《自然》、《科学通报》：研究称甲流病毒为杂合体

一项研究表明,新近北美出现的甲型H1N1流感病毒新毒株所有的基因都来自猪流感病毒,只是来自两个不同谱系．其中一个谱系的猪流感病毒约是10年前人、禽、猪流感病毒的杂合体。中国动物卫生与流行病学中心陈继明等研究人员,借助互联网流感病毒数据库平台。对猪流感病毒进行了谱系分析。并得出上述结论。这一成果发表在《科学通报》2009年第12期上。     

A platform to standardize,store, and visualize proteomics experimental data

With the development of functional genomics research, large-scale proteomics studies are now widespread, presenting significant challenges for data storage, exchange, and analysis. Here we present the Integrated Proteomics Exploring Database （IPED） as a platform for managing proteomics experimental data （both process and result data）. IPED is based on the schema of the Proteome Experimental Data Repository （PEDRo）, and complies with the General Proteomics Standard （GPS） drafted by the Proteomics Standards Committee of the Human Proteome Organization. In our work, we developed three components for the IPED platform： the IPED client editor, IPED server software, and IPED web interface. The client editor collects experimental data and generates an extensible markup language （XML） data file compliant with PEDRo and GPS; the server software parses the XML data file and loads information into a core database; and the web interface displays experimental results, to provide a convenient graphic representation of data. Given software convenience and data abundance, IPED is a powerful platform for data exchange and presents an important resource for the proteomics community. In its current release, IPED is available at http：//www. biosino.org/iped2.     

中国桃花水母属的修订（淡水水母目，笑水母科）

作者对我国的桃花水母属Craspedacusta的2亚种和2变种重新通过形态学观察,并与国内外已发表的Craspeda-custa属7种相比较,其刺丝囊疣的形状和排列及生殖腺的形状和颜色均存在明显的差异。故认为此2亚种和2变种应提升为种,即信阳桃花水母Craspedacusta xinyangensis He,1980,杭州桃花水母Craspedacusta hangzhouensis He,1980、乐山桃花水母Craspedacusta kiatingi Gaw and Kung,1939和宜昌桃花水母Craspedacusta kawaii(Oka,1907)。本文将全世界11种桃花水母的形态特征作了比较并附以系统检索。     

生物信息学数据库研究进展

介绍了生物信息学数据库的研究进展,及几种主要的数据库,并总结了生物信息学,数据库的发展特点及面临的主要问题。     

我国建立的乙型肝炎病毒生物数据库供使用（http：//www.scbit.org/hbv）

根据研究乙型肝炎病毒（HBV）研究需要,建立了HBV二级数据库,希望方便针对病毒的生物信息学研究,并促进对HBV生物学特性的研究。为此,教育部医学分子病毒学开放实验室与上海生物信息技术中心联合构建了Bio-HBV生物数据库。     

第五期全国医药技术管理高级培训班即将举办

新药项目技术评估与可行性分析是制药企业、新药研发和投融资机构等进行研究立项、技术转让．技术开发、技术投融资,以及申请政府科技立项和产业化投资等活动中一项非常重要的关键性工作。因此,如何对新药项目进行科学、合理、有效的技术评估与可行性分析,遴选出真正具有竞争优势项目,充分把握最有利的先机,降低技术经营成本和风险,是当前全球以技术驱动型市场为特征的广大制药企业和新药研发机构制定技术发展战略和经营管理决策的重要课题。     

大肠杆菌O23 O-抗原基因簇序列的破译及UDP-N-乙酰葡萄糖-C4异构酶的鉴定

采用鸟枪法破译大肠杆菌O23标准株的O-抗原基因簇序列,并用生物信息学的方法进行了基因注释和分析;采用基因缺失和互补的方法鉴定了O23的UDP-GlcNAc C4异构酶(Gne);用同源建模的方法构建了O23 Gne的高级结构并对其活性位点进行了分析;分析了不同血清型大肠杆菌O-抗原基因簇中gne基因的多样性;根据O23O-抗原基因簇中的特异基因筛选出了可用于大肠杆菌O23快速检测的特异DNA序列。     

兰属腋花组若干种类的研究

对新种丽花兰Cymbidium concinnum Z. J. Liu &; S. C. Chen和新变种龙州兰C. eburneum var. longzhouense Z. J. Liu &; S. C. Chen进行了描述和绘图; 丽花兰与大雪兰C. mastersii Griff. ex Lindl.有亲缘关系, 区别点在于新种叶片先端不分裂, 花序具18-22朵花, 唇瓣中裂片上有一个V型的紫红色斑块; 龙州兰(变种)与独占春(原变种)的主要区别在于唇瓣中裂片上和侧裂片顶部有较密的紫红色斑。对象牙白C. maguanense的分类问题进行了讨论, 并为其指定了新模式; 还为腋花组sect. Eburnea国产种类提供一个检索表。     

"基因电脑克隆"软件SiClone的并行优化研究与实现

生物信息学中,发现、鉴别新基因是承上启下的一步,它既承接了过往如“基因组测序”的工作,又是未来“后基因时代”研究的基石．“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法,SiClone软件实现了“基因电脑克隆”功能．本文对SiClone软件操作的数据库提出并行处理方案,并详述了基于MPI(message passing interface)平台实现的并行优化版本PSiClone．根据已得到的EST数据库,展示了软件并行版PSiClone的运行性能,试验数据库EST序列条数仅仅是NCBI(The National Center for Biotechnology Information)dbEST庞大数据库的很小部分,这也暗示我们软件的并行工作对于大数据库的比较和运算将更有应用前景．     

基于Web的中国昆虫科级鉴别分类系统InsectID的设计与开发

详细介绍了国内首个昆虫科级鉴别分类网络系统InsectID(见http://insectx.3322.org)的设计思路、各组成部分的结构与功能,讨论了开发过程中分类检索表的转化与再现、系统分类树与特征解释机制的实现等关键问题。该系统具有分类单元全面、信息可靠、鉴定简单、扩充性强、更新便捷等诸多优点,是昆虫分类研究与教学的有力工具,也适用于其他生物分类系统的构建。