分子标记在油菜杂种优势利用中的研究进展

杂种优势是一种普遍存在的生物学现象, 是提高作物产量的重要途径, 因而受到越来越广泛的重视。分子标记是近年兴起的一种新型的生物技术, 国内外已利用RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR和SRAP等多种分子标记技术对油菜的杂种 优势进行了广泛的研究, 取得了很多有价值的研究成果。本文综述了分子标记在油菜授粉控制系统中关键基因标记、亲本遗传多样性分析、杂种优势群划分、杂种纯度鉴定和杂种优势预测中的研究进展。通过对不同作物间的比较, 探讨了分子标记在油菜杂种优势利用中的研究深度, 并对分子标记在油菜杂种优势预测中应注意的问题进行了讨论。     

不同生境濒危植物龙棕种群结构及其动态特征

【目的】分析不同生境下龙棕种群结构及动态特征,探究其主要影响因素,为该区龙棕种群的保护、恢复和更新提供基础的理论依据。【方法】通过对楚雄州大尖山自然保护区内3种不同生境(阔叶林、针阔混交林、灌丛)龙棕种群调查,编制龙棕种群的静态生命表和绘制其存活曲线和生存分析函数曲线,并利用时间序列模型对种群的数量动态做出相应的预测,以深入了解不同生境下龙棕种群结构及动态特征。【结果】(1)在3种生境中龙棕种群均处于衰退状态,对外界干扰较为灵敏,存活曲线呈现Deevey-Ⅲ型,龙棕个体在幼苗阶段出现大量死亡。(2)3种不同生境下龙棕种群都分布不均,呈聚集分布,说明龙棕种子传播以母株为中心扩散。【结论】从种群密度大小上来看,阔叶林中的龙棕种群密度最大,其次是针阔混交林,最小的是灌丛。结合对种群年龄结构的研究,进一步证明水分条件较好的阔叶林和针阔混交林更有利于龙棕种群的生存。     

视频脑电图联合PEWS评分、NSE、CD4+/CD8+比值对病毒性脑炎患儿病情评估及预后预测的临床价值

摘要 目的：探讨视频脑电图（VEEG）联合儿童早期预警评分（PEWS）、神经元特异性烯醇化酶（NSE）、CD4⁺/CD8⁺比值对病毒性脑炎患儿病情评估及预后预测的价值。方法：选择2020年3月至2022年3月南京医科大学附属儿童医院收治的152例病毒性脑炎患儿，根据病情严重程度将患儿分为重症组（67例）和轻症组（85例），另选择72例无神经系统损伤住院患儿为对照组。治疗2周后，根据儿童格拉斯哥预后量表（CGOS）将其分为预后良好组（4~5级，89例）与预后不良组（1~3级，63例）。所有研究对象均接受PEWS测评和VEEG检查，检测血清NSE水平，计算CD4⁺/CD8⁺比值。采用单因素和多因素Logistic回归分析影响病毒性脑炎患儿预后的因素。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析PEWS、VEEG 及血清NSE、CD4⁺/CD8⁺比值预测病毒性脑炎患儿预后的价值。结果：重症组PEWS、VEEG重度异常比例及血清NSE水平高于轻症组和对照组，CD4⁺/CD8⁺比值低于轻症组和对照组（P＜0.05）；轻症组PEWS、VEEG重度异常比例及血清NSE水平高于对照组，CD4⁺/CD8⁺比值低于对照组（P＜0.05）。预后不良组PEWS、VEEG重度异常比例、血清NSE水平高于预后良好组，CD4⁺/CD8⁺比值低于预后良好组（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示，持续惊厥、高PEWS、VEEG重度异常、血清NSE水平升高是病毒性脑炎患儿预后不良的危险因素，CD4⁺/CD8⁺比值升高是保护因素（P＜0.05）。联合PEWS、VEEG 及血清NSE、CD4⁺/CD8⁺比值预测病毒性脑炎患儿预后曲线下面积为0.859，高于各指标单独预测。结论：病毒性脑炎患儿高PEWS、VEEG重度异常、血清NSE水平升高、CD4⁺/CD8⁺比值降低，与病情加重和预后不良有关，联合以上四项指标辅助预测病毒性脑炎患儿预后的价值较高。     

