实时荧光定量PCR中内参基因的选择

实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法,在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性,通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析,结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定,结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh,适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。     

基于比较基因组学揭示不同植物乳杆菌的遗传特征及菌株差异——以Lactobacillus plantarum P9和Lp-6研究为例

[目的]植物乳杆菌(Lactbacillus plantarum,L.plantarum)在食品、医药和动物养殖等多个领域均有应用。本文以L.plantarum P9和Lp-6为例,解析L.plantarum遗传背景和基因组特征,为其鉴定和开发奠定基础。[方法]本研究采用PacBio SMRT测序技术完成了L.plantarum P9和Lp-6全基因组测序,结合已公开的110株L.plantarum全基因组数据和1株模式菌株ATCC 14917T数据,通过比较基因组学方法探究L.plantarum基因组的差异。[结果]L.plantarum P9和Lp-6基因组大小分别为3314.1和3482.5 kb,GC含量(%)分别为44.38%和44.32%,二者分别含有8个和9个质粒。113株L.plantarum系统发育树结果显示,L.plantarum P9与L.plantarum ATCC 14917T遗传距离更近,L.plantarum Lp-6更接近祖先群体分支。与L.plantarum WCSF1相比,含有xerS等基因的22.0 kb基因组片段在L.planarum Lp-6上发生了倒位,在L.plantarum P9基因组中缺失;L.plantarum Lp-6染色体插入含tagF等基因的13.0 kb片段;包含gpmA等基因的14.4 kb基因片段插入到L.plantarum P9染色体中。[结论]通过比较基因组学方法解析L.plantarum P9和Lp-6遗传信息,发现不同L.plan tarum菌株的遗传特征存在差异。     

西藏曲拉和云南乳饼中酵母菌的鉴定及其生物多样性

【目的】探讨西藏曲拉和云南乳饼中酵母菌的生物多样性及其分布特征,为我国传统乳制品中酵母菌资源的利用提供基础数据。【方法】从西藏和云南分别采集的5份曲拉样品和8份乳饼样品中分离出41株酵母菌,利用26SrDNAD1/D2区域序列分析对这些菌株进行了分类鉴定。【结果】曲拉和乳饼样品中酵母菌的总数分别在106-107cfu/g和102-106cfu/g之间,曲拉样品的酵母菌平均数比乳饼样品中的高34倍。共鉴定出10属12种,其中西藏曲拉的优势菌株为发酵毕赤氏酵母(Pichia fermentans)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae);云南乳饼的优势菌株为类筒假丝酵母(Candida zeylanoides)和喜仙人掌毕赤氏酵母(Pichia cactophila)。毕赤氏酵母属(Pichia)是曲拉和乳饼的共同优势属。【结论】西藏曲拉和云南乳饼中的酵母菌都具有丰富的生物多样性,但其差异性很大。     

内蒙古西部区酸粥中酵母菌的分离鉴定及优势菌分析

从内蒙古地区采集28份酸粥样品,从中分离出40株酵母菌,并对其进行了分子生物学鉴定和生物多样性分析。26S rDNA D1/D2区域 (600bp左右)碱基序列分析结果表明,酸粥中的酵母菌有Issatchenkia orientalis、Saccharomyces cerevisiae、Geotrichum sp.、Candida pararugosa、 Candida parapsilosis、Trichosporon asahii、Trichosporon coremiiforme、Clavispora lusitaniae和Candida tropicalis。经过分析,Issatchenkia orientalis(75%,Frequency percentage)为酸粥中的优势菌。     

三种提取乳酸菌中内源性质粒DNA方法的比较

采用3种不同抽提质粒DNA的方法普查了6株不同乳酸菌的内源性质粒DNA,并对3种不同方法进行比较。在相同条件下,琼脂糖凝胶电泳检测的结果显示:效果最佳者为改进的Anderson-Mckay方法,其次为液氮反复冻融方法,最差者为改进的碱裂解方法。为抽提革兰阳性细菌乳酸菌类的内源性质粒DNA提供了行之有效的方法。     

益生菌Lactobacillus casei Zhang增殖培养基的优化

Lactobacillus casei Zhang 是一株分离自传统酸马奶中的益生菌.本文研究了不同碳源、氮源、碳氮比例、微量元素及缓冲盐对 Lactobacillus casei Zhang 增殖培养的效果,并采用响应面法对优选的碳源、氮源和缓冲盐类的组成含量进行优化,得到 Lactobacillus casei Zhang 的增殖培养基为:葡萄糖20.9 g/L、大豆蛋白胨10.45 g/L、酵母粉10.45 g/L、K2HPO4 3.5 g/L、醋酸钠14.6 g/L、柠檬酸钠2.3 g/L、MgSO4·7H2O 1 g/L,MnSO4·5H2O 54 mg/L、CuSO4·5H2O 10 mg/L、吐温80为1 g/L.Lactobacillus casei Zhang 在此增殖培养基中经37℃ 18 h培养活茵数可达到4.78×109 CFU/mL,比在MRS中(4.8×108 CFU/mL)提高近10倍.     

