Elemental Content in Brown Rice by Inductively Coupled Plasma Atomic Emission Spectroscopy Reveals the Evolution of Asian Cultivated Rice

The phylogenetic relationship for classification traits and eight mineral elements in brown rice （Oryza sativa L.） from Yunnan Province in China was carried out using microwave assisted digestion followed by inductively coupled plasma atomic emission spectroscopy, and the analytical procedures were carefully controlled and validated. In general, the results show that the mean levels of K, Ca, Mg, Fe and Cu in brown rice for 789 accessions of rice landraces was distinctly lower than that of improved cultivars. They further demonstrate that Ca plays an important role in the differentiation of subspecies indica-japonica, especially to enhance adaptation of cold stress, and that five mineral elements in brown rice enhance the eurytopicity from landrace to improved cultivar. Hierarchical cluster analysis, using average linkage from SPSS software based on eight mineral elements in brown rice, showed that Yunnan rice could be grouped into rice landrace and improved cultivar, with the rice landrace being further clustered into five subgroups, and that, interestingly, purple rice does not cluster with either of the groups. Our present data confirm that indica is the closest relative of late rice and white rice, and that they constitute rice landraces together, whereas japonica is the closest relatives of non-nuda, early-mid and glutinous rice. It is further shown that japonica, non-nuda, early-mid, glutinous, white and red rice might be more primitive than indica, nuda, late, non-glutinous and purple rice, respectively.     

基于微阵列数据构建的基因通路分析软件的研究进展

如今生物信息学领域有一个共识,即基因组学和蛋白组学研究产生了爆炸性的微阵列数据,如何利用这些数据构建基因调控网络也成为一个研究热点.文章利用相关的软件平台实现对基因调控网络的构建,并对网络进行分析,在生物信息学、系统生物学、生物医学等领域起着重要的作用.通过综合分析各种软件的特点,有利于帮助研究者根据自己的需要进行合理的选择.     

生物软件在序列分析过程中的运用

介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计的基本认识并介绍了多重引物兼容性筛选软件;对构建系统发育树的认识并引出分子进化树构建软件MEGA4的使用和PAUP 4.0常用建树命令模块。期望这些方法和软件的使用能解决生物序列分析过程的常见问题。     

20项肠杆菌酶学指标的筛选

肠杆菌科酶法快速分类系统的研制工作中,初选了20项酶学指标,利用SAS软件的主成分分析和变量聚类分析法,结合变异系数法及相关系数法,按照专业知识的特点,对271株肠杆菌的实验数据结果,筛选出了主要的10项指标。此研究为提取主要指标,并对指标加权作进一步处理提供了科学依据。     

熟制鱿鱼块微波杀菌过程的数值模拟研究

为研究熟制鱿鱼块在微波杀菌过程中的温度变化和微生物灭活情况,文章采用有限元分析软件COMSOL Multiphysics构建传热-电磁双向耦合模型,对微生物热失活方程进行积分,并采用有限元方法进行数值模拟,最后与实验结果进行比较。结果显示微波杀菌过程中温度变化和微生物灭活情况与实验结果总体接近,表面温度低于中心温度,相差8℃～10℃。在温度保持阶段两者差异稳定,微生物的灭活情况与温度分布相对应,关键原因就是电场分布的不均匀和食品表面热对流现象。熟制鱿鱼块中心点温度模拟值和微生物灭活数据与实验数据的均方根误差分别为1.19和0.31。文章证实了使用COMSOL Multiphysics建立的数值模型能很好地模拟微波热杀菌的过程。     

A comprehensive software suite for the analysis of cDNAs

We have developed a comprehensive software suite for bioinformatics research of cDNAs; it is aimed at rapid characterization of the features of genes and the proteins they code. Methods implemented include the detection of translation initia- tion and termination signals, statistical analysis of codon usage, comparative study of amino acid composition, comparative modeling of the structures of product proteins, prediction of alternative splice forms, and metabolic pathway reconstruction. The software package is freely available under the GNU General Public License at http： / /www.g-language.org/ data/cdna/.     

