会议综述:技术进步是后基因组时代生命科学发展的动力--记"第三届国际后基组生命科学技术学术论坛"(3''''IFPT)

人类基因组计划已经结束,生命科学正处在以研究基因及其表达产物蛋白质结构与功能为核心内容的“后基因组时代”。结构基因组、蛋白质组以及药物基因组的研究已成为新的热点,并开始了新一轮大规模的国际竞争与合作。日前由江苏省科学技术协会主办,东南大学、南京大学、日本遗传工程研究会等单位协办的“第三届国际后基因组生命科学技术学术论坛”(3’IFPT)的成功举行就充分反映了这种趋势。会议旨在加强国际生命科学领域内专家学者的交流与合作,促进后基因组生命科学技术的发展。来自中国、美国、日本、瑞典、瑞士、德国和加拿大等国的30位著名专家在会上所作的专题报告详细介绍了后基因组研究领域的最新成果。     

支持向量机在PPⅡ二级结构预测中的应用

PPⅡ二级结构是一种稀有的蛋白质结构类型。目前使用机器学习方法预测此二级结构的工作还比较少见。引入一种新的方法———支持向量机 (SVM)来预测PPII二级结构 ,并与神经网络方法进行了比较 ,结果表明 ,SVM方法在预测PPII结构上表现良好 ,预测精度达到 76 .5 2 %。     

蛋白质二级结构预测的系统误差

目前蛋白质二级结构的预测准确率徘徊在75%左右,难以作进一步提高。本文通过统计学的方法,对蛋白质的冗余数据库进行了分析。并由此证明,目前影响预测准确率继续的真正原因是蛋白质数据库本身的系统误差,系统误差大约为25%。而该误差是由于实验条件的客观原因带来的。     

Glycosides from Roots of Cyathula officinalis Kuan

Abstract: To search for new and bioactive compounds from traditional Chinese medicines, a new glycoside, 3-O-[α- L -rhamnopyranosyl-(1→3)-( n -butyl-β- D -glucopyranosiduronate)]-28-O-β- D -glucopyranosyloleanolic acid ( 1 ), was isolated from the roots of Cyathula officinalis Kuan, along with 3-O-(methyl-β- D -glucopyranosiduronate)-28-O-β- D -glucopyranosyl oleanolic acid ( 2 ), 3-O-β- D -glucopyranosyl oleanolic acid ( 3 ), 3-O-β- D -glucuronopyranosyl oleanolic acid ( 4 ), 3-O-[β- L -rhamnopyranosyl-(1→3)-(β- D -glucuronopyranosyl)] oleanolic acid ( 5 ), 3-O-(β- D -glucuronopyranosyl)-28-O-β- D -glucopyranosyl oleanolic acid ( 6 ), 28-O-β- D -glucuronopyranosyl-(1→4)-β- D -glucopyranosyl hederagenin ( 7 ), 3-O-[β- L -rhamnopyranosyl-(1→3)-β- D -glucuronopyranosyl]-28-O-β- D -glucopyranosyl oleanolic acid ( 8 ), and 3-O-[β- D -glucopyranosyl-(1→2)-α- L -rhamnopyranosyl-(1→3)-β- D -glucuronopyranosyl]-28-O-β- D -glucopyranosyl oleanolic acid ( 9 ). The structures of these compounds were determined based on spectral and chemical evidence. The 50 per cent growth-inhibiting (GI₅₀) of compounds 1 and 5 against MDA-MB-231 (a human breast cancer cell line) was 3.44 × 10^-4 and 4.66 × 10^-4 mol/L, respectively.
(Managing editor: Wei WANG)     

Comparison of adult mosquito community structure on various habitats

The community structure of adult mosquitoes was compared from New Jersey light trap collections in six different types of habitats in Citrus County, Florida, USA. From October 1998 to December 2000, mosquitoes were collected three times a week from the following habitats (swamps, swamps and freshwater marshes, pine fiat-woods, pine fiat-woods and scrub, salt marshes, and salt marshes and mangroves). Mosquito density was highest in the swamps and freshwater marshes habitat, with an average of 95.65 specimens per trap.Density was lowest in the flatwoods and scrub habitat, with an average of 14.38 specimens per trap. Species dominance differed among habitats. Salt marshes produced the greatest aggregation index, while pine flatwoods produced the lowest. Conversely, diversity analysis showed that pine flatwoods had the greatest diversity, while salt marshes the lowest diversity. Similarity indices indicated that the adult mosquito communities from pine flatwoods and pine flatwoods and scrub were very similar (0.8583). The adult mosquito community of salt marshes was different from that of swamps and freshwater marshes (the similar index was 0.0217).     

