生物数据库建立与应用的研究

生物信息学是一门在生命科学的研究中计算机科学与生物学及应用数学等多学科相互交叉而形成的综合性学科。主要介绍了生物信息学数据库的分类和生物信息学数据库的特点及其应用,同时对生物信息学数据库的未来发展作了进一步的展望。     

国内外生物信息学WWW服务器及数据库

生物信息学是一门新兴的交叉学科,近年来各类生物信息学数据库不断出现,其规模呈爆炸趋势增长,同时数据结构日趋复杂。目前生物信息学数据库服务已实现了高度的计算机和网络化。介绍国内外主要的生物信息学WWW服务器及其所含数据库的种类、作用。     

生物信息学中的数据库技术

生物信息学是近年来发展最快的学科之一,各类生物信息数据库不断的涌现。随着生物分子数据量的迅速膨胀,数据结构日趋复杂,生物信息学对数据库技术提出了更高的要求。本文讨论了目前生物信息学中数据库技术的发展现状、面临的问题和未来趋势,主要包括数据库管理、数据库分析、数据库集成等。     

生物信息学及其在蛋白质组学中的应用

随着基因组学和蛋白质组学的发展,生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的分析手段,蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一。本文分别从生物信息学的蛋白质双向电泳数据库和基于蛋白质质谱结果的数据库两个方面,概述了发展中的蛋白质数据库的最新动态和有关信息,同时对主要的热门蛋白质组学数据库站点和资源进行了评价和分析。     

Swami一新一代生物学平台

生物信息学的发展产生了越来越多的数据库和生物学软件,研究人员在应用这些生物学工具处理实验数据时需要大量的时间解决数据格式转换和管理等问题。本文介绍了一种交互式的基于网络的新一代生物信息学分析平台一Swam,它综合了主要的生物信息学数据库和软件,可以加速数据处理并帮助用户管理数据。因此它将推动生物信息学向更深层次发展。     

Swami—新一代生物学平台

生物信息学的发展产生了越来越多的数据库和生物学软件,研究人员在应用这些生物学工具处理实验数据时需要大量的时间解决数据格式转换和管理等问题。本文介绍了一种交互式的基于网络的新一代生物信息学分析平台—Swami,它综合了主要的生物信息学数据库和软件,可以加速数据处理并帮助用户管理数据。因此它将推动生物信息学向更深层次发展。     

利用SWISS-PROT网获取生物信息学资源

生物信息学是是采用数学、统计学和计算机方法对生物学数据信息进行采集、存储、传播、分析、归类、解释的科学[1] 。Ｉｎｔｅｒｎｅｔ网络是信息传输、检索、获取、交流的重要手段。当前 ,在Ｉｎｔｅｒｎｅｔ网上可以查询到大量的生物信息学数据库 ,其中ＳＷＩＳＳ ＰＲＯＴ蛋白质序列数据库是网上生物信息学最核心的 3个数据库之一。通过该数据库 ,可以较完整地获得生物大分子的序列信息。同时 ,研究者也可以将测定的序列信息通过该数据库予以认定、发表、交流。本文主要探讨ＳＷＩＳＳ ＰＲＯＴ蛋白质序列数据库的特点、检索方法及利用Ｉ…     

利用SWISS-PROT网上获取生物信息学资源

生物信息学是是采用数学、统计学和计算机方法对生物学数据信息进行采集、存储、传播、分析、归类、解释的科学[1].Internet网络是信息传输、检索、获取、交流的重要手段.当前,在Internet网上可以查询到大量的生物信息学数据库,其中SWISS-PROT蛋白质序列数据库是网上生物信息学最核心的3个数据库之一.通过该数据库,可以较完整地获得生物大分子的序列信息.同时,研究者也可以将测定的序列信息通过该数据库予以认定、发表、交流.本文主要探讨SWISS-PROT蛋白质序列数据库的特点、检索方法及利用Internet获取蛋白质序列信息.     

银环蛇神经毒素的生物信息学研究

目的为银环蛇神经毒素的研究及应用提供生物信息学视角的分析,并对其应用提出展望。方法在总结前人研究成果的基础上,运用生物信息学相关数据库及软件,对银环蛇神经毒素两类主要蛋白的三维结构,及其与乙酰胆碱和乙酰胆碱受体之间的相互作用机制进行相关分析研究。结果通过生物信息学分析,得到了银环蛇神经毒素的氨基酸序列及其三维结构图像,对此神经毒素的作用机制在分子水平有了更清楚的认识。结论运用生物信息学方法进行生物大分子研究,能取得较好的分析结果。     

生物信息学数据库研究文献引文与热点分析

以Web of Science为数据源,简要概括生物信息学数据库研究的发展趋势。利用Cite Space可视化工具展现生物信息学数据库研究的知识基础和研究热点图谱,为开展生物信息学数据库领域相关的理论研究和实践活动提供借鉴,以便推动生物信息学数据库研究的发展。研究表明：1990年Altschul SF发表的＂局部比对搜索工具——BLAST＂是生物信息学数据库研究的重要知识来源文献;热点主题集中在序列库、基因组数据库、分类数据库、蛋白质数据库、数据库更新、集成系统等。     

