基于CART算法的肺癌微阵列数据的分类

基因芯片技术是基因组学中的重要研究工具。而基因芯片数据( 微阵列数据) 往往是高维的,使得降维成为微阵列数据分析中的一个必要步骤。本文对美国哈佛医学院 G. J. Gordon 等人提供的肺癌微阵列数据进行分析。通过 t- test,Wilcoxon 秩和检测分别提取微阵列数据特征属性,后根据 CART( Classification and Regression Tree) 算法,以 Gini 差异性指标作为误差函数,用提取的特征属性广延的构造分类树; 再进行剪枝找到最优规模的树,目的是提高树的泛化性能使得能很好适应新的预测数据。实验证明: 该方法对肺癌微阵列数据分类识别率达到 96% 以上,且很稳定; 并可以得到人们容易理解的分类规则和分类关键基因。     

山葡萄籽中原花青素的提取

研究了提取溶剂、温度、时间、料液比4个因素对山葡萄籽中原花青素得率的影响.确定最佳提取工艺以70%丙酮为提取剂,在60℃条件下,提取120 min,料液比为17,原花青素的得率为2.31%     

猪背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的差异表达和主成分分析

骨骼肌细胞和脂肪细胞在分化生长速度上相对竞争的平衡点是猪肉质和胴体性状的决定因素.利用Oligo功能分类芯片检测了瘦肉型的长白猪和脂肪型的太湖猪在初生、1、2、3、4和5月龄间背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的动态表达变化.差异表达分析结果显示,在初生至5月龄的品种间分别有15、16、11、13、18和20个基因的表达差异倍数大于2倍.品种内的方差分析表明,长白猪分别有18和22个基因,太湖猪分别有3和7个基因在月龄间的表达差异达极显著(Ｐ<0.01)和显著水平(Ｐ<0.05).主成分分析结果显示,先降后升是两品种内最具代表性的基因表达模式,且长白猪和太湖猪分别有7和6个基因的表达模式明显偏离其他基因,提示其可能受到了重要的调控. 此外,5个差异表达基因的荧光定量RT-PCR验证结果均与芯片结果呈正相关趋势.以上结果筛选出了对于猪肉质和胴体性状可能具有重要影响,值得深入研究的一些候选基因,为深入研究生长发育过程中参与肌纤维生长和脂肪酸合成关键基因的表达变化规律和互作调控机制提供了基础数据.     

基于16S rRNA基因高通量测序研究狞猫肠道微生物多样性

[目的]研究狞猫肠道微生物多样性特征。[方法]对7只健康成年野生狞猫（2只雄性,5只雌性;2只来自济南野生动物园,5只来自威海野生动物园）粪便微生物16S rRNA基因V3-V4区进行高通量测序,对狞猫肠道微生物多样性进行研究。[结果] 7只狞猫共获得肠道微生物16S rRNA基因V3-V4区有效序列1458741条,平均208392条,序列平均长度433 bp。通过以97%的序列相似性进行分类,获得操作分类单元（OTU）平均 233个。经序列比对和分类鉴定,这些OTU都属于细菌域,包括13个门,26个纲,43个目,75个科,119个属。其中,丰度最高的细菌门是厚壁菌门（Firmicutes,平均占61.7%）、放线菌门（Actinobacteria,12.42%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,7.79%）、梭杆菌门（Fusobacteroidetes,7.79%）和变形菌门（Proteobacteria,7.53%）。丰度最高的科依次是消化链球菌科（Peptostreptococcaceae,平均占16.15%）,梭菌科I（Clostridiaceae_I,14.78%）,毛螺菌科（Lachnospiraceae,13.13%）,红蝽杆菌科（Coriobacteriaceae,12.31%）等。丰度最高的属是柯林斯氏菌属（Collinsella,11.44%）,艰难梭菌属（Peptoclostridium,10.91%）,狭窄梭菌属1（Clostridium_sensu_stricto_1,10.3%）,拟杆菌属（Bacteroides,7.41%）,消化链球菌属（Peptostreptococcus,5.21%）等。7只狞猫的肠道微生物中有平均15.35%的OTU没有归类到属。样本间聚类分析结果表明,来自同一动物园的样本聚为一支。[结论]本文通过高通量测序技术研究了狞猫肠道微生物的组成和多样性特征,为狞猫的救护饲养和消化生理学研究提供基础数据。     

