基于BERT与Text-CNN的抗菌肽识别方法

抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽。抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者。识别抗菌肽是抗菌肽研究领域中的重要研究方向,湿实验法在进行大规模抗菌肽识别时存在成本高、效率低、周期长等难点,计算机辅助识别法是抗菌肽识别手段的重要补充,如何提升准确率是其中的关键问题。蛋白质序列可以被近似地看作是由氨基酸组成的语言,运用自然语言处理(natural language processing,NLP)技术可能提取到丰富的特征。本文将自然语言处理领域中的预训练模型BERT和微调结构Text-CNN结合,对蛋白质语言进行建模,提供了开源可用的抗菌肽识别工具,并与已发表的5种抗菌肽识别工具进行了比较。结果表明,优化“预训练-微调”策略带来了准确率、敏感度、特异性和马修相关系数的整体提升,为进一步研究抗菌肽识别算法提供了新思路。     

广西红树林蜘蛛群落研究

广西红树林区及其近邻非红树林生境共采集到蜘蛛８２种,隶属于１３科４９属,其中红树林区有１３科３２属５５种。红树林区以园蛛科、非红树林区以猫蛛科和狼蛛科种类所占比例较高。角腹艾蛛是红树林区的优势种。物种多样性和丰富度红树林区比非红树林区高。     

基于水环境容量的寇河流域生态补偿标准

沿途工业、农业和生活污水造成寇河水体污染,不仅降低了水体的使用功能,还直接影响清河的水质.加之缺乏有效的管理,导致寇河流域出现水资源利用不合理、水环境污染严重的现状.本文以寇河流域可持续发展为目标,确定西丰县与开原市2个控制单元,选取化学需氧量(COD)为污染因子,计算出寇河流域水环境容量,结合河流水质监测数据、河流环境功能分区、污染普查数据、COD恢复成本,确定了寇河流域的生态补偿标准.结果表明：在50%保证率、75%保证率、近10年最枯月平均流量(30Q10)保证率下,西丰县应向下游开原市补偿的标准分别为390.9×10⁴、448.6×10⁴、514×10⁴ yuan·a^-1.提出了生态补偿资金筹集、分配、监督相结合的寇河流域生态补偿机制的建议.     

229例流产绒毛染色体核型分析及两种长期培养方法比较

目的:探讨早期自然流产绒毛染色体核型分析在自然流产病因检测中的应用价值,并比较两种长期培养方法的差别。方法:选择孕早期自然流产的孕妇229例,在无菌条件下,从宫腔内取出绒毛,同时或单独经胰酶消化法与切碎贴壁法进行细胞培养,传代之后常规进行G显带,在显微镜下做核型分析。结果:229例流产胎儿绒毛,培养成功206例,成功率为89.96%。异常核型105例,异常率为50.97%,数目异常者101例,占异常核型的96.19%,以16三体最为多见。胰酶消化法的培养成功率及收获时间都显著优于直接贴壁法,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:自然流产绒毛染色体核型分析对流产查因具有实用价值。胰酶消化法较切碎贴壁法对流产绒毛长期培养及染色体核型分析更具实用性。     

血浆uPA、uPAR在乳腺癌分子亚型中的表达及临床意义

目的:探讨血浆uPA、uPAR在不同分子亚型乳腺癌中的表达水平及其对乳腺癌患者治疗、预后等的临床意义。方法:采用免疫组化ELISA方法测定的女性乳腺癌初治患者86例的血浆uPA、uPAR水平,所有患者均经组织病理学确诊,以患者的临床病理学资料提供的免疫组化结果为基础进行分子分型,结合二者进行分析。结果:血浆uPA在乳腺癌不同分子亚型中表达有统计学差异(P<0.01),uPAR在乳腺癌不同分子亚型中表达有统计学差异(P<0.05);乳腺癌患者血浆uPA和uPAR呈显著正相关(P<0.01,Pearson相关系数r=0.735)。结论:乳腺癌患者血浆uPA和uPAR的水平与分子亚型密切相关,他们和分子亚型联合,可能对乳腺癌个体化治疗及判定预后有指导意义。     

南瓜5个品种果肉的挥发性成分分析

为了解南瓜（Cucurbita sp.）果实中的特征风味物质,采用顶空固相微萃取气质联用（HS-SPME-GC-MS）技术对5个品种（‘新美玉’、宝丰’、‘金磨盘’、‘健宝’和‘东升’）果肉的挥发性成分和含量进行测定并进行主成分分析。结果表明,从5个品种南瓜果肉中共检测出68种挥发性成分,以醇类、醛类和烃类为主,其中壬醛、正己醛、反,反-2,4-庚二烯醛、顺-壬-3-烯-1-醇和正己醇等化合物为南瓜果肉的主要风味物质。主成分分析表明,南瓜5个品种果肉的风味差异化合物主要有9种,其中十一醛和反-2-壬烯醛为‘健宝’和‘东升’的特征风味物质;1,9-壬二醇是‘宝丰’的标志性风味物质;‘金磨盘’和‘新美玉’因3-壬炔-1-醇相对含量较高而区别于其他品种。因此,特征挥发性物质为南瓜品种改良和品质评价提供参考。     

