昆虫RNA-Seq数据的分析流程

随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。     

丰水期长江感潮河口段网采浮游植物的分布与长期变化

于2009年6、8月对长江口门至江阴的河口段浮游植物进行了拖网采集,共检出浮游植物6门99属239种。其中:硅藻123种,甲藻19种,绿藻和蓝藻各42种,裸藻9种,黄藻4种。河口段网采浮游植物丰度以蓝藻占绝对优势,硅藻次之,两者合计在群落中的比例超过了95%。优势种也主要以蓝藻(水华鱼腥藻Anabaena flos-aquae、柔软腔球藻Coelosphaerium kuetzingiarum、微囊藻Microcystis spp.、颤藻Oscillatoria spp.和席藻Phorimidium spp.)构成,硅藻仅有2种(骨条藻Skeletonema spp.和颗粒直链藻Aulacoseira granulata)。口门内盐度均<0.5,群落基本以淡水类群为主,口门附近则以半咸水类群为主,海水类群主要位于口门外(盐度>13)。随着水温和营养盐水平的升高,8月浮游植物平均丰度(347.75×10⁴ 个/m³)明显高于6月(204.19×10⁴ 个/m³)。根据多维尺度和相似性分析,丰水期长江河口段浮游植物群落组成与分布存在显著(P<0.01)的时空差异。对比20世纪80年代以来的历史资料发现,长江口门内网采浮游植物丰度显著升高,且优势种也从硅藻(骨条藻、直链藻和圆筛藻)转变为蓝藻(颤藻、鱼腥藻和微囊藻)。     

高黎贡山南段种子植物区系的特有现象

高黎贡山南段是全球生物多样性研究热点地区之一,迄今计有野生种子植物192科878属2 807种.这一区域不仅植物的种类丰富,而且特有现象较为显著.其中东亚特有科8个、中国特有属17个、中国特有种1 085个、云南特有种305个、高黎贡山南段特有种82个.特殊地质历史和生态环境,使得高黎贡山南段既保留了许多古老特有成分,又孕育了许多新生特有成分.     

不同剂量阿霉素致大鼠局灶节段硬化肾病模型的建立比较

目的探讨不同剂量阿霉素对大鼠局灶节段硬化肾病模型的影响。方法左侧肾切除加尾静脉注射不同剂量阿霉素致大鼠肾脏局灶节段性硬化,观察不同剂量阿霉素对模型大鼠成活率、24 h尿蛋白定量、血清肌酐、尿素氮、肾脏病理的影响。结果不同阿霉素注射剂量组大鼠4周、8周成活率随着注射剂量的升高呈逐渐下降趋势,且4周、8周时阿霉素注射剂量4.5～6 mg/kg组模型大鼠成活率均低于50%;8周时成活率与注射剂量呈高度显著性负相关（r=0.9045,P〈0.01）。各阿霉素注射剂量组于1周出现尿蛋白明显升高（P〈0.01）、2周出现血清肌酐明显升高（P〈0.01）、4周出现血清尿素氮明显升高（P〈0.01）,并均呈进行性增高,2周时除3 mg/kg组外,其余各组血清尿素氮较正常组高（P〈0.01,P〈0.05）;8周时各注射剂量组大鼠24 h尿蛋白定量、血清肌酐、血清尿素氮与阿霉素注射剂量呈高度显著性正相关（r=0.942 9,P〈0.01;r=0.938 4,P〈0.01;r=0.956 8,P〈0.01）。各组大鼠肾脏病理均提示肾小球出现局灶节段硬化表现,且硬化程度随注射剂量的增加而呈加重趋势。结论阿霉素尾静脉注射剂量3 mg/kg模型组大鼠死亡率低,同时大鼠肾脏病理又能表现出符合人类肾小球局灶节段硬化的改变,是较为理想的造模剂量。     

ABRA在不同年龄大鼠腰段脊髓中的表达变化

目的检测Actin binding Rho activator（ABRA）在不同年龄大鼠腰段脊髓中的表达变化。方法采用Western blot定量检测不同年龄大鼠腰段脊髓中ABRA蛋白水平表达变化,采用免疫荧光染色显示不同年龄大鼠腰髓中ABRA细胞定位。结果Western blot显示ABRA在新生鼠腰段脊髓中表达显著高于成年鼠及老年鼠。免疫荧光染色显示ABRA广泛表达于神经元的胞核、胞浆和突起,在腰髓前角,与前角运动神经元存在共定位,在腰髓后角,与小的NeuN阳性感觉神经元存在共定位。腰髓前角、后角的阳性细胞计数均显示新生鼠ABRA＋NeuN双阳性细胞占总ABRA阳性细胞百分比显著低于成年鼠及老年鼠。结论ABRA广泛表达于腰髓中的神经元,ABRA在新生鼠腰髓中表达最强,随年龄的增长呈现明显的时相变化,提示ABRA可能参与了腰髓中神经元的发育和成熟。     

