柿ξ-胡萝卜素脱氢酶基因的克隆与序列分析

通过对柿ζ-胡萝卜素脱氢酶(-ζCarotene desaturase,ZDS)基因的克隆及序列分析,旨在为改良柿果实品质奠定基础。根据GenBank中其他植物ZDS基因的保守序列设计了两条PCR扩增引物,以柿果实中所提取的RNA为模板,采用RACE技术扩增出一条约为500bp的条带。经过序列分析,其长578bp,不含内含子,具有部分开放阅读框(177bp)、终止密码子(TGA)和poly(A)尾巴(11bp),共编码58个氨基酸。该序列及其所编码的氨基酸与其他植物ζ-胡萝卜素脱氢酶基因均具有较高的同源性。该基因已提交GenBank数据库,登录号为GU075728。     

分子系统生物学与细胞发生动力学

系统生物学采用系统理论和实验生物技术、计算机数学模型等方法整合研究动态生物系统网络.生物系统的结构理论和生物系统技术,研究基因组——生物体复杂系统与细胞分子网络系统的动态结构发生与进化,分析基因组的逻辑程序和人工设计原理.细胞信号传导、基因调控网络、代谢反应链和基因反馈调控的自组织化人工设计和基因、基因链、基因组人工合成等系统生物工程开发,可用于复杂疾病机理分析、药物分子筛选和转基因表达系统的生物反应器、纳米生物计算机等.     

棕色棉F3'H-羟化酶基因的克隆与生物信息学分析

根据葡萄的类黄酮3′-羟化酶(F3'H)基因全长cDNA序列Blast所得棉花的EST序列设计引物,以开花后16 d(DPA16)的新彩棉5号(xC-5)纤维为材料,利用RACE和RT-PCR技术分离得到了2个类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列,此2个序列编码区完全相同,仅在3'UTR区存在片段长短的差异,推测可能是基因转录后加工方式不同所造成.克隆所获得的棉花F3'H基因编码区全长1 533 bp,编码510个氨基酸,氨基酸序列分析预测表明,该基因所编码蛋白含有一个跨膜结构域,是一种分泌蛋白,定位于内质网上,并含有一段与细胞色素P450功能区相匹配的保守功能域;序列比对结果表明,棉花F3'H基因与其他多个物种的F3'H基因在氨基酸序列上有较高的同源性;聚类分析结果表明,棉花F3'H蛋白与双子叶植物大豆的F3'H亲缘关系较为接近,而与单子叶植物高梁等作物则较远.     

MicroPET观察姜黄素对APPswe/PS1dE9双转基因小鼠脑葡萄糖代谢的影响

目的利用18氟-脱氧葡萄糖microPET(18F-FDG microPET)影像学技术观察正常对照组小鼠,模型组和姜黄素治疗组APPswe/PS1dE9双转基因小鼠的脑葡萄糖代谢情况。方法随机挑选6月龄正常对照组C57BL/6J小鼠3只,模型组和姜黄素治疗组APPswe/PS1dE9双转基因小鼠各3只,通过2%异氟烷吸入麻醉后,从尾静脉弹丸式注射放射性示踪剂18F-FDG每例约14.8～16.5 MBq,摄取45 min后进行10 min microPET图像采集。计算并比较各组小鼠每克脑组织(除小脑)18F-FDG的摄取率。结果姜黄素治疗组小鼠每克脑组织18F-FDG的摄取率高于正常对照组和模型组。结论姜黄素能明显提高APPswe/PS1dE9双转基因小鼠脑18 F-FDG的摄取及每克脑组织的摄取率,并可能通过影响脑葡萄糖代谢而发挥神经保护作用。     

基于EST数据库进行SNP分子标记开发的研究进展及在猕猴桃属植物中的应用研究

对基于EST数据库开发SNP标记的特点、开发策略等进行了综述,并介绍了在中华猕猴桃复合体(Actinidia chinesis Planch.)中开发EST-SNP的基本思路和初步结果,为后续分子实验验证及其在自然居群中的应用奠定基础,并为其它相关物种的EST-SNP分子标记开发提供借鉴.     