猎豹(Acinonyx jubatus)肠道微生物多样性及其性别差异研究（英文）

【目的】探讨猎豹(Acinonyx jubatus)肠道微生物多样性特征。【方法】通过采集新鲜粪便样品,对9只健康成年野生猎豹(4只雄性,5只雌性)的肠道微生物16S rRNA基因V3–V4区进行高通量测序,对猎豹肠道微生物多样性进行研究。【结果】测序共获得肠道微生物16S rRNA基因V3–V4区有效序列599349条,序列平均长度405 bp。通过以97%的序列相似性进行分类,共获得操作分类单元(OTU)268个。经序列比对和分类鉴定,这些OTU都属于细菌域,包括10个门,21个纲,35个目,72个科,144个属。其中,丰度最高的5个细菌门是厚壁菌门(Firmicutes,平均占OTU总数的42.29%%)、放线菌门(Actinobacteria,31.54%)、梭杆菌门(Fusobacteroidetes,16.66%)、变形菌门(Proteobacteria,5.30%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,4.19%)。拟杆菌门的丰度较低是猎豹肠道微生物的主要特征。丰度最高的5个科依次是红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae,31.28%)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae,平均占17.66%),梭杆菌科(Fusobacteriaceae,15.46%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae,12.40%)、梭菌科I(Clostridiaceae_I,6.93%)等。丰度最高的5个属依次是柯林斯氏菌属(Collinsella,30.16%)、梭杆菌属(Fusobacterium,15.46%)、艰难梭菌属(Peptoclostridium,11.46%)、Blautia属(8.28%)和狭窄梭菌属1(Clostridium_sensu_stricto_1,6.39%)。约有2.32%的OTU没有归类到属。群落alpha多样性分析结果显示,猎豹肠道微生物群落Shannon指数为2.93–4.41,Simpson指数为0.72–0.91。通过依据性别进行分组,对雌雄两组之间的alpha多样性比较表明,雄性组的物种和Shannon指数略高于雌性组。Beta多样性分析表明,雌雄两组之间的差异高于各组内部不同个体之间的差异。然而,聚类分析显示,相同性别的猎豹的肠道微生物并没有聚在一起。【结论】本文通过高通量测序技术研究了猎豹肠道微生物多样性特征和性别差异,为猎豹的保护、救护饲养和消化生理学研究提供了基础数据。     

同型半胱氨酸、超敏C反应蛋白与妊娠期高血压疾病的关系

目的：探讨血浆同型半胱氨酸（Hcy）及超敏C反应蛋白（hs—cRP）与妊娠期高血压疾病（HDP）的关系。方法：选择妊娠期高血压疾病患者104例作为实验组,包括妊娠期高血压53例、子痫前期轻度24例,子痫前期重度27例;并随机选取同期正常孕晚期孕妇60例做为对照组。测定血浆Hcy及hs-CRP水平。结果：实验组血浆Hcy、hs-CRP水平显著高于对照组,随着实验组病情加重．血浆Hcy、hs-CRP水平逐渐升高,与对照组相比差异有显著性（P〈0．05）。结论：妊娠期高血压病患者血浆Hcy和Hs-CRP水平随着病情发展不断升高,密切监测其变化,对妊娠期高血压疾病的预防、诊疗及动态监测有着重要的临床价值。     

苹果乙烯不敏感基因EIN2片段的克隆及序列分析

分别以苹果果实总DNA和cDNA为模板,采用PCR、RT-PCR方法扩增、克隆乙烯不敏感基因(ethyleneinsensitive 2,EIN2),并利用生物信息学方法分析其核苷酸序列和蛋白质结构。结果表明:(1)以DNA和cDNA为模板的扩增结果完全相同,扩增的EIN2基因片段为4 378bp,尚未发现有内含子,开放阅读框全长3 282bp,编码1 093个氨基酸;苹果EIN2相对分子质量为118.9kD,等电点为5.52,其蛋白可能为脂溶性疏水蛋白。(2)所克隆苹果EIN2基因编码的氨基酸序列与拟南芥(AAD41077.1)、碧桃(ACY78397.1)和葡萄(CAN66374.1)EIN2基因编码的氨基酸序列一致性分别为52%、79%、62%。(3)构建的EIN2基因进化树显示,拟南芥、小盐芥、甜瓜、杨毛果EIN2基因亲缘关系较近,聚为一类;葡萄为一类;蒺藜苜蓿为一类;碧桃、矮牵牛、西红柿聚为一类;苹果单独为一类。而且苹果EIN2基因与碧桃等同源基因的亲缘关系相对较近,与拟南芥、小盐芥同源基因的亲缘关系相对较远。     