血清UA、sdLDL、sST2对急性心肌梗死患者PCI术后无复流的预测价值分析

摘要 目的：探讨血清尿酸（UA）、小而密低密度脂蛋白（sdLDL）、可溶性致癌抑制因子2（sST2）对急性心肌梗死（AMI）患者经皮冠状动脉介入治疗（PCI）术后无复流（NRF）的预测价值。方法：选取2021年1月～2023年1月睢宁县人民医院收治的196例AMI患者为AMI组，根据PCI术后是否发生NRF分为NRF组和血流正常组，另选取同期120名体检健康志愿者为对照组。比较AMI组与对照组血清UA、sdLDL、sST2水平。采用多因素Logistic回归分析AMI患者PCI术后NRF的影响因素，采用受试者工作特征（ROC）曲线分析血清UA、sdLDL、sST2水平对AMI患者PCI术后NRF的预测价值。结果：与对照组比较，AMI组血清UA、sdLDL、sST2水平升高（P＜0.05）。196例AMI患者PCI术后NRF发生率为34.69%，NRF组年龄大于血流正常组，糖尿病比例、肌酸激酶同工酶（CK-MB）、肌钙蛋白I（cTnI）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）、UA、sdLDL、sST2水平高于血流正常组（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示，年龄增加和UA、sdLDL、sST2升高为AMI患者PCI术后NRF的独立危险因素（P＜0.05）。ROC曲线分析显示，血清UA、sdLDL、sST2水平单独和联合预测AMI患者PCI术后NRF的曲线下面积AUC(0.95CI)分别为0.707(0.481～0.934)、0.742(0.513～0.955)、0.737(0.480～0.970)、0.863(0.737～0.960)，联合预测大于单独预测指标。结论：血清UA、sdLDL、sST2水平升高为AMI患者PCI术后NRF的独立危险因素，血清UA、sdLDL、sST2水平联合预测AMI患者PCI术后NRF的价值较高。     

火棘不同组织内生细菌群落多样性

为了解火棘不同组织内生细菌群落多样性,该研究采用高通量测序技术对火棘内生细菌16S rRNA V5～V7可变区进行测序,分析火棘不同组织部位内生细菌群落多样性。结果表明:(1)从火棘根、茎、叶组织中共获得内生细菌OTU 1 818个,其中根部754个,茎部 308 个,叶部756个,三者共有 OTU 152 个。(2)物种分类显示,不同火棘组织内生细菌具有丰富的群落多样性,火棘根部内生细菌种类隶属于23门53纲137目216科373属557种,其中异样根瘤菌属(Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium)和链霉菌属(Streptomyces)为优势属,其相对丰度分别为 10.57%和 8.00%; 茎部内生细菌种类隶属于21门32纲76目126科204属270种,其中马赛菌属(Massilia)和未知分类的丛毛单胞菌科属(unclassified_f_Comamonadaceae)为优势属,其相对丰度分别为31.10%和12.82%; 叶部内生细菌种类隶属于21门52纲130目210科380属581种,其中土芽孢杆菌属(Geobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)为优势属,其相对丰度分别为12.31%和9.84%。(3)PICRUSt功能预测表明,根部内生细菌物种最丰富,参与各种代谢调控的细菌丰度最高。该研究结果为进一步探讨植物内生细菌功能,挖掘新的有益微生物资源提供了参考。     

