PCR产物直接测序还是克隆测序 密叶杉属rDNA ITS序列的测定方法

通过PCR产物直接测序和克隆测序对三种密叶杉属（Athrotaxis）植物rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8 S rDNA序列进行了测定与分析。实验表明A. selaginoides rDNA重复序列间的纯合程度很高, 对PCR产物直接测序就可以测定其ITS区序列。而A. laxifolia、A. cupressoides的ITS1重复序列间的纯合程度较低,各重复单位间序列存在插入/缺失,只有对PCR产物进行克隆测序才能确定其序列。A. laxifolia、A. cupressoides的ITS2区尽管也存在 多态性,但不同重复序列的浓度比较平均,对PCR产物直接测序就可确定重复序列间的变异情况。本实验表明尽管是同一属的三种植物,但其rDNA重复序列间的纯合程度不同,同一植物ITS的不同区域,其重复序列间的纯合程度也不同,针对不同的ITS片段可采用不同的方法以测定其序列。     

抗草铵膦除草剂转基因油菜新种质的创制及鉴定北大核心CSCD

草铵膦是一种在世界范围内广泛使用的内吸型除草剂。目前,我国还未研发出具有自主知识产权的抗草铵膦除草剂油菜品种。本研究通过油菜下胚轴遗传转化方法成功将1个新型草铵膦抗性基因Syn1-RePAT转化到甘蓝型油菜中,通过筛选获得了27株阳性单株。利用Southern blot技术筛选出其中的单拷贝T-DNA插入株系,并通过后代分离比检测对重要株系进行了拷贝数验证。利用Inverse-PCR技术对OV40-7、OV40-15、OV40-16和OV40-17等转化体进行T-DNA侧翼序列分析与比对,分离获得了各转基因株系的插入位点信息。对不同转化体株系设计特异性引物,通过PCR技术检测外源基因序列在T1~T3代材料的整合稳定性。RT-PCR和qRT-PCR表达分析证实,Syn1-RePAT转基因在多个转化株系的不同世代稳定超量表达。对T1代转化体进行功能鉴定,各转化体对草铵膦具有良好的抗性,至少可耐受6倍田间推荐施用剂量的草铵膦。本研究所创建的新型抗草铵膦油菜种质资源极具应用前景,为我国抗草铵膦良种培育工作提供了有力支持。     

利用人工智能预测癌症的易感性、复发性和生存期

癌症具有较高的发病率和致死率,对人类健康具有重大威胁。癌症预后分析可以有效避免过度治疗及医疗资源的浪费,为医务人员及家属进行医疗决策提供科学依据,已成为癌症研究的必要条件。随着近年来人工智能技术的迅速发展,对癌症患者的预后情况进行自动化分析成为可能。此外,随着医疗信息化的发展,智慧医疗的理念受到广泛关注。癌症患者作为智慧医疗的重要组成部分,对其进行有效的智能预后分析十分必要。本文综述现有基于机器学习的癌症预后方法。首先,对机器学习与癌症预后进行概述,介绍癌症预后及相关的机器学习方法,分析机器学习在癌症预后中的应用;然后,对基于机器学习的癌症预后方法进行归纳,包括癌症易感性预测、癌症复发性预测、癌症生存期预测,梳理了它们的研究现状、涉及到的癌症类型与数据集、用到的机器学习方法及预后性能、特点、优势与不足;最后,对癌症预后方法进行总结与展望。     

二甲双胍对低级别非侵袭性膀胱肿瘤细胞增殖的影响

目的:初步探讨降糖药物二甲双胍对膀胱肿瘤细胞253J的作用及其相关作用机制。方法:采用Cell Counting Kit-8(CCK-8)试剂盒分析二甲双胍对膀胱肿瘤细胞增殖的影响。应用流式细胞仪检测二甲双胍对细胞周期及凋亡的影响。并通过免疫印迹方法检测相关蛋白确定可能参与其中的信号分子。结果:在各时间点(24小时,48小时,72小时)二甲双胍处理组与对照组相比膀胱肿瘤细胞的增殖受到明显抑制(P0.01或P0.05);与对照组比较,二甲双胍处理组G0/G1期细胞比例上升,S期细胞比例下降(P0.01或P0.05);免疫蛋白印迹发现,二甲双胍处理组中的磷酸化AMP激活的蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)表达升高,同时细胞周期蛋白D1(cyclin D1)的表达下降(P0.01或P0.05)。结论:体外实验中二甲双胍能够明显抑制膀胱肿瘤细胞的增殖,通过下调cyclin D1的表达诱导细胞周期停滞于G0/G1期。这些结果表明二甲双胍可能成为治疗膀胱癌的潜在药物。     