膜片箝pClamp采样软件中的P/N漏减分析

本文采用大鼠海马脑片盲法的全细胞记录技术,研究了Ａｘｏｎ公司ｐＣｌａｍｐ采样软件Ｌｌａｍｐｅｘ中Ｐ／Ｎ漏减的功能意义和作用机制,对Ｐ／Ｎ漏减脉冲电流的采集以及漏减脉冲的时间、极性、箝位电压、数目、位置等参数的设置进行了详细分析。结果表明,在采集电压门控性离子通道电流时,合理地利用Ｐ／Ｎ漏减会使离子电流记录更为准确可靠。     

智能化鼠多功能行为训练系统的研究

目的：研制一种微机控制的大鼠多功能行为训练检测系统－梯度电压自动驱动大鼠及微机适时显示,记录和分析实验结果。方法：采用仿windows界面,以TurboC2．0编制,利用TC直接对硬件端口操作,完成信号的采集,处理和对实验仪器的控制。结果：本系统实现了：①梯度电压自动驱动;②声,光,电不同条件刺激;③多路径自动设置;④所没数据建立数据库以SAS软件处理其结果。结论：本系统自动化程度高,操作简便,数据处理科学、准确,尤其是还可用于听觉、视觉等特殊鼠记忆模型的建立。     

石蒜属植物分支系统学分析

基于37个形态学、解剖学、孢粉学和细胞学性状及解剖学性状之外的28个形态学、孢粉学和细胞学性状,分别对石蒜属进行分支系统学分析,试图建立石蒜属种间的系统发育关系。利用PAUP^*软件分别构建了最大简约树(MP),所得树的拓扑结构是一致的。同时,基于解剖学9个性状,对石蒜、换锦花、忽地笑、江苏石蒜、长筒石蒜、乳白石蒜、夏水仙、红兰石蒜、安徽石蒜、短蕊石蒜、中国石蒜11个种进行系统发育树构建,其结果也是支持上述系统发育树的。系统发育树结构结果表明,石蒜属16种明显聚为两大类:石蒜、玫瑰石蒜、稻草石蒜和江苏石蒜;广西石蒜、红兰石蒜、换锦花、香石蒜、夏水仙、长筒石蒜、安徽石蒜、中国石蒜、忽地笑、乳白石蒜、短蕊石蒜和陕西石蒜。除换锦花、红兰石蒜及江苏石蒜系统发育位置不同之外,大类群的划分与RAPD指纹图谱基本一致。类群一均属于石蒜亚属(Lycoris亚属)。类群二又可以聚为两小类:广西石蒜、红兰石蒜、换锦花、香石蒜、夏水仙归为一类;长筒石蒜、安徽石蒜、中国石蒜、忽地笑、乳白石蒜、短蕊石蒜和陕西石蒜归为一类。前一子类群除广西石蒜外,都属于整齐花亚属(Symman thus亚属)。后一子类群除长筒石蒜与安徽石蒜外,均属于石蒜亚属(Lycoris亚属)。因此,花冠整齐与否是一个重要的分类特征,但作为石蒜属植物亚属的划分依据,没有得到本研究支持。而在本文中,雄蕊与花被片的位置关系可以作为大分类群划分依据,能否依此来对石蒜属植物亚属进行划分,仍需探讨。另外研究表明叶微形态特征在研究种间亲缘关系时,具有一定的作用。而在种间亲缘关系鉴定时,出叶期不应成为重要的依据。同时研究还表明中国石蒜与忽地笑具有非常近的亲缘关系,与形态学研究一致。     

MapGene2Chrom基于Perl和SVG语言绘制基因物理图谱

遗传图谱表现形式简洁明了,为分析遗传规律、克隆基因提供了便利。Gbrowse、MapViewer等工具虽然能够协助研究人员绘制相似形式的物理图谱,但有很大的局限性:(1)数据需提前布置好;(2)输出结果无法灵活修改。鉴于此,文章基于Perl和SVG语言,开发了一款生物辅助作图软件MapGene2Chrom的本地版与网页版,该软件能够依据输入数据快速绘制相应的物理图谱。该软件输入数据格式简单,输出结果易于修改,图片格式为SVG矢量图,具有很好的移植性,以期为研究人员绘制物理图谱提供便利。