昆虫RNA-Seq数据的分析流程

随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。     

卧龙巴郎山川滇高山栎群落植物叶特性海拔梯度特征

川滇高山栎林是中国植被非常特殊的亚高山硬叶栎林类型,广泛分布在横断山地区。为了阐明植物群落植物叶型组成对海拔梯度的响应,对卧龙自然保护区巴朗山阳坡川滇高山栎群落植物叶型特征随海拔梯度（15海拔梯度,海拔2200～3600 m）的变化进行了研究。卧龙自然保护区巴朗山各个梯度川滇高山栎群落维管束植物的叶级以小型叶为主,占总种数的平均百分率为36.09％;细型叶和中型叶的维管束植物比例相当,分别为25.64％,25.22％;大型叶和巨型叶维管束植物分别占6.82％～9.94%和0.00％～0.71%;微型叶植物比例在1.28～5.59%;小型叶维管束植物的比例随海拔先降低后升高再降低,最低值出现在海拔3000 m左右。各个海拔梯度川滇高山栎林内维管束植物的叶型以单叶为主,平均占总种数的75.89％,其余为复叶植物,占总种数的24.11％;维管束单叶型植物物种比例随海拔升高变幅较小,在73.84％～78.78％之间,但在海拔2500 m有一个最低值,其比例为73.85％;复叶维管束植物在各海拔梯度群落物种数比例在21.21％～26.15％之间。各海拔川滇高山栎林内维管束植物的叶质以纸叶型为主,平均占总种数的46.03％,其次为薄叶植物（29.17％）,革质（22.00%）和厚革质植物（2.79％）。川滇高山栎群落内纸质与厚革质维管束植物种类的比例随海拔升高而降低;革质与薄叶型维管束植物种类的比例随海拔升高而升高。全缘维管束和非全缘维管束植物种类分别占总数的50.50％和49.50％;全缘类维管束植物随海拔升高呈正二项式分布,而非全缘维管束植物则呈相反的分布格局。     

丰水期长江感潮河口段网采浮游植物的分布与长期变化

于2009年6、8月对长江口门至江阴的河口段浮游植物进行了拖网采集,共检出浮游植物6门99属239种。其中:硅藻123种,甲藻19种,绿藻和蓝藻各42种,裸藻9种,黄藻4种。河口段网采浮游植物丰度以蓝藻占绝对优势,硅藻次之,两者合计在群落中的比例超过了95%。优势种也主要以蓝藻(水华鱼腥藻Anabaena flos-aquae、柔软腔球藻Coelosphaerium kuetzingiarum、微囊藻Microcystis spp.、颤藻Oscillatoria spp.和席藻Phorimidium spp.)构成,硅藻仅有2种(骨条藻Skeletonema spp.和颗粒直链藻Aulacoseira granulata)。口门内盐度均<0.5,群落基本以淡水类群为主,口门附近则以半咸水类群为主,海水类群主要位于口门外(盐度>13)。随着水温和营养盐水平的升高,8月浮游植物平均丰度(347.75×10⁴ 个/m³)明显高于6月(204.19×10⁴ 个/m³)。根据多维尺度和相似性分析,丰水期长江河口段浮游植物群落组成与分布存在显著(P<0.01)的时空差异。对比20世纪80年代以来的历史资料发现,长江口门内网采浮游植物丰度显著升高,且优势种也从硅藻(骨条藻、直链藻和圆筛藻)转变为蓝藻(颤藻、鱼腥藻和微囊藻)。     

卤虫投喂下长吻(鱼危)仔稚鱼消化酶发育和口宽变化的研究

采用酶学和形态学测定方法, 研究在投喂卤虫条件下长吻(鱼危)仔鱼4种主要消化酶: 胃蛋白酶、胰蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶的活性变化以及长吻(鱼危)仔鱼口宽、全长变化。实验共进行13d, 实验结果表明: (1)长吻(鱼危)仔鱼全长、口宽的发育与其日龄表现出明显的线性正相关(R_TL²=0.974, R_MW²=0.964)。口宽与全长比值(MW/TL)在仔鱼开口后急剧下降, 并自7日龄开始维持在0.07—0.08, 口宽和全长处于同步发育期并表现出明显的相关性(R²=0.948), 说明7日龄(/h, days post hatching)后口宽和全长处于同步发育期, 标志仔鱼转食的开始。(2)长吻(鱼危)仔鱼初次开口时即可检测出四种消化酶的活性。5—7/h时胰蛋白酶显著高于初孵仔鱼, 与此时仔鱼开始开口摄食的行为相一致。胃蛋白酶、脂肪酶活性在仔鱼孵化后第7天即开口的第3天, 淀粉酶活性在孵化后第6天, 显著高于初次孵化出来的仔鱼。8—13/h时, 胃蛋白酶、胰蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶活性均在较高水平平稳的波动, 标志着消化道发育逐渐健全。     

形宽刺甲Bioramix(Bioramix) rotundicollis(Kaszab,1940)(鞘翅目:拟步甲科:刺甲族)的再描述

2012年在西藏普兰地区采集到鞘翅目Coleoptera拟步甲科Tenebrionidae刺甲族Platyscelidini一种昆虫:形宽刺甲Bioramix(Bioramix)rotundicollis(Kaszab,1940)。鉴于原始描述过于简单,且缺少特征图和整体照片,本文对其进行了详细描述,并附有特征图和整体照片。检视标本保存于西华师范大学标本馆和俄罗斯楚瓦什国立师范大学标本馆。     