水稻二化螟地理信息系统数据库的设计与组建

组建地理信息系统数据库是进行种群时空动态分析的前提和基础。在介绍地理信息系统数据库的概念、特点等的基础上,以ArcView GIS 3.1作为组建数据库、进行时空分析的基本软件平台,对浙江省水稻二化螟数量变化的历史资料及有关的空间和属性数据进行分类、编码、输入与编辑等, 分别建立了空间及属性数据库。其中空间库包括浙江省的政区、河流、道路、等高线、土壤类型等图层, 属性库包括气象、耕作制度、灯诱及田间数据等。并将各地地名作为主关键字,以实现空间库与属性库以及各属性库之间的关联。该数据库不仅具有基本的数据库管理功能,如数据的输入、输出、编辑和查询,更重要的是可以通过该数据库对种群动态进行时空分析。     

上海市生物多样性信息管理系统的建立和应用

上海多样性信息管理系统是一个在因特网下发布的Ｗｅｂ数据库,用戾可以通过浏览器访问ｈｔｔｐ／／ｗｗｗ．ｉｂｓｆｕ．ｆｕｄａｎ．ｅｄｕ．ｃｎ来进行检索和查询。目前提供的主要数据库：鸟类资源 、两栖爬行动物及哺乳动物库：５个专类生物多样履数据库：绿化植物相关技术也在文中作了详细阐述。最后,就目前关于生物多样性信息系统建设中存在的问题发表了一些看法。     

NMRShiftDB -- compound identification and structure elucidation support through a free community-built web database

Compound identification and support for computer-assisted structure elucidation via a free community-built web database for organic structures and their NMR data is described. The new database NMRShiftDB is available on . As the first NMR database, NMRShiftDB allows not only open access to the database but also open and peer reviewed submission of datasets, enabling the natural products community to build its first free repository of assigned 1H and 13C NMR spectra. In addition to the open access, the underlying database software is built solely from free software and is available under an open source license. This allows collaborating laboratories to fully replicate the database and to create a highly available network of NMRShiftDB mirrors. The database contains about 10,000 structures and assigned spectra, with new datasets constantly added. Its functionality includes (sub-) spectra and (sub-) structure searches as well as shift prediction of 13C spectra based on the current database material.     

中国农业生态系统的生物量与生产力数据库及其管理系统的研建

在对中国农业生态系统的生物量、生产力研究资料的收集、整理基础上,建立了中国农业生态系统的生物量、生产力数据库,并实现了对该数据库信息的管理,该系统可进行数据录入、修改、系统维护、查询并生成子数据库,与ＳＡＳ软件结合对提取数据集可作进一步分析、研究．可广泛用于农业生态系统的生物量、生产力研究领域     

The HSSP database of protein structure-sequence alignments.

HSSP is a derived database merging structural (3-D) and sequence (1-D) information. For each protein of known 3-D structure from the Protein Data Bank (PDB), the database has a multiple sequence alignment of all available homologues and a sequence profile characteristic of the family. The list of homologues is the result of a database search in SwissProt using a position-weighted dynamic programming method for sequence profile alignment (MaxHom). The database is updated frequently. The listed homologues are very likely to have the same 3-D structure as the PDB protein to which they have been aligned. As a result, the database is not only a database of aligned sequence families, but also a database of implied secondary and tertiary structures covering 29% of all SwissProt-stored sequences.     

The HSSP database of protein structure-sequence alignments.

HSSP is a derived database merging structural three dimensional (3-D) and sequence one dimensional(1-D) information. For each protein of known 3-D structure from the Protein Data Bank (PDB), the database has a multiple sequence alignment of all available homologues and a sequence profile characteristic of the family. The list of homologues is the result of a database search in Swissprot using a position-weighted dynamic programming method for sequence profile alignment (MaxHom). The database is updated frequently. The listed homologues are very likely to have the same 3-D structure as the PDB protein to which they have been aligned. As a result, the database is not only a database of aligned sequence families, but also a database of implied secondary and tertiary structures covering 27% of all Swissprot-stored sequences.     

Database and software for the analysis of mutations at the human hprt gene.

A computerized database containing DNA sequence information regarding human HPRT mutants has been created. The database itself is in the dBASE format and contains information on about 1500 mutants. In addition, an IBM PC compatible software package to analyze the information in the database has been developed. Both the database and software are freely available via the Internet.     

TOPDOM: database of domains and motifs with conservative location in transmembrane proteins

The TOPDOM database is a collection of domains and sequence motifs located consistently on the same side of the membrane in alpha-helical transmembrane proteins. The database was created by scanning well-annotated transmembrane protein sequences in the UniProt database by specific domain or motif detecting algorithms. The identified domains or motifs were added to the database if they were uniformly annotated on the same side of the membrane of the various proteins in the UniProt database. The information about the location of the collected domains and motifs can be incorporated into constrained topology prediction algorithms, like HMMTOP, increasing the prediction accuracy. AVAILABILITY: The TOPDOM database and the constrained HMMTOP prediction server are available on the page http://topdom.enzim.hu CONTACT: tusi@enzim.hu; lkalmar@enzim.hu.