基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇鱼骨(Hermibarbus labeo)和间鱼骨(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

为了解中国南方唇鱼骨（Hermibarbus labeo）和间鱼骨（Hermibarbus medius）的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇鱼骨8个水系及间鱼骨9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇鱼骨与间鱼骨合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇鱼骨样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇鱼骨和间鱼骨样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇鱼骨和间鱼骨之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间鱼骨与唇鱼骨达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间鱼骨种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇鱼骨和间鱼骨地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇鱼骨和间鱼骨种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇鱼骨种群、间鱼骨种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mtDNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。     

土壤宏转录组RNA的提取方法评价

【目的】比较手工法和试剂盒法提取土壤RNA对原核微生物多样性的影响,评价两种方法研究土壤宏转录组的技术偏好性。【方法】针对黑龙江海伦砂质黑壤土、江苏滨海黏心夹砂土、江西鹰潭第四纪红黏土不同母质发育形成的三种水稻土,采用手工和试剂盒法分别获得微生物总RNA,利用高通量测序原核微生物16S r RNA多样性,通过紫外分光和琼脂糖凝胶电泳分析RNA质量,比较手工和试剂盒法提取RNA对水稻土原核微生物群落的影响规律。【结果】三种水稻土中试剂盒提取RNA的纯度皆高于手工法,但RNA提取总量不一致。试剂盒提取黑龙江和江苏水稻土的RNA总量高于手工法,而手工法提取的江西水稻土RNA总量高于试剂盒法。高通量测序发现土壤类型而不是RNA提取方法决定了原核微生物多样性指数和群落结构。3个水稻土共检测到27门和409属,两种RNA提取方法偏好性提取了19门和181属,这些门和属占水稻土微生物总丰度平均值分别为40.4%和44.4%。与手工提取RNA相比,试剂盒法发现11个微生物门的丰度显著偏高(P0.05),但仅有Armatimonadetes门在三种水稻土同时存在专一偏好性;手工法提取也发现11个微生物门的丰度显著高于试剂盒法,并且仅有Firmicutes门在三种水稻土中同时存在专一偏好性。在微生物属水平,三种水稻土中均发现试剂盒法偏好性提取了2属,而手工法偏好性提取了5属。进一步针对72个优势微生物属(丰度0.1%且同时存在于三种水稻土),发现其占所有微生物丰度80%强,且48属的变化规律与RNA提取方法无关。例如,手工法提取水稻土好氧甲烷氧化菌的规律为:黑龙江(1.68%)江西(0.90%)江苏(0.59%),而试剂盒法也得到一致结果,黑龙江(0.52%)江西(0.18%)江苏(0.13%)。【结论】两种RNA提取方法本身的特异偏好性较小。三种水稻土27门409属中,仅有2门7属可能存在方法本身的专一偏好性,即在三种水稻土中,这些微生物均被试剂盒法或手工法特异性偏好提取,占所有原核微生物门和属比例仅为7%和1%左右。此外,针对同一水稻土,手工和试剂盒法提取RNA的总量、纯度、微生物相对丰度明显不同,在原核微生物门和属的分类水平,约70%的门和22%的属的丰度具有统计显著性差异,但两种RNA提http://journals.im.ac.cn/actamicro取方法均能反映优势微生物类群在三种水稻土中的变异规律,土壤类型对原核微生物多样性的影响远大于RNA提取方法本身的偏好性。未来原核微生物宏转录组研究中,应优先考虑科学问题及其实验处理可能导致的微生物组及其转录差异,结合微生物RNA提取特点,最大限度地发挥宏转录组技术优势。     

反硝化功能基因nirS和nirK及其检测技术研究进展

反硝化作用对维持环境氮平衡具有重要意义,其过程中亚硝酸盐向NO的转化是关键步骤,由亚硝酸盐还原酶控制,因此检测亚硝酸盐还原酶编码基因可以从分子生物学角度深入分析微生物种群特性和氮元素的转化规律,进而为评估生态环境健康状况等科研与生产活动提供支撑数据。重点综述了近年来反硝化作用功能基因nirS和nirK及其检测技术的研究进展,并对未来可预期的检测技术进行了展望,以期为该领域的研究人员提供参考。     

中间黄颡鱼群体遗传变异与亲缘生物地理

通过分析81尾采自华南西部12条水系的中间黄颡鱼(Pelteobagrus intermedius)mtDNA控制区435 bp的序列,研究其群体遗传变异及亲缘生物地理格局。结果显示,中间黄颡鱼群体间的遗传分化较小,核苷酸变异只有0.54%。12条水系的群体共有7个单倍型,其中一些现已相互隔离的水系中的群体共享同一个单倍型,提示这些水系曾经有非常密切的联系。根据嵌套进化支序分析,中间黄颡鱼可能起源于峒中河、北仑河、防城河所在的广西与越南交界地区,并通过两条途径向华南沿海西部诸独立水系和海南岛扩散,在演化过程中,曾发生片断化事件,长距离建群和持续的分布区扩张。     

