使用伪氨基酸组成和模糊支持向量机预测蛋白质结构类

蛋白质结构类预测是生物信息和蛋白质科学中重要的研究领域.基于Chou提出的伪氨基酸离散模型框架,从蛋白质序列出发,设计一种新的伪氨基酸组成方法表示蛋白质序列样本.抽取氨基酸组合(10-D)在序列中出现的频率和疏水氨基酸模式(6-D)表示蛋白质序列的附加特征,用和传统的氨基酸组成(20-D)一起构成的36维的伪氨基酸组成向量来表示蛋白质序列的特征.使用遗传算法来优化附加特征的权重系数.伪氨基酸组成向量作为输入数据,模糊支持向量机作为预测工具.使用三个常用的标准数据集来验证算法的性能.Jack-knife检验结果说明本方法具有较高的准确率,有望成为潜在的预测蛋白质功能的工具.     

Nd:YAG激光致视网膜感光细胞损伤及相关基因的表达

目的：观察兔眼视网膜激光损伤后不同时间点感光细胞的改变以及相关基因的表达变化。方法：北京青紫蓝灰兔随机分为正常对照组和激光损伤组,在调Q倍频Nd：YAG激光损伤后不同时间采用超微结构观察、凝胶电泳、TUNEL染色、原位杂交(ISH)以及Northern blot等方法检测了感光细胞损伤特点并分析相关基因的表达改变。结果：电镜、核酸电泳和TUNEL结果表明视网膜感光细胞照射后出现明显的凋亡特征,在伤后不同时间,其分布和强度都有改变。而杂交结果表明c—fos和bax在照后表达增强,尤其以照后第1天为最,而bcl—2和p53在损伤后无明显改变。结论：大量感光细胞的凋亡是临床上低剂量倍频Nd：YAG激光致视网膜损伤、视功能下降的主要机制。c—fos和bax基因的表达可能介导了视网膜细胞凋亡的过程。     

半圈养条件下东北虎繁殖期的行为时间分配

1998年 10月～ 2 0 0 0年 10月在黑龙江东北虎林园 ,采用随机取样法和瞬时扫描取样法对繁殖期东北虎的行为进行了研究。结果表明 ,在繁殖期的不同阶段东北虎的行为发生较大的变化。在发情交配期雌雄虎的时间分配相似 (P >0 0 5 ) ,均将最多的时间用于运动 ,用于休息的时间较少 ,用于发情交配和其它行为的时间较多。雌虎在妊娠期较多的时间用于休息和运动 ,取食、站立、社会和其它行为的时间均较少 ;产仔期最多的时间用于休息 ,其次是运动 ,用于产仔和其它行为的时间较多 ,用于取食的时间最少 ;哺乳期最多的时间用于休息 ,其次是哺乳和运动 ,用于取食和其它行为的时间较少。活动规律方面 ,各种行为在强度、出现和持续的时间上存在较大差异。单因素方差分析表明 ,在繁殖期的不同阶段雌性东北虎的休息和运动存在极显著差异 (P <0 0 0 1) ,取食存在显著差异 (P <0 0 5 ) ,只有其它行为不存在显著差异(P >0 0 5 )。 10 0日龄内幼虎用于休息的时间最多 ,其次是运动和取食 ,其它行为的时间最少。     

白灵侧耳(白灵菇)种质资源评价

白灵侧耳(白灵菇)Pleurotus nebrodensis是近年来开发利用的珍稀食用菌,产于我国新疆,在我国已大面积栽培。目前,国内报道的白灵侧耳菌种较多,相互引种并各自命名,往往会出现许多同种异名,因此,给白灵侧耳的育种和利用带来不便,为此,我们对从国内收集的8个白灵侧耳菌种进行了拮抗、菌丝体生长和出菇比较评价。 1材料和方法 1.1 供试菌株 供试的8个Pleurotus nebrodensis菌种均引自国内科研和菌种生产单位,编号分别为:Pn1、Pn2、Pn3、Pn4、Pn5、Pn6、Pn7、Pn8。 1.2 方法 1.2.1拮抗试验: 培养基为加富PDA平板培养基。在同一平板培养基…     

激活视网膜水平细胞离子型谷氨酸受体抑制γ-氨基丁酸转运体电流(英文)