4个品系小鼠胚胎干细胞系的建立

探索高效的不同品系的小鼠胚胎干细胞的建系方法。B6D2F1(C57BL/6×DBA/2)、129/SV×DBA/2、C57BL/6、BALB/C等4个不同品系小鼠,孕马血清促性腺激素(pregnant mare serum gonadotrophin,PMSG) 人绒毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin,HCG)促排,3.5天交配后(days post coitus,dpc)冲洗子宫取囊胚,或者2.5dpc冲洗输卵管,卵裂球体外培养获取囊胚。囊胚种植到小鼠成纤维细胞饲养层上干细胞培养液培养,4～5天内细胞团扩增后玻璃毛细管挑出,种植到新的饲养层上过夜再行胰蛋白酶消化,3～4天传代一次。对所建立的小鼠ES细胞系进行形态学、染色体核型、AKP染色、体内外分化能力,干细胞分子标记物荧光免疫染色等鉴定。获得10株小鼠胚胎干细胞,具有典型的胚胎干细胞生长特性,符合ES细胞的鉴定标准。结果表明成功的建立了来自B6D2F1(C57BL/6×DBA/2)、129/SV×DBA/2、C57BL/6、BALB/C等4个不同品系小鼠的10株ES细胞系。内细胞团挑出过夜增殖后消化的培养方法可能有助于提高ES细胞的建系率。     

草莓高频离体再生体系的研究

以6个草莓品种为试材,研究了影响草莓不定芽再生的各种因素,建立离体叶片高效再生系统。结果表明,外植体基因型、激素种类及配比、叶龄等是影响草莓再生的主要因子,其中‘鬼露甘’叶片最佳芽诱导培养基为MS 2.0 mg/L 6-BA 0.1 mg/L IBA,‘嫜姬’叶片愈伤组织的诱导以MS 3 mg/L 6-BA 0.2 mg/L 2,4-D较好,而且1周左右的暗培养可以防止外植体的褐化。芽伸长的最适培养基为MS 0.5 mg/L 6-BA 0.5 mg/L IBA,生根的最适培养基为MS 0.2 mg/L IBA,试管苗移栽后成活率为87%。     

六个品种花椰菜花球的营养成分分析与评价

为评价花椰菜(Brassica oleracea var. botrytis)的营养品质,测定了6个品种花球的10项营养指标,运用主成分分析和聚类分析方法对花椰菜品质进行综合评价。结果表明,6个品种的10项品质指标均存在不同程度的差异,变异幅度为12.22%~ 131.21%。维生素C (Vc)、总黄酮、总多酚、Fe、Ca、P、蛋白质含量间存在显著或极显著的关联性。系统聚类分析将6种花椰菜分为4类,黄色花椰菜‘209’、‘100’和‘217’各为1类,白色花椰菜‘210’、‘214’和‘218’聚为1类。主成分分析提取了花椰菜品质综合评价的3个主成分,获得6个营养评价指标：Vc、总黄酮、总多酚、Fe、Ca和P。通过建立评价函数模型: F= 0.5591Z₁+0.2189Z₂+0.1669Z₃,筛选出‘209’花椰菜的营养品质最高。这为挖掘及选育优良花椰菜品种提供了科学依据。     

无饲养层和动物源蛋白的β-地中海贫血诱导多能干细胞系的建立

β-地中海贫血患者因无合适的造血干细胞供体来源从而不得不靠输血维持生命。诱导多能干细胞(iPS)技术为获得患者自身遗传背景的干细胞进行临床治疗开拓了新途径。目前,建立iPS细胞系的过程需要使用小鼠胚胎成纤维细胞作为饲养层和动物源的蛋白成分,因此建立的iPS细胞系存在病原体和动物源蛋白污染的可能性,不能应用于临床。采用目前商品化的TeSRTM2和StemAdhereTMDefined Matrix限定培养体系,利用Oct4、Sox2、Klf4、c-Myc 4个转录因子组装在同一表达载体的可切除的慢病毒感染人β-地中海贫血成纤维细胞,建立了5株无饲养层和动物源蛋白的β-地中海贫血iPS细胞系,这些iPS细胞系具有人胚胎干细胞典型的特征,表达人胚胎干细胞的多能性分子标记,如Oct4、Nanog、Tra-1-60等。在体外分化能够形成拟胚体,在体内分化能够形成含有3个胚层类型细胞的畸胎瘤。