适于AFLP分析的酵母菌DNA提取方法

采用3种方法对不同酵母菌的总DNA进行提取, 经琼脂糖凝胶电泳、ND-1000 型微量紫外分光光度计检测以及酶切、连接、预扩增试验结果的分析, 表明采用改良氯化苄法提取酵母菌的总 DNA 质量最好, 基本无 DNA 碎带, 蛋白质污染小。通过对野生酵母菌菌株的验证试验, 进一步证明采用改良氯化苄法提取的总 DNA 产量稳定、重复性好, 可以直接用于限制性内切酶酶切试验, 完全适于 AFLP 分析及一些其它分子生物学研究的要求。     

嗜酸乳杆菌MG2_1对大鼠血清脂质代谢的影响研究

利用从蒙古国酸马奶中分离鉴定,并通过耐酸性及体外降胆固醇能力测试筛选获得的L.acidophilusMG2_1菌制备成活菌体和热致死菌体制剂与高脂饲料同时灌喂Wistar系大鼠,研究探讨了对其血清脂质代谢的影响。结果显示,试验第14天时菌活菌体组和热致死菌体组与单纯饲喂高脂饲料对照组比较,对大鼠血清胆固醇浓度的上升分别呈现显著(p<0.05)和极显著的抑制效果(p<0.01),其热致死菌体组大鼠血清HDL_C,显著高于高脂饲料对照组(p<0.05)。并且各试验组大鼠动脉硬化指数均极显著地低于高脂饲料对照组(p<0.01)。热致死菌体组大鼠粪便中总胆汁酸含量也显著高于高脂饲料组(p<0.05)。可见,该菌株具有一定的抑制大鼠血清胆固醇含量上升和预防动脉硬化的作用。但在整个试验期内不改变灌服菌液剂量的情况下,随着试验时间的延长,该菌株对大鼠血清脂质的影响呈减弱趋势。     

双歧杆菌属特异性测序引物筛选及优化

【背景】目前双歧杆菌的益生功能被普遍认可,越来越多的研究开始关注肠道中双歧杆菌的生物多样性。然而双歧杆菌是肠道中的低丰度物种,现有技术尚难以深入研究其多样性。【目的】基于双歧杆菌16SrRNA基因序列筛选一对适用于分析粪便样品中低丰度双歧杆菌属多样性的特异性引物。【方法】依据已有引物的相对位置及其与双歧杆菌属16S rRNA基因序列的匹配率,将引物重组优化得到扩增片段800 bp的双歧杆菌属特异性引物;通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行实验筛选和特异性验证;以细菌通用引物(27f/1492r)为参照,通过单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术对不同引物的3份粪便样品中细菌的DNA扩增子进行测序,在种水平上分析比较不同引物的优劣。【结果】对文献中已有的9对双歧杆菌特异性引物进行重组并优化,其中2对引物的理论特异性较好且扩增产物大于800 bp,它们分别为Bif164-f/Pbi R2和Pbi F1/Pbi R2。PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳实验发现,Bif164-f/Pbi R2的扩增条带明亮且无拖尾。此外,利用SMRT测序平台对引物27f/1492r和Bif164-f/Pbi R2的3份粪便样品中细菌的DNA扩增子进行测序并分析。27f/1492r扩增子的分析结果显示,3份样品依次分别含1、3、4个双歧杆菌种且双歧杆菌的平均相对含量为0.34%;而Bif164-f/Pbi R2扩增子的分析结果显示,3份样品依次分别含2、6和8个双歧杆菌种且双歧杆菌的平均相对含量为98.72%。上述结果表明,Bif164-f/Pbi R2可在种水平上特异地检出粪便中低丰度的双歧杆菌,进而实现样品中双歧杆菌的多样性分析。【结论】筛选出一对双歧杆菌特异性引物Bif164-f/PbiR2,可在种水平上分析粪便样品中低丰度双歧杆菌的生物多样性,同时也验证了理论结合实验进行引物筛选这种方法的可行性。