双齿豹蛛的重命名（蜘蛛目：狼蛛科）

屈蕾蕾、彭贤锦、尹长民2010年记述的中国豹蛛1新种一双齿豹蛛Pardosa bidentata Qu．Peng＆Yin,2010（Oriental Insect 44： 388, figs.1, 7）经Norman I．Platnick博士确认为Pardosa bidentata Franganillo,1936（Estudios de“Belen．”1936：76,fig．35）的异物同名。现将屈蕾蕾、彭贤锦、尹长民2010年命名的双齿豹蛛Pardesa bidentata Qu,Peng＆Yin,2010重新命名为拟柴氏豹蛛,新名Pardosa pseudochapini Peng,nom．nov。     

东当归化学成分研究及定量分析

从当归属植物东当归的根的乙醇溶液中分离得到了4个化合物,通过理化特性和波谱分析分别鉴定为双(5-甲酰基糠基)醚(bis(5-formylfurfuryl)ether,1)、5-羟甲基糠醛(5-hydroxymethyl-2-furaldehyde,2)、豆甾醇(stigmasterol,3)、十七烷酸(heptadecanoic acid4,)。所有化合物均为首次从该植物中分离得到,其中1为首次从该属植物中分离得到。采用高效液相色谱法对东当归所含该属特征活性成分紫花前胡素进行了定量分析。     

非洲马瘟病毒群特异性RT-PCR检测方法的研究

非洲马瘟病毒(African horse sickness virus,AHSV)为双股RNA病毒,感染所有马科动物.设计2对位于AHSV基因组S7片段的引物,经RT-PCR扩增,证实2对引物对6种血清型的AHSV RNA均有特异性扩增,且能对同属的蓝舌病病毒(BTV)、鹿出血热病毒(EHDV)进行区别诊断.经序列测定及Blast,证实所扩增的条带确为AHSV S7相应位置核苷酸序列,表明已初步建立AHSV群特异性RT-PCR检测方法.     

一个生物网络比对的启发式算法

随着各种高通量生物实验技术的发明和广泛应用,越来越多的分子生物网络数据被公布.有效而且可靠的比对这些网络对检测分子生物网络的保守性功能模块和推测物种间的进化关系有着十分重要的意义.然而,由于网络比对在理论上是NP-困难（nondeterministic polynomialtime-hard）问题,它已经成为当前计算生物学需要攻克的主要难点之一.本文提出了一个比对两个蛋白质相互作用网络的启发式算法.该算法首先通过比较两个网络中所有顶点的邻域相似性给出这两个网络的顶点相似性矩阵,然后利用该矩阵将全局网络比对问题转化为一个二部图匹配问题.众所周知,二部图匹配问题具有多项式时间复杂度算法,本文利用ILOG CPLEX软件进行求解.为了验证该算法的优越性,作者比对了水痘病毒（varicella-zoster,VZV）和卡波济（氏）肉瘤病毒（kaposi＇s sarcomaassociated herpesvirus,KSHV）的蛋白质相互作用网络,并且把比对结果同其它网络比对算法进行比较.结果证明该算法显著提高了全局网络比对的精确度.     

植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化分析

Ⅲ型聚酮合酶(type Ⅲ polyketide synthase,PKSⅢ)广泛存在于细菌、真菌和植物中,目前数据库中已积累了大量的序列资料。为了进一步了解植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化,以及其作为系统进化研究材料的可能性,选取了75条来自不同植物物种包括苔藓类植物、蕨类植物、裸子植物、单子叶植物和双子叶植物的PKSⅢ蛋白序列,用CLUSTAL X软件对其氨基酸序列进行了比对,并用邻位相接法构建了系统进化树。结果表明,尽管不同来源的PKSⅢ序列表现了很大的差异,但保守结构域CHS-like所包含的主要功能位点半胱氨酸(Cys184)、苯丙氨酸残基(Phe236和Phe286)、组氨酸残基(His335)、天冬酰氨残基(Asn369)在各植物物种中具有很好的保守性;同时发现,在植物PKSⅢ序列中多数的Cys位点均具有较好的保守性,而且蕨类植物PKSⅢ和单子叶植物PKSⅢ在Cys保守位点有很好的相似性;进一步构建分子进化树表明,PKSⅢ基因基本上首先根据功能而聚类,明显地划分为CHSs和non-CHSs两类,其次按照不同的植物物种聚类。