不同剂量阿霉素致大鼠局灶节段硬化肾病模型的建立比较

目的探讨不同剂量阿霉素对大鼠局灶节段硬化肾病模型的影响。方法左侧肾切除加尾静脉注射不同剂量阿霉素致大鼠肾脏局灶节段性硬化,观察不同剂量阿霉素对模型大鼠成活率、24 h尿蛋白定量、血清肌酐、尿素氮、肾脏病理的影响。结果不同阿霉素注射剂量组大鼠4周、8周成活率随着注射剂量的升高呈逐渐下降趋势,且4周、8周时阿霉素注射剂量4.5～6 mg/kg组模型大鼠成活率均低于50%;8周时成活率与注射剂量呈高度显著性负相关（r=0.9045,P〈0.01）。各阿霉素注射剂量组于1周出现尿蛋白明显升高（P〈0.01）、2周出现血清肌酐明显升高（P〈0.01）、4周出现血清尿素氮明显升高（P〈0.01）,并均呈进行性增高,2周时除3 mg/kg组外,其余各组血清尿素氮较正常组高（P〈0.01,P〈0.05）;8周时各注射剂量组大鼠24 h尿蛋白定量、血清肌酐、血清尿素氮与阿霉素注射剂量呈高度显著性正相关（r=0.942 9,P〈0.01;r=0.938 4,P〈0.01;r=0.956 8,P〈0.01）。各组大鼠肾脏病理均提示肾小球出现局灶节段硬化表现,且硬化程度随注射剂量的增加而呈加重趋势。结论阿霉素尾静脉注射剂量3 mg/kg模型组大鼠死亡率低,同时大鼠肾脏病理又能表现出符合人类肾小球局灶节段硬化的改变,是较为理想的造模剂量。     

ABRA在不同年龄大鼠腰段脊髓中的表达变化

目的检测Actin binding Rho activator（ABRA）在不同年龄大鼠腰段脊髓中的表达变化。方法采用Western blot定量检测不同年龄大鼠腰段脊髓中ABRA蛋白水平表达变化,采用免疫荧光染色显示不同年龄大鼠腰髓中ABRA细胞定位。结果Western blot显示ABRA在新生鼠腰段脊髓中表达显著高于成年鼠及老年鼠。免疫荧光染色显示ABRA广泛表达于神经元的胞核、胞浆和突起,在腰髓前角,与前角运动神经元存在共定位,在腰髓后角,与小的NeuN阳性感觉神经元存在共定位。腰髓前角、后角的阳性细胞计数均显示新生鼠ABRA＋NeuN双阳性细胞占总ABRA阳性细胞百分比显著低于成年鼠及老年鼠。结论ABRA广泛表达于腰髓中的神经元,ABRA在新生鼠腰髓中表达最强,随年龄的增长呈现明显的时相变化,提示ABRA可能参与了腰髓中神经元的发育和成熟。     

优质高产桑树新品种川桑7431的育成

以苍溪49×6031人工杂交桑种子为材料,采用秋水仙碱和60Co-γ射线复合诱变,从诱变群体中选择出优良单株培育成优质、高产桑树新品种川桑7431,新品种经四川省桑品种区域性鉴定和农村生产试验表明:新品种川桑7431具有生长势旺、叶片大而厚、节间密、高产、优质、遗传性状稳定等特点。全年平均产叶量33034.25 kg/hm2,比对照湖桑32号增产20.26%。用该品种桑叶养蚕的试验成绩为:万蚕收茧量19.56 kg,万蚕茧层量4.61 kg,5龄50 kg桑产茧量3.75 kg,分别比对照湖桑32号提高10.37%、10.43%、8.32%。秋叶硬化迟。新品种适合在四川省的平坝、丘陵、特别是容易发生干旱的蚕区栽植。     

锁定加压钢板和动力加压钢板治疗肱骨中下段骨折的临床比较研究

目的:对比锁定加压钢板与动力加压钢板治疗肱骨中下段骨折患者的临床疗效。方法:抽取我院2010年8月~2013年12月收治的肱骨中下段骨折患者76例,按照随机数字表法分为锁定组(锁定加压钢板治疗)与动力组(动力加压钢板治疗),每组38例,随访1年。对比两组患者临床指标,治疗效果及并发症发生率。结果:锁定组患者手术时间、骨折愈合时间及住院时间均小于动力组,差异均有统计学意义(P0.05);锁定组患者优良率为89.47%,显著高于动力组的71.05%,差异有统计学意义(P0.05);锁定组的并发症发生率为10.53%,显著低于动力组的31.58%,差异有统计学意义(P0.05)。结论:锁定加压钢板应用于治疗肱骨中下段骨折患者疗效优于动力加压钢板治疗,它具有创伤小、恢复快的优点,且并发症发生率较低,值得推广。     

动态心电图ST-T 改变诊断冠心病的临床价值研究

目的:探讨心电图ST-T的动态改变对临床诊断冠心病的实用价值。方法:选取2013年10月~2015年10月在我院诊断治疗的有ST-T段改变的患者,观察并记录所有患者的心电图状态,并重点监测ST-T改变的动态情况,并回归性分析及对比检测结果。结果:心电图ST-T改变有动态变化率的冠心病确诊率为67.9%,明显高于无动态变化组32.3%的确诊率。两组确诊率具有统计学意义(P0.05)。结论:心电图有动态改变的ST-T段改变能提高患者冠心病的临床确诊率,值得进一步推广应用。