H7N9禽流感病毒裂解佐剂(MF59)疫苗稳定性研究

目的评价H7N9禽流感病毒裂解佐剂(MF59)疫苗的稳定性。方法采用国内自主构建的重组H7N9禽流感病毒疫苗株毒种制备单价疫苗原液,制备含MF59佐剂的成品疫苗。按照企业注册质量标准进行检定,分别放置于(37±2)℃、(25±2)℃和(5±3)℃环境下,观察不同时间疫苗的稳定性。结果经检定,成品疫苗的外观、装量、无菌检查、异常毒性检测、细菌内毒素含量、渗透压质量摩尔浓度及其他检定项目均符合企业注册质量标准。H7N9禽流感病毒裂解佐剂(MF59)疫苗在(37±2)℃保存3 d、在(25±2)℃保存3个月、在(5±3)℃保存30个月,疫苗各项指标均符合企业注册质量标准。结论 H7N9禽流感病毒裂解佐剂(MF59)疫苗具有良好的稳定性。     

模拟喀斯特不同土壤生境胁迫对刺槐幼苗光合特性及干物质分配的影响

为探讨刺槐对不同喀斯特环境的适应能力及其在生态系统构建的配置方式,通过室内水培实验,人工模拟干旱、高重碳酸盐、低营养、缺磷4种喀斯特土壤生境胁迫,研究刺槐幼苗的光合特性、碳酸酐酶活力、δ~(13)C值和干物质分配对不同喀斯特生境胁迫的响应及适应策略。结果表明:在干旱环境下,刺槐幼苗短期内(10天)最为敏感且受抑制最强,虽增加根冠比和水分利用效率,长期内(20天)能够维持生存;在高重碳酸盐环境下,因气孔导度降低,其通过骤增碳酸酐酶活力来增加溶液中HCO_3~-利用能力,以此提高茎叶干物质分配,长期保持较好生长力;在低营养环境下,短期内(10天)限制刺槐生长的主要因素为气孔限制,长期内(20天)通过上调碳酸酐酶活力增加对HCO_3~-的利用能力,提高根部干物质分配,但其生长仍受溶液无机元素的浓度限制;在缺磷环境下,刺槐通过上调碳酸酐酶活力来增加HCO_3~-利用能力,提高根部干物质分配,维持较高的生长能力。刺槐幼苗在不同喀斯特环境下表现出不同的适应机制,刺槐对4种模拟的喀斯特土壤环境胁迫适应性综合评价为:重碳酸盐缺磷低营养干旱。     

组织扩张器辅助神经内镜治疗高血压脑出血的临床应用价值分析

目的:探讨组织扩张器辅助神经内镜治疗高血压脑出血的临床效果,为高血压脑出血的治疗提供依据。方法:选择我院2017年2月至2018年1月收治的高血压脑出血患者108例,其中应用组织扩张器辅助神经内镜治疗的高血压脑出血患者52例作为研究组,应用传统开颅血肿清除术治疗的高血压脑出血患者56例作为对照组。比较两组手术出血量、血肿清除率、手术时间、术后再出血率、术后并发症发生情况及术后3个月、术后6个月格拉斯哥预后评分(GOS)情况。结果:研究组手术时间短于对照组,研究组手术出血量、术后再出血率均低于对照组,血肿清除率高于对照组(P0.05)。研究组肺部感染、尿路感染发生率低于对照组(P0.05);两组消化道出血、深静脉血栓发生率比较差异无统计学意义(P0.05)。两组术后6个月GOS评分分布优于术后3个月,术后3个月、术后6个月研究组GOS评分分布优于对照组(P0.05)。结论:组织扩张器辅助神经内镜治疗高血压脑出血能有效缩短手术时间和减少术中出血量,其血肿清除率也更高,且患者术后并发症发生率较低,预后较好。