基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略简介

随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要.就基于第二代测序技术的细菌基因组和转录组研究策略进行综述,并简要介绍细菌基因组和转录组研究中的机遇和挑战.综述细菌基因组与转录组研究的常规方法及步骤,并简要地介绍存在的问题.细菌基因组和转录组研究策略为大多数细菌的研究提供了一个...     

氟康唑对热带念珠菌活性氧和线粒体膜电位的影响

为了探讨氟康唑作用机制,观察它对热带念珠菌作用后存活率、活性氧(Reactive oxygen species,ROS)、线粒体膜电位(Mitochondrial membrane potential,△Ψm)和细胞周期的变化。参照NCCLS M27-A方案的微量稀释法测定氟康唑对热带念珠菌的最低抑菌浓度(MIC);热带念珠菌与不同浓度氟康唑共同培养后用流式细胞术(Flow cytometry,FCM)分析热带念珠菌存活率、ROS、线粒体膜电位△Ψm和细胞周期的变化。结果表明,氟康唑作用后,热带念珠菌氟康唑耐药株的存活率、ROS、线粒体膜电位△Ψm和细胞周期各期比例均没有明显变化;而热带念珠菌氟康唑敏感株的存活率和线粒体膜电位△Ψm明显下降,ROS明显升高,而且大部分热带念珠菌阻滞于G2/M期,并出现明显凋亡峰,呈一定的时间剂量依赖关系。自由基清除剂谷胱甘肽抑制热带念珠菌ROS的产生,阻止细胞周期G2/M期阻滞和降低凋亡。由此可见,氟康唑可能通过刺激热带念珠菌产生过多ROS,并使线粒体膜电位△Ψm下降,从而诱导热带念珠菌凋亡。     

叶绿体系统发育基因组学的研究进展

系统发育基因组学是由系统发育研究和基因组学相结合产生的一门崭新的交叉学科。近年来,在植物系统发育研究中,基于叶绿体基因组的系统发育基因组学研究优势渐显端倪,为一些分类困难类群的系统学问题提出了解决方案,但同时也存在某些问题。本文结合近年来叶绿体系统发育基因组学研究中的一些典型实例,讨论了叶绿体系统发育基因组学在植物系统关系重建中的价值和应用前景,并针对其存在问题进行了探讨,其中也涉及了新一代测序技术对叶绿体系统发育基因组学的影响。     

基因组暗物质的识别：数量最大的一类非编码RNA的高精度预测算法获得突破

第二代测序技术又称作深度测序技术,应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序,它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列,因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能,     

Wolbachia与昆虫寄主关系研究进展

Wolbachia pipientis是一种广泛存在于节肢动物和线虫生殖组织中的细胞内共生菌,通过母系生殖细胞在寄主种群内垂直传播。据分析,Wolbachia在昆虫中的感染率大约为66%,是昆虫中分布最广泛的胞内共生菌。Wolbachia能够以多种方式调控寄主的生殖行为,包括诱导细胞质不亲和、诱导孤雌生殖、雌性化、杀雄作用等。近10年来,Wolbachia的研究在多个领域都取得了长足进展。本文介绍了Wolbachia的多样性与分布、对寄主生殖行为的影响、基因组结构,以及其与寄主在基因组水平上的相互作用等领域的最新研究成果,并展望了Wolbachia研究的发展趋势。     

细菌的IV型分泌系统

细菌的分泌系统与细菌的生存及致病性密切相关。细菌的分泌系统包括I-VI型,其中,IV型分泌系统是与细菌接合机制有关的一类分泌系统。IV型分泌系统不但可以转运DNA,还可以转运蛋白质及核糖核蛋白复合物等大分子物质,这点区别于其他几种分泌系统。IV型分泌系统介导基因水平转移,通过细菌间接合作用,传递抗性基因和毒力基因,有利于细菌进化;另一方面,IV型分泌系统转运效应蛋白质分子到宿主细胞,参与细菌致病。本文着重从IV型分泌系统几种主要类型的分泌机制等方面对IV型分泌系统进行概述。     

基于形态及分子特征的鳖扁蜡蝉长翅型研究

研究了鳖扁蜡蝉属Cixiopsis Matsumura长翅型雌虫的形态和分子特征.通过和该属的模式种,即鳖扁蜡蝉Cixiopsis punctatus Matsumura,1900短翅型的形态比较,发现该长翅型雌虫在形态学方面存在某些差异.为了明确该长翅型雌虫的归属,还测定了该长翅型雌虫和鳖扁蜡蝉短翅型的COI序列,结...     

合成生物学指引我们向何方?

合成生物学真正进入大众视野,缘于2010年首个人造单细胞生物辛西娅的诞生。这是第一个由人类合成并能自我复制的新物种,它在给公众带来惊叹和恐慌的同时,也让合成生物学迅速成为媒体和公众关注的焦点。     

基于同义密码子使用的原核生物基因组大、小染色体及质粒进化特征分析北大核心CSCD

基于同义密码子偏好分析,对54个原核基因组大、小染色体及质粒中蛋白质编码基因的序列特征进行了对比分析。结果表明,大、小染色体中蛋白质编码基因的GC含量分布相近,质粒中蛋白质编码基因的GC含量分布与所在物种全基因组的GC含量差别较大。进一步的分析表明,大、小染色体共同偏好的密码子最多,且具有相近的起始密码子和终止密码子使用特征。基于对应分析的同义密码子使用模式分析表明,大、小染色体具有相近的序列特征,且大、小染色体及质粒之间具有不尽相同的影响因素。这些结果可为今后原核生物基因组进化研究提供可靠的方法和理论依据。     

人造染色体与“重组染色体技术”

今年本刊第一期(中国细胞生物学学报2011;33(1):95-9.)我介绍了美国科学家克雷格·文特尔实验室人工合成支原体基因组,创造了人造生命体。这个基因组长度为1.08 Mb,用化学方法合成了该基因组所有的DNA片段,然后借助酵母同源重组技术将这些片段组装成完整的支原体基因组(环形