Flavonoids from Lysidice rhodostegia Hance

A novel flavonoid named mopanolchin (1), together with seven known flavonoids, was isolated by various chromatographic techniques and spectroscopic methods from the EtOAc extract of the roots of Lysidice rhodostegia Hance. The structure of the new compound was elucidated as l““““-(4-hydroxy-3, 5-dimethoxy)phenyl-2““““-hydroxymethyl-dioxino [4‘,5‘,1““““,2““““]mopanol (1) on the basis of spectral analysis.The known compounds were identified as (-)-epicatechin-3-O-gallate (2), epicatechin (3), naringenin (4),edodictyol (5), luteolin (6), 7, 3‘, 4‘-trihydroxyflavone (7) and (-)-robinetinidol (8).     

乙肝病毒核心蛋白及核心颗粒的结构及功能研究进展

乙型肝炎是由嗜肝DNA病毒(Hepatitis B virus,HBV)引起的一种世界范围内的传染性疾病.受HBV慢性感染的人群罹患肝硬化和原发性肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的相对危险性至少增加100倍,并最终导致死亡,给人们的健康造成极大的威胁和损害.鉴于此,世界上许多生物医学家早已把他们的研究目标集中到了乙肝病毒,以期弄清楚该病毒的基本结构,致病机理、免疫原性、免疫逃避和生化分子遗传规律等方面的问题.而近来在这些研究中,对乙肝核心抗原(HBcAg)结构、功能及免疫逃避机制的研究又成了引人注目的焦点.本文综合了近年来国内外对乙肝核心抗原(HBcAg)及其核衣壳和核心抗原缺失突变体的研究资料,从以下几个方面对该领域的研究作了较为深入的分析和概述.     

儿童肠道双歧杆菌和乳杆菌种群结构分析

以21例2～5岁中国儿童的肠道菌群为研究对象,利用传统培养计数法和分子生物学技术,对此年龄段健康儿童的肠道菌群分布及其中关键益生菌的种群结构进行了定量研究。实验表明,儿童肠道厌氧菌的数量高达109CFUg(湿重),其肠道菌群的定植抗力(平均BE=2.38)较强;不同的个体之间所能检测到的关键益生菌的种类有所不同,一般能检测到其中的1～4种双歧杆菌和1～5种乳杆菌;长双歧杆菌和假小链双歧杆菌的平均数量多达107CFUg(湿重),检出率分别为90.48%和85.71%,为儿童肠道内双歧杆菌的优势菌种;L.mucosae和发酵乳杆菌的数量较多,平均为3.68log10CFUg(湿重)和3.97log10CFUg(湿重),检出率分别为71.43%和52.38%,为稳定定植于儿童肠道内的优势乳杆菌;不同种类的益生菌在不同样本之间的数量组成均存在有很大差异,双歧杆菌的样本差异为1.86～3.85,乳杆菌的为2.43～4.07。     

池塘中斑索蟾的种群结构、个体生长与存活率

在澳大利亚新南威尔士南部沿海,作者搜集了一个池塘繁殖的斑索蟾(Crinia signifera)的种群统计资料。通过捕捉进出池塘的1 612只个体,获得种群大小、结构、生长率、性成熟时的大小和年龄、死亡率及寿命资料。迁移高峰从6月持续到11月,蛙的最高、最低遇见数量分别出现在春季和秋季。但第2年,该池塘蛙的数量明显减少,可能是由于补充到种群中的幼体数量很少的缘故。6个月后个体的重捕率很低;但距第一次捕获18个月以后,仍有个别个体再次被捕获。性成熟时,雌性比雄性的身体大一些。生长曲线显示,雌性比雄性的生长更快,所以更早地达到性成熟。研究种群的数量、结构和死亡率趋势等与已知的其它Crinia signifera种群基本一致。但研究种群迁移活动的高峰出现较晚,并且夏季的活动水平明显很高。这种长的活动时间可能会导致存活率的下降,同时有利于选择迅速性成熟的雌性[动物学报51 (3) : 393 -400 , 2005]。     

吉林省中西部平原区土壤螨类群落结构特征

对吉林省中西部平原区进行土壤螨类群落调查,了解该区土壤螨类群落组成、分布及土地利用差异对土壤螨类群落结构的影响。共捕获土壤螨类96属16443只。研究结果显示:土壤螨类群落组成各类群空间分布的广狭与个体数量的多寡在吉林省中西部平原区未呈现出明显的一致性;中部平原区与西部平原区土壤螨类群落组成存在明显差异,气候和土壤差异是主导因素;不同土地利用类型生境螨类群落特征存在一定的差异,农业生产活动减少了土壤螨类类群数和个体密度,使螨类在土壤剖面不同土层间分布更加均匀;同时农业活动也减少了螨类的群落多样性。MGP分析能够反映人类干扰对甲螨群落结构的影响,其中MGPⅠ分析对不同土地利用条件下甲螨群落结构的季节变动更敏感。MI指数显示,农田和居民点的农业生产活动增加了中气门螨类r-选择类群的数量[动物学报51(3):401-412,2005]。