大型卵石。上述结果不仅能够为水电工程影响下关键鱼类生境质量评价提供基础数据支撑, 而且能够为鱼类生境保护和修复政策制定提供科学依据。     

参与性农村评估在物种和景观变化研究中的应用

应用参与性农村评估研究了西双版纳自然保护区勐养片的物种和景观变化.结果表明,在人类活动的影响下,抗干扰力弱的植物种逐渐减少和消失而耐干扰强的植物种得以发展,导致了地区优势植被的替代;狩猎特别是外地人进入保护区的狩猎是大型野生动物减少的直接原因;当地居民因狩猎而熟悉动物的习性和栖息地,成为研究野生动物的信息源;景观变化与经济发展密切相关,或因经济发展而恶化或因当地居民的参与保护而地带恢复与改善.对应用参与性农村评估研究物种和景观变化的局限性也进行了讨论.     

哺乳动物精子分离方法的研究进展

分离X、Y精子,用于人工授精或体外受精,是目前实现哺乳动物性别控制的最有效手段。本文对哺乳动物精子分离及分离精子纯度评估方法的研究历史及现状作一回顾和总结。     

计算机辅助筛选核酸适配体技术

计算机信息技术已经渗透到我们生活的方方面面,不仅可以辅助药物的筛选,也能够模拟药物的作用.目前已有研究使用计算机辅助技术筛选适配体,对筛选效率的提升和筛选高亲和力的适配体有着重要的指导作用.文中将主要对计算机通过序列评估、结构分析、分子对接3个方面辅助适配体筛选的方法进行综述.     

快速康复外科在老年结肠癌围手术期护理中的应用

目的:探讨快速康复外科(fast-track surgery,FTS)在老年结肠癌围手术期护理中应用的临床效果。方法:将92例年龄大于65岁的结肠癌患者随机分为FTS组与对照组,分别给予FTS护理措施和传统护理措施,比较2组患者术后恢复情况、营养状况、并发症发生情况等。结果:与传统护理措施相比较,FTS护理组术后患者胃肠道功能恢复时间明显缩短,术后营养状况恢复较快,术后并发症发生率明显降低。FTS护理组老年患者的住院时间和住院费用均较对照组显著降低。结论:FTS应用于老年患者结肠癌围手术期的护理是安全、有效的。其加快了老年患者的术后康复、减轻了患者的痛苦,降低术后并发症的发生,值得推广应用。     

克隆动物食品的安全性评估——国外综述

综述了美国、欧盟和其他各国对克隆动物肉和奶等食品食用安全性的评估。     

意识障碍诊断评估及无创精准治疗

由于意识障碍的病因复杂，个体差异较大，对这类患者的诊断和治疗仍存在较多问题。近年来电生理技术、影像学和精准治疗技术的不断发展使得意识障碍的相关研究取得了诸多实质性进展，包括识别患者残余意识、解释意识恢复的生物学机制以及精准治疗技术对受损神经通路的重建等。本文回顾了意识障碍的诊断评估及无创精准治疗的研究进展，并讨论了新兴技术手段在检测意识水平和预测意识恢复方面的重要作用，提出了该领域目前研究存在的不足之处。期望对相关的研究人员具有一定的指导意义。     

MethyScan：一种甲基化特异性PCR引物设计及评估工具

DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板各自特异性结合和扩增,实现基因甲基化状态的区分,是切实可行、简单便捷的临床诊断实验技术.但是,不同于常规PCR,MSP主要存在如何强化引物-甲基化/非甲基化模板特异性结合、降低引物序列Tm值差异、去除假阳性扩增及提高敏感性等四大难点.尽管大多数MSP引物设计软件对上述难题都提出了各自解决办法,但在引物设计影响因素考虑、设计与评估并行处理及特异性扩增预测等方面仍然存在较大缺陷.为此,本研究通过对MethPrimer、MSPPrimer、MethBlast、BiSearch等现有MSP引物设计软件原理的深入探究,以及对Bowtie、SAMtools和BEDTools等工具的有效综合整合,基于图形库Matplotlib和第三方Python功能库BioPython与Primer3-py实现了具有系列优点的甲基化特异性PCR引物设计与评估可视化工具MethyScan.它具有引物设计、基因组索引、引物评估等三大完整功能模块,不仅可快速进行MSP引物设计,实现巢式(Nested)引物适配,还可基于4种基因组碱基转换模板分析引物结合信息,图形化展示非特异性扩增与目的片段差异,从而综合评估引物特异性-非特异性扩增.同时,对食管癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中6个潜在生物标志物TFPI-2、NDRG4、CDKN2A、CD44、CASP8和SDHD的甲基化引物设计对比结果表明,MethyScan不仅可获得更多CpG位点的检测引物,而且所获得MSP引物位置与其他软件结果相同或相近,且引物间Tm值差值更小.总之,作为首个图形化展示特异性-非特异性扩增差异MSP引物设计工具,MethyScan可有效提高甲基化引物设计准确性,为临床DNA甲基化检测项目开展、检测试验实施及诊断试剂盒研发提供有力支撑.MethyScan工具下载地址:https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/MethyScan.     

A statistical procedure to assess the significance level of barriers to gene flow

Although several methods are available to study the extent of isolation by distance （IBD） among natural populations, comparatively few exist to detect the presence of sharp genetic breaks in genetic distance datasets. In recent years, Monmonier＇s maximum-difference algorithm has been increasingly used by population geneticists. However, this method does not provide means to measure the statistical significance of such barriers, nor to determine their relative contribution to population differentiation with respect to IBD. Here, we propose an approach to assess the significance of genetic boundaries. The method is based on the calculation of a multiple regression from distance matrices, where binary matrices represent putative genetic barriers to test, in addition to geographic and genetic distances. Simulation results suggest that this method reliably detects the presence of genetic barriers, even in situations where IBD is also significant. We also illustrate the methodology by analyzing previously published datasets. Conclusions about the importance of genetic barriers can be misleading if one does not take into consideration their relative contribution to the overall genetic structure of species.