本工作在酶解分离的鲫鱼视网膜水平细胞上研究了AMPA受体对γ-氨基丁酸(γ-aminobutyric acid,GABA)转运体电流的调节作用。由1mmol/L GABA所诱导的GABA转运体电流被持续50s的AMPA(30μmol/L或3mmol/L)预灌流所抑制。在细胞内液中施加10mmol/L BAPTA可以减弱AMPA对GABA转运体电流的抑制效应。施加3mmol/L AMPA+3mmol/ LNMDA所引起的抑制效应和单独施加3mmol/L AMPA或3mmol/L NMDA所引起的抑制效应相仿。以上结果表明,和激活NMDA受体调节GABA转运体的机制一样,激活视网膜水平细胞上的AMPA受体可以通过胞内钙过程来抑制GABA转运体电流。     

染色质重塑复合物SAGA及其同源物的功能

基因表达调控是生物体生长发育的一个重要环节.在这一过程中,染色质重塑复合物扮演了非常重要的作用.SAGA是一个至少由20个蛋白组成的不依赖ATP的多功能染色质重塑复合物,它通过对组蛋白H3和H2B氨基末端赖氨酸乙酰化修饰来松动染色质结构,从而促进基因转录的起始.目前,对SAGA及其同源物的研究表明,SAGA及其同源物参与了许多重要的生物学功能,如mRNA输出、DNA损伤修复、胚胎发育、细胞癌变等.     

牛凝乳酶基因在毕赤酵母中的重组表达

通过PCR技术从克隆载体pMD18T-Prochy上扩增牛凝乳酶原基因,双酶切后定向插入到酵母表达载体pPICZaA中,构建表达质粒pPICZaA-Prochy,线性化后电转化毕赤酵母GS115,经PCR和测序鉴定凝乳酶原基因成功插入到毕赤酵母的基因组中。在甲醇诱导下进行凝乳酶的表达,SDS-PAGE分析证明重组凝乳酶的分子量约为37 kD,培养基上清液中凝乳酶的活性为12.2 SU/mL。本研究首次应用毕赤酵母表达牛凝乳酶,在培养基中获得分泌表达的重组凝乳酶,为干酪工业提供了新型及优良的凝乳酶来源。     

具有社会行为的HIV传播模型

考虑到HIV传播的社会行为的影响,建立了一个HIV传播的偏微分方程系统.利用预测校正方法我们给出了系统的数值解法,由此说明人的行为在HIV传播中的重要作用.     

定格采样——物种多样性的时光印记

我们通常把某一区域的物种丰富程度称为物种多样性,它是我们所生活的地球环境最为复杂、最具吸引力且与人类最息息相关的系统,正是丰富的物种多样性造就了这颗蓝色星球的勃勃生机. 要准确得知某一个地区的物种多样性,需要调查清楚在这一地区生活的所有物种的种类与数量,这在实际操作上是几乎不可能完成的任务.     

冠脉内注射替罗非班不同给药方式对急性心肌梗死介入治疗术中血流异常的影响

目的：比较急性心肌梗死介入治疗中冠脉内常规给予以及必要时给予血小板膜糖蛋白（GP）Ⅱb／Ⅲa受体拮抗剂替罗非班两种给药方式对冠脉血流异常的影响,寻找较好的替罗非班用药方式。方法：入选九四医院2005年1月至2008年10月急性心肌梗死直接PCI患者58例,随机分成常规给药组（血管开通前所有患者冠状动脉内均注射替罗非班,n=30）与必要时给药组（血管开通后即时造影显示TIMI血流≤2级者冠脉内注射替罗非班,TIMI血流3级者不给药,n=28）,观察支架植入后30分钟TIMI血流、30天内主要不良心血管事件（MACE）、出血以及血小板减少情况。结果：必要给药组冠脉内给药可显著改善冠脉血流（TIMI3级给药前46．4％,给药后75％,P〈0．05）,常规给药组支架植入后30分钟TIMI3级获得率高于必要给药组（96．7％比75％,P〈0．05）,MACE、出血和血小板减少事件两组之间差异无统计学意义。结论：冠脉内给予替罗非班可有效降低急性心肌梗死PCI术中血流异常情况,血管开通前冠脉内常规给药方式优于必要时给药方式。