论二次抽样以矫正多样性统计偏差的经典、发展与应用

稀疏标准化是定量古生物工作中矫正多样性统计偏差的常用方法。相比基于样本大小的传统稀疏化,基于采样充分度的改进能更忠实反映多样性信息。然而一些案例对于稀疏化的适用性不够重视,尤其是改进的方法鲜有国内文献介绍。本文阐述了稀疏化的原理,强调了应用的注意事项和改进方法的优势。稀疏化的原理是从大小不同的样本中二次抽样出彼此“公平”的子样本,以比较其分类单元丰富度。传统方法据样本大小衡量公平,改进的方法据采样充分度评估公平,要求子样本在群落中代表的个体频率总和相等。两种思路均可通过计算机模拟多次重复二次抽样或公式推导来计算,已有PAST和iNext等软件可以实现。采样是否充分代表了古生物群落是有效应用该方法的首要前提。     

新疆猪毛菜属植物多样性地理分布格局及其环境解释

猪毛菜属(Salsola)是新疆干旱区分布最为丰富的被子植物属之一,是盐碱和荒漠区的先锋种和建群种,对西北干旱区植被恢复与建设具有巨大生态价值。基于新疆自然分布的33种猪毛菜属物种共741个分布数据,整合利用点格局法和物种分布模型法构建了物种丰富度(SR)、加权特有性指数(WE)和校正加权特有性指数(CWE)的分布格局。选取环境能量、水分可获得性、气候季节性、生境异质性、土壤条件和历史气候变化共6类19种生态因子,利用地理加权回归模型(GWR)探究了环境异质性对猪毛菜属物种丰富度的影响。结果显示：(1)基于现实点位模型和物种分布模型构建的物种丰富度具有一致性,均呈北高南低、西高东低的破碎化分布趋势,但物种分布模型的结果在空间上比点格局法更连续,物种丰富度的高值区主要分布于准噶尔盆地南缘、准噶尔西部山地、天山西端和天山南脉南缘;(2)加权特有性指数和校正加权特有性指数的分布格局与物种丰富度分布格局具有一定差异,其最大值集中分布于准噶尔盆地南缘、伊犁河谷和塔里木盆地西南缘;(3)GWR模型结果表明,海拔变幅、土壤酸碱度和最干月降水量是制约新疆分布的猪毛菜属丰富度和特有性分布的最重要因素。     

攀西高原不同轮作制度下土壤固氮微生物nifH基因多样性与群落结构特征

[背景]关于高原生境轮作制度对土壤固氮微生物群落组成及多样性的影响研究尚少。[目的]深入认识攀西高原不同轮作制度对农田土壤肥力及土壤固氮微生物nifH基因群落结构与多样性的影响,以期建立合理的轮作制度。[方法]以凉山州冕宁县不同作物轮作制度[包括光叶紫花苕-烤烟(分轮作15年和20年两种,分别为G1和G2)、苦荞-烤烟(KQ)、大麦-烤烟(DM)和撂荒(CK)]的土壤为研究对象,通过化学分析和Illumina MiSeq技术,对土壤理化性质、土壤固氮微生物nifH基因多样性及群落组成进行分析。[结果]撂荒土壤全氮、铵态氮、硝态氮、有机碳和含水量最显著(P<0.05)。KQ轮作下土壤有效磷和速效钾分别提高了43.0%和2.60%,而DM轮作下的土壤理化性质均下降。土壤固氮酶活以撂荒土壤最高,G2轮作最低。土壤固氮微生物nifH基因多样性以G1轮作最高、G2轮作最低,门水平上以变形菌门(Proteobacteria)是优势共有nifH基因类群,相对丰度占群落的63.0%-92.4%;属水平上,偶氮氢单胞菌属(Azohydromonas)是不同轮作制度下的优势物种,慢生根瘤属(Brad...     

普通植物学使我终生受用

<正> 从学校毕业出来参加工作,做上专业性很强的研究工作。在学校学过的课程能够在实际工作中用得上的就有限了。这样说,并不等于否定许多学科的作用。所学的课程再多,也都是增加我的科学知识,训练我的科学头脑的基础,都不是白学。但在诸多的课程中,总有一些是与我现在从事的工作有直接的关系或关系密切一些的课程。从实事求是而言,除了植物分类学和植物学拉丁语两门有直接关系之外,关系比较密切一些的课程,要数普通植物学一门了。不论是在植物分类研究中,或在植物区系学、植物群落学、植     

花蜜微生物与传粉者的相互作用：现状与展望

传粉者是花蜜微生物的重要传播载体,驱动了花蜜微生物群落结构和功能的变化。微生物在花蜜中定殖后,能够改变花蜜质量和花信号,间接影响传粉者觅食决策和适合度,也能通过直接作用影响传粉者健康。本文总结了传粉者对花蜜微生物群落结构和功能的影响,以及花蜜微生物对传粉者觅食行为和适合度的改变,最后阐述了相关领域的未来研究方向,旨在为花蜜微生物和传粉者资源的保护和利用提供参考资料。     

VitisMod:一个葡萄基因共表达数据库

葡萄转录组已在各种组织、发育阶段、生物胁迫、非生物胁迫和其他条件下被测定。目前,仍没有简单实用的网络工具来探索这些宝贵的数据。本文从美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(NCBI GEO)下载1019个基因表达芯片数据,进行权重基因共表达网络分析(WGCNA)。鉴定到41个基因共表达模块。功能富集分析发现这些模块具有不同的功能,并与实验/表型相关。通过模块内连接度筛选枢纽基因,这些基因可能具有重要功能。通过关联推定(Guilt-by-association)原理对模块内功能未知的基因进行功能预测。最后,构建了免费的网络工具VitisMod,为葡萄的基因功能研究提供新资源,网址为:http://bioinformatics.fafu.edu.cn/grape。     

管氏肿腿蜂密度对其寄生及繁衍能力的影响

本研究以管氏肿腿蜂 Sclerodermus guani 雌成蜂为研究对象,拟探明寄生蜂密度对其寄生及繁衍能力的影响,为该寄生蜂行为生物学研究提供科学依据。本研究以松墨天牛 Monochamus alternatus 幼虫（0.350~0.450 g）为寄主,设置8种不同雌蜂密度（1~8头/寄主）,对比分析不同雌蜂密度下,管氏肿腿蜂的寄生行为和效能,以及雌蜂生殖力和子代适合度变化。结果表明,随雌蜂密度增加,管氏肿腿蜂蛰刺发生前历时、寄主麻痹历时及产卵前历时均缩短。基于Hassell-Varley数据模型分析(E =0.9023×P^-0.9378）,雌蜂的寻找效应随自身密度增加而逐渐变小,雌蜂间的干扰降低了寄生效能。雌蜂生殖力随其密度增加而降低,单雌平均产卵量及产雌量明显下降,雌蜂密度为1头/寄主时,单雌产卵量分别是4头/寄主和8头/寄主处理下的1.4倍和2.4倍。子代适合度也随雌蜂密度增加而变化,子代发育历期明显缩短,低龄幼虫存活率和单雌体重均下降。雌蜂密度为1头/寄主时,其子代发育历期最长,平均为26.7 d,8头/寄主时最短,平均为24.0 d。雌蜂密度为1头/寄主时低龄幼虫存活率和单雌体重分别是8头/寄主时的1.1倍和2.1倍。随雌蜂密度增加,子代雄性比呈小幅下降趋势,大多数处理子代雄性比低于15%。多头雌蜂寄生可提高克服寄主效率,缩短子代发育历期,增加子代数量,雌蜂密度为4头/寄主时可达到繁殖利益最大化。