LAMB3在头颈鳞癌中的表达及预后价值分析

摘要 目的：研究层黏连蛋白亚基β3（LAMB3）在头颈鳞癌（HNSCC）中的表达、预后价值、免疫相关性及作用机制。方法：利用基于癌症基因组图谱（TCGA）的多个在线数据库,分析LAMB3在HNSCC肿瘤组织中的差异表达、预后价值以及对免疫细胞浸润的影响;通过基因共表达及蛋白-蛋白相互作用网络分析,探究LAMB3参与HNSCC的生物过程以及相关信号通路;预测调控LAMB3基因的上游靶miRNA。结果：LAMB3在HNSCC中高表达,LAMB3表达水平与年龄分布、肿瘤病理分级、淋巴结转移状态和HPV病毒感染状态相关;预后分析显示LAMB3在HNSCC中高表达预示患者不良预后,在肿瘤分期为Stage3、白色人种、肿瘤病理分期为Grade1和Grade2以及肿瘤新生抗原高表达HNSCC患者中总生存期更短;LAMB3表达水平影响HNSCC肿瘤微环境,LAMB3高表达能够降低B细胞、CD8⁺T 细胞浸润程度,升高CD4⁺T细胞浸润程度;基因共表达和功能相关分析表明,LAMB3高表达与基底膜形成、细胞连接、细胞迁移等生物过程有关;LAMB3潜在靶miRNA是hsa-miR-24-3p。结论：LAMB3在 HNSCC中高表达与免疫细胞浸润和患者不良预后相关,可作为HNSCC发病风险和预后指标。     

川西亚高山林线岷江冷杉和红杉对气候变化的响应

为揭示川西亚高山林线优势树种岷江冷杉（Abies fargesii var.faxoniana）和红杉（Larix potaninii）径向生长对气候变化的响应差异。通过树木年轮生态学的方法,研究了岷江冷杉和红杉径向生长与年均温的分异现象、生长衰退以及应对严重干旱事件的抵抗力和恢复力稳定性,并结合限制岷江冷杉和红杉径向生长的主要气候因素进行了分析。结果表明：（1）温度是限制林线岷江冷杉径向生长的主要气候因素,而限制红杉径向生长的主要气候因素是降水;（2）岷江冷杉的径向生长与年平均温度的变化趋势一致,红杉在20世纪90年代后径向生长呈现出下降的趋势,与年均温的升高出现分异;（3）1800-2019年间,岷江冷杉出现生长衰退2次,红杉出现生长衰退5次,相同的时间内,红杉的衰退频率高于岷江冷杉;（4）岷江冷杉对严重干旱事件的恢复力相比升温前有所增强,抵抗力相比升温前下降明显,红杉对严重干旱事件的抵抗力和恢复力相比升温前均呈现出下降的趋势。可为川西亚高山林线的植被动态变化预测和历史区域气候重建提供参考。     

坚龙胆中的一个新裂环烯醚萜甙

从坚龙胆（Gentiana rigescens）的根中分离得到1个新的裂环烯醚萜甙,命名为坚龙胆甙A（1）,以及8个已知化合物：龙胆苦甙（2）,6＇-O-β-D-吡喃葡萄糖基-龙胆苦甙（3）,马钱子酸（4）,6＇-O-β-D-吡喃葡萄糖基．马钱子酸（5）,獐牙菜甙（6）,2＇-（邻,间-二羟基苯甲酰基）．獐牙菜甙（7）,獐牙菜苦甙（8）,四乙酰开联番木鳖甙（9）。它们的化学结构通过现代波谱解析得以鉴定。化合物3,5和9为首次从坚龙胆中分离得到。     

乙醇合成途径的计算机重构

目的:用计算机重构乙醇合成途径,为合成生物燃料乙醇提供理论依据。方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉42个通用代谢物参与的反应,然后利用剩下的反应构建反应矩阵;利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索生成乙醇的代谢途径。结果:计算机重构了23 108条乙醇合成途径,以大肠杆菌作为产乙醇基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了78条以酒精O-乙酰基转移酶为关键酶的乙醇合成通路和89条以丙酮酸脱羧酶和乙醇脱氢酶为关键酶的乙醇合成通路,并构建了相应的乙醇合成网络图,标注每个反应的酶及编码该酶的基因。结论:通过计算机方法重构了多种乙醇合成途径,可以为利用微生物工业化生产乙醇提供理论依据。     