胎膜早破导致胎膜绒毛膜羊膜炎的细菌培养及药敏结果分析

目的:分析胎膜早破(premature rupture of memberane,PROM)所致孕妇绒毛膜羊膜炎的细菌培养及药敏结果,探讨胎膜早破引起的绒毛膜羊膜炎主要致病菌的病原学特征,为围产期感染用药提供科学依据。方法:对2011年6月至2013年9月在我院分娩的597例破膜时间大于24小时的PROM孕妇的胎膜进行细菌培养及药敏试验。结果:597例破膜时间大于24小时的PROM孕妇的胎膜细菌培养中,86例培养阳性,阳性率为14.41%;培养阳性病例中革兰氏阴性杆菌占73.26%(63/86),革兰氏阳性菌球菌占34.88%(30/86),培养最多的菌种是大肠埃希菌,占60.47%(52/86)。革兰氏阴性杆菌对亚胺培南、哌拉西林/他唑巴坦、头孢哌酮/舒巴坦、庆大霉素、头孢西丁、左氧氟沙星敏感;革兰氏阳性球菌对亚胺培南、丁胺卡那、哌拉西林/他唑巴坦、替考拉宁、万古霉素、利奈唑胺、庆大霉素、头孢西丁、左氧氟沙星敏感。结论:革兰氏阴性杆菌是PROM相关的绒毛膜羊膜炎的主要致病菌,应根据病原学特征合理应用抗生素。     

海南和两广地区柱花草炭疽菌遗传多态性的RAPD分析

利用8个随机引物对来自海南、广东和广西的114个柱花草胶孢炭疽菌（Colletotrichum gloeosporioides）的菌株进行了随机扩增多态性DNA（RAPD）分析,扩增谱带大小0．2-3．0kb。8个随机引物中以CW38114扩增的谱带重现性和稳定性最好,共扩增出786条谱带,其中多态性谱带558条。供试菌株扩增图谱在260-650bp处有3条明显的共同特征谱带,在650—3000bp之间的谱带显示较大的多态性差异。聚类结果表明：供试菌株主要分为四大遗传类型。其中第Ⅰ类和第Ⅲ类有两个亚类;三省区的菌株遗传多态性丰富程度依次为海南〉广西〉广东,并表现出地区性分布差异。研究结果还表明柱花草炭疽菌株表现出一定程度的专化寄生性。     

基于HT-SELEX筛选的节球藻毒素-R适配体的鉴定

节球藻毒素-R（nodularin-R,NOD-R）是具有强烈肝毒性的蓝藻毒素。然而,现有的NOD-R检测技术均存在一定的局限性,亟待开发一种新的检测方法。本文利用指数富集的配基系统进化（systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX）技术结合高通量测序（HT-SELEX）,筛选出NOD-R特异的高亲和力适配体。生物膜干涉（biolayer interferometry,BLI）技术对适配体的鉴定结果表明,适配体H62与NOD-R之间的亲和力最高,达到了168 nM。而且,该适配体不与其他毒素结合,具有较高的特异性。以上结果表明,适配体H62有望作为NOD-R检测新方法——适配体生物传感器的分子识别元件。     

利用异源细胞质对小偃6号农艺性状改良的研究

通过以山羊草等２３种不同异源胞质的中国春为母本,以小偃６号为父本,经过七代核置换回交,培育成功了２３种不同细胞质的小偃６号核质杂种。和对照小偃６号比较分析,发现不同的异源细胞质对小偃６号的抽穗期,条锈抗性、结实率等９个农艺性状都有着较明显的影响。