黑龙江省蜜环菌生物种的地理分布概况

自1999年至2002年间对黑龙江省境内几个主要林区中的蜜环菌生物种进行了调查、采集和鉴定,并对其寄主种类和子实体发生规律以及地理分布特点进行了总结分析。结果表明:黑龙江省境内至少存在5个蜜环菌生物种,即芥黄蜜环菌Armillaria sinapina,高卢蜜环菌A.gallica,黄盖蜜环菌A.luteopileata,奥氏蜜环菌A.ostoyae和中国生物种F;寄主包括10个针叶和阔叶树种;与其他几种蜜环菌生物种相比较,A.gallica是黑龙江省境内出现概率最大的一个生物种;根据采集经验发现,温度和湿度是影响子实体发生的主要因子。     

华南沿海地区西部入海水系中间黄颡鱼的形态变异及地理分化

为探讨不同水系中间黄颡鱼 (Pelteobagrus intermedius) 的形态差异及地理分化问题,采用形态学方法, 测量12个水系中间黄颡鱼150尾样本的18个形态性状,进行主成分分析。其结果显示,前3个主成分累积贡献率为58.918%,并可将这12个水系的群体分为3簇。华南沿海地区西部诸独立入海小水系中的中间黄颡鱼群体与海南岛群体之间的相似性大于与西江干流群体的相似性。防城港地区3条直接入海的小水系的群体在形态特征上已发生了一定程度的分化,其分化主要表现在吻、眼和尾的变异。     

光唇鱼属鱼类一种新

本文记述采自湖南吉首的鲤科鱼类1新种,命名为吉首光唇鱼Acrossocheilus jishouensis sp.nov.。新种有以下与同属其他种类相区别的特点：下唇两侧瓣间隙小,几相接触;背鳍末根不分支鳍条柔软不加粗,后缘光滑;背鳍及臀鳍鳍条间膜有黑色条纹;体侧具不规则的大块黑斑或具模糊不清的垂直或纵行条纹等。新种与半刺光唇鱼A.hemispinus hemispinus和带半刺光唇鱼A.hemispinus cinctus较为相似。     

我国大陆淡水鱼类一新纪录

作者于1988年8月在浙江省采到我国大陆淡水鱼类一新纪录,报道如下。 台湾光唇鱼(Acrossocheilus formosanus Regan,1908)。 标本5尾,全长107.4—151.8毫米,体长86.1—120.8毫米。采自浙江省仙居县永安溪上游(见图1)。     

基于COI和ND5序列的中国南部唇鱼骨和间鱼骨群体遗传结构

唇鱼骨和间鱼骨均为分布较广的初级淡水鱼类,是理想的亲缘地理研究材料;且两者形态特征较为相似,不易鉴别,故两者的分布记述和物种有效性存在争议.为了解我国南部唇鱼骨和间鱼骨的群体遗传结构并探讨两者的物种有效性,本研究对8条水系的唇鱼骨和9条水系的间鱼骨共130尾个体的COI和ND5基因序列片段进行了测定,并对这两个基因的组合序列(2151 bp)进行了分析.结果表明: 在130尾个体的COI和ND5基因组合序列中,共有196个核苷酸变异位点,共检测出50个单倍型,单倍型多样性为0.964,核苷酸多样性为0.019,遗传多样性较高.基于COI和ND5基因组合序列构建的 NJ 树显示,所有种群可分为两支,支系Ⅰ包含了韩江和九龙江的全部单倍型以及瓯江的部分单倍型,余下的单倍型组成了支系Ⅱ.两支系间的遗传距离为0.036,而唇鱼骨与间鱼骨之间的遗传距离为0.027.单倍型网络图表明,韩江、九龙江种群和其他水系种群分化较大;漠阳江种群由海南岛种群扩散而来;海南岛各种群及漠阳江种群的单倍型分支与珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与长江水系单倍型分支之间的亲缘关系则较远;湘江、桂江和柳江之间的亲缘关系较近.AMOVA分析结果显示,地理区之间的变异约占71.2%,地理区内种群间变异约占16.6%,种群内的变异占12.2%,表明其遗传分化主要来自地理区之间.错配分析及中性检验结果显示,全部种群、唇鱼骨种群、间鱼骨种群、支系Ⅰ和支系Ⅱ在历史上均没有发生过明显的扩张.     

中国蜜环菌生物种新记录

在华中、西北和西南地区,发现了6个新的中国蜜环菌生物种CBS J、CBS K、CBS L、CBS M、CBS N和CBS O,研究证明都是异宗配合种类。CBS J与CBS A、CBS K与CBS G 以及CBS L与CBS H之间存在较低的互交可育现象。CBS K与Armillaria mellea互交可育, CBS M与A.borealis互交可育,且首次在欧洲以外地区被发现,其余4种为亚洲特有种。