山西白猪SLA-DQB基因多态性研究

为评价和选育山西白猪提供分子基础数据,采用PCR(polymerase chain reaction)-RFLP(restriction fragment length polymorphism)法对202头山西白猪SLA(swine leukocyte antigen)-DQB基因外显子2的273 bp扩增产物多态性进行研究.山西白猪经HaeⅢ酶切后产生6种基因型:167 bp/23 bp/29 bp/54 bp(AA)、84 bp/83bp/23 bp/29 bp/54 bp(BB)、167 bp/4 bp/102 bp(CC)、167 bp/23 bp/83 bp(EE)、167 bp/23 bp/29 bp/54 bp/4 bp/102 bp(AC)和167 bp/106 bp/4 bp/102 bp(CD);5种等位基因(A、B、C、D和E),其中等位基因A和基因型AA有明显优势.山西白猪SLA-DQB基因外显子2 HaeⅢ-RFLP带型较多.     

苋菜的组织培养与快速繁殖

1植物名称苋菜(Amaranthus mangostanus L.)。2材料类别带腋芽茎段、叶片、下胚轴,幼苗通过种子无菌萌发获得。     

夜合花的组织培养和快速繁殖

1植物名称夜合花[Magnolia coco(Lour.)DC.],别名夜香木兰。2材料类别顶芽、茎段。3培养条件基本培养基为MS,初代培养基:(1)MS 6-BA 1 mg·L~(-1)(单位下同) NAA 0.1;(2) MS 6-BA 1 NAA 0.5;(3)MS 6-BA 0.5 NAA 0.1。继代培养基:(4)MS 6-BA 2 NAA 0.5;(5)MS 6- BA 1 NAA 0.5;(6)MS 6-BA 0.5 NAA 0.5。生     

观赏用的红肉苹果的组织培养

1植物名称红肉苹果[Malus pumila var.niedzwet- zkyana(Dieck)Schneid]。2材料类别春梢幼嫩茎段。3培养条件MS为基本培养基,(1)芽诱导培养基:MS 6-BA 0.2mg·L~(-1)(单位下同) NAA 0.2;(2)芽增殖培养基:MS 6-BA 0.5 NAA 0.5:(3)生根培养基:1/2MS IBA 0.1 NAA 0.1。以上培养基中均加入5.5 g·L~(-1)琼脂粉和30g·L~(-1)蔗糖,pH 5.8;     

不同体位下输尿管硬镜对输尿管上段结石患者的疗效及安全性分析

摘要 目的：对比不同体位下输尿管硬镜对输尿管上段结石患者的疗效及安全性。方法：2018年8月到2021年1月选择在本院诊治的输尿管上段结石的患者88例作为研究对象,根据随机信封抽签1:1原则把患者分为头高臀低组与水平位组各44例。所有患者均给予输尿管硬镜手术治疗,头高臀低组给予头高臀低截石位,水平位组给予水平截石位,记录与随访疗效及安全性。结果：所有患者顺利完成手术,头高臀低组碎石时间等围手术指标少于水平位组（P<0.05）。头高臀低组术后14 d的总有效率为97.7 %,高于水平位组的86.4 %（P<0.05）。头高臀低组术后14 d的假道形成、输尿管穿孔、粘膜撕脱、感染等总发生率为4.5 %,低于水平位组的25.0 %（P<0.05）。两组术后14 d的血清同型半胱氨酸（Hcy）和β2-微球蛋白（β2-MG）含量较术前1 d低（P<0.05）,头高臀低组低于水平位组（P<0.05）。所有患者术后随访6个月,头高臀低组的复发率为2.3 %,低于水平位组的13.6 %（P<0.05）。结论：相对水平截石位,头高臀低截石位在输尿管上段结石患者输尿管硬镜手术患者的应用能提高总体治疗效果,促进患者康复,也可降低血清同型半胱氨酸和β2-微球蛋白,减少并发症的发生,降低复发率。