急性弛缓性麻痹病例中Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒变异株基因特征分析

研究Ⅱ型脊髓灰质炎(脊灰)疫苗变异株的基因特征,为我国使用口服脊灰减毒活疫苗/脊灰灭活疫苗使用策略,维持无脊灰状态和全球最终消灭脊灰提供科学依据。根据型内鉴定的检测结果,从2000~2001年AFP病例分离到的Ⅱ型脊灰疫苗变异株中选取有聚集性的5株病毒进行全基因组序列测定(贵州省3株、山东省2株),并进行核苷酸、氨基酸同源性分析。贵州省3株病毒全基因组序列完全一致,但与SabinⅢ型病毒发生重组,重组区域在3A区(nt5343~5353);与疫苗株相比,Ⅱ型区域变异10个碱基,其中VP1区变异4个,与SabinⅡ型株核苷酸同源性为99·56%,氨基酸同源性99·34%;Ⅲ型区域变异9个碱基。山东省2株病毒全基因序列共享16个突变位点,没有发生重组,与SabinⅡ型株相比,VP1区分别变异7个和4个碱基,核苷酸同源性分别为99·22%和99·56%,氨基酸同源性分别为99·0%和99·67%。上述5株病毒在重要的减毒位点nt481、nt2909均发生突变。此研究中5株病毒分属于两个不同的传播链,但是共享nt481、nt2909、nt2992三个突变位点,这3个突变位点不在重组区域内,他们的共同作用可能是影响病毒传播力的重要因素,但目前尚无证据证明脊灰疫苗病毒型间重组会增加病毒的毒力及传播力。     

烟草NtFtsZ2-1基因参与叶绿体分裂和扩大的调节

叶绿体虽然是植物细胞内一种极其重要的细胞器,但其分裂的分子机制尚不很清楚。已经证明FtsZ蛋白作为真核细胞分裂装置的一个关键成分,参与叶绿体的分裂过程。烟草的FtsZ基因属于2个不同的家族,在对NtFtsZ1家族成员研究的基础上,用正义和反义表达技术研究了NtFtsZ2家族成员NtFtsZ2-1基因在转基因烟草中的功能。显微分析结果表明NtFtsZ2-1基因的表达水平异常增强或减弱都会严重干扰叶绿体的正常分裂过程,导致叶绿体在形态和数目上的异常（体积明显增大,数目显著减少）,而单个叶肉细胞中叶绿体的总表面积在正反义转基因烟草和野生型烟草之间保持了相对稳定,没有发生明显的变化。同时还证明NtFtsZ2-1基因表达的变化对叶绿素含量和叶绿体的光合作用能力没有直接的影响。据此我们认为NtFtsZ2-1基因参与叶绿体的分裂和体积的扩大,其表达水平的波动会改变植物中叶绿体的数目和大小,而且在叶绿体的数目与体积之间可能存在一种补偿机制,保证叶绿体能最大限度地吸收光能,从而使光合作用得以正常进行。     

云南省古茶树资源调查与分析

为更好地保护和开发利用古茶树资源,2010-2017年对云南省12个地区58个县/市的古茶树资源进行了全面普查,依据《Flora of China》英文修订版分类确立了古茶树资源物种名录,建立初步的古茶树资源数据信息库。以此为基础,利用地理信息系统和统计学分析了云南古茶树资源种类组成、地理分布特征、生境类型及形态多样性。结果表明:云南古茶树种类多,调查共获得古茶树资源分布点474个,记录样本植株2570份,隶属7种6变种;古茶树资源分布广而不均,主要分布于滇西、滇南、滇东南及滇中哀牢山山脉,滇东南是古茶树物种多样性的分布中心,滇西是特有种的分化中心,云南古茶树资源的地理分布可能存在滇西-大理茶(Camellia taliensis(W.W.Sm.)Melch.)、滇南-普洱茶(C.sinensis var.assamica(J.W.Mast.)Kitam.)和滇东南-厚轴茶(C.crassicolumna H.T.Chang)3个现有分布中心;古茶树资源生境复杂多样,可大致分为原生林、次生林和高山旱地等3类,不同生境分布的古茶树种类及其生长状况有差异;古茶树资源具有丰富的形态多样性,其描述型性状多样性指数为0.58~1.48,数值型性状变异系数为4.37%~51.03%,总体上营养器官的变异性高于花部器官。本工作为进一步探讨云南地区古茶树资源的系统演化、多样性保护及合理利用提供了重要的本底资料。此外,根据古茶树资源现状,初步提出了一些保护利用建议。     

海桑属6种植物花粉形态兼化石花粉指南

利用光镜(LM)和电镜(SEM)观察和研究海桑属6种植物的花粉形态.详细描述海桑属(Sonneratia L．f．)花粉形态学特征并建立种间检索表.根据观察和分析结果,将6种植物花粉分为四种类型,即A类型(Sonneratia alba,S．×hainanensis,s．×gulngai)、B类型(S．caseolaris)、C类型(S．ovata)和D类型(S．apetala).进而讨论海桑属花粉形态特征对化石花粉的鉴别指南,以及在古生态学研究领域的应用价值.