| VitisMod:一个葡萄基因共表达数据库 |
| |
| 引用本文： | 刘伟,魏晓玲,何华勤.VitisMod:一个葡萄基因共表达数据库[J].生物信息学,2023,21(1):60-67. |
| |
| 作者姓名： | 刘伟 魏晓玲 何华勤 |
| |
| 作者单位： | 福建农林大学 生命科学学院,福州 350002 |
| |
| 基金项目： | 福建农林大学科技创新专项基金项目(No.CXZX2019050G)；福建省自然科学基金项目(No.2019J01381). |
| |
| 摘 要： | 葡萄转录组已在各种组织、发育阶段、生物胁迫、非生物胁迫和其他条件下被测定。目前,仍没有简单实用的网络工具来探索这些宝贵的数据。本文从美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(NCBI GEO)下载1019个基因表达芯片数据,进行权重基因共表达网络分析(WGCNA)。鉴定到41个基因共表达模块。功能富集分析发现这些模块具有不同的功能,并与实验/表型相关。通过模块内连接度筛选枢纽基因,这些基因可能具有重要功能。通过关联推定(Guilt-by-association)原理对模块内功能未知的基因进行功能预测。最后,构建了免费的网络工具VitisMod,为葡萄的基因功能研究提供新资源,网址为:http://bioinformatics.fafu.edu.cn/grape。
|
| 关 键 词： | 基因共表达 枢纽基因 连接度 葡萄 网络工具 |
| 收稿时间： | 2021/6/11 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2022/3/27 0:00:00 |
VitisMod: A database for co-expressed gene modules of grape |
| |
| LIU Wei,WEI Xiaoling,HE Huaqin.VitisMod: A database for co-expressed gene modules of grape[J].China Journal of Bioinformation,2023,21(1):60-67. |
| |
| Authors: | LIU Wei WEI Xiaoling HE Huaqin |
| |
| Institution: | College of Life Sciences, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Gene co-expression Hub gene Connectivity Vitis vinifera L Web tool |
|
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《生物信息学》下载免费的PDF全文 |
|