基于生态位模型的番荔枝实蝇潜在适生性分布预测

番荔枝实蝇Ceratitis artortoe(Graham)是一种重要的外来人侵性检疫害虫.在广东口岸,其幼虫连续从入境旅客所携带的水果中被榆出.目前关于番荔枝实蝇潜在适生性分布的研究进行得很少,但对于我国的生物生态安全却有重要意义.本研究中,我们使用3种牛态位模型(ENFA模型,马氏典型性模型和Maxent模型)对番荔枝实蝇在中斟以及全球范尉内的潜在适生性分布区域进行了预测分析.结果显示:Maxent模型拥有最好的预测精确度,马氏典型件模型次之,而ENFA模型的预测精确度最差;Maxent模型和马氏典型性模型的预测精确度无显著性差异;根据Maxent模型的预测结果,番荔枝实蝇在中国的潜在适生区主要是广西、广东、海南以及云南的少部分地区.分析结果显示,番荔枝实蝇从境外传人中国南部地区并最终在上述地区定殖的风险可能性存在,但风险较小.另外,折刀法(Jackknife)分析显示,6种环境因子,例如地面霜冻频率、年平均降雨量、十月降雨量、四月降雨量、年最低温度以及蒸气压,对于番荔枝实蝇在全球和局部地区的分布模式有显著的影响.     

PBOND： Web Server for the Prediction of Proline and Non-Proline cis / trans Isomerization

PBOND is a web server that predicts the conformation of the peptide bond between any two amino acids. PBOND classifies the peptide bonds into one out of four classes, namely cis imide (cis-Pro), cis amide (cis-nonPro), trans imide (trans-Pro) and trans amide (trans-nonPro). Moreover, for every prediction a reliability index is computed. The underlying structure of the server consists of three stages: (1) feature extraction, (2) feature selection and (3) peptide bond clas- sification. PBOND can handle both s...     

支持向量机方法预测蛋白质结构中的二硫键

在蛋白质结构预测的研究中,一个重要的问题就是正确预测二硫键的连接,二硫键的准确预测可以减少蛋白质构像的搜索空间,有利于蛋白质3D结构的预测,本文将预测二硫键的连接问题转化成对连接模式的分类问题,并成功地将支持向量机方法引入到预测工作中。通过对半胱氨酸局域序列连接模式的分类预测,可以由蛋白质的一级结构序列预测该蛋白质的二硫键的连接。结果表明蛋白质的二硫键的连接与半胱氨酸局域序列连接模式有重要联系,应用支持向量机方法对蛋白质结构的二硫键预测取得了良好的结果。     

基于局部茎搜索的RNA二级结构预测算法

RNA的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30多年历史的经典问题,基于最小自由能模型(MFE)的优化算法是使用最为广泛的方法．但RNA结构中假结的存在使MFE问题理论上成为一个NP-hard问题,即使采用动态规划等优化算法也会面临时间复杂度高的困难,同时研究还发现,由于受RNA折叠动力学机制以及环境因素的影响,真实的RNA二级结构往往并不处于自由能最小状态．根据RNA折叠的特点,提出了一种启发式搜索算法来预测带假结的RNA二级结构．该算法以RNA的茎为基本单元,采用启发式搜索策略在茎的组合空间中搜索自由能最小并且出现频率最高的RNA二级结构,该算法不仅能显著降低搜索RNA二级结构的时间复杂度,还有助于弥补单纯依赖能量预测RNA二级结构的不足．在多种类型的RNA标准数据集上进行了检验,结果表明,该算法在预测的精度上优于目前国际上几个著名的RNA二级结构预测算法并且具有较高的运行效率．     

模糊线性回归模型在河流水体总氮浓度预测中的应用

以湘江熬洲断面为例,将该断面水体中总氮浓度及其有关影响因子用三角模糊数来表征.同时,结合己有的模糊线性回归模型成果,构造了带有三角模糊参数的水体中总氮浓度模糊线性回归预测模型.并应用所建模型预测该断面水体中2002-2005年总氮浓度,所得的预测值与已有的实测值之间的相对误差均小于20%,完全满足实际应用对误差的要求,预测合格率为100%,说明这种预测模型在预测河流水体总氮浓度变化中有一定的实用性,为今后开展河流水体中污染物浓度预测提供了新途径.