中国南海来源海洋链霉菌SCSIO 11863中Enterocins的分离鉴定(英文)

从南海底泥样品中分离到一株具有较强抗菌活性的放线菌株SCSIO 11863。表型和进化系统分析数据表明该菌属于链霉菌属并命名为Streptomyces sp.SCSIO 11863(KC904267)。16S rDNA序列分析表明它与白浅灰链霉菌Streptomyces albogriseolus strain ABRIINW EA1145(GQ925802)有99%的相似性。对该菌发酵液乙酸乙酯萃取物进行活性追踪分离得到了两个结构类似化合物,分别为Enterocin(1)和5-deoxyenterocin(2)。     

生物多样性和均匀度显著性的随机化检验及计算软件

多样性指数和均匀度以其简单易用而被广泛应用于群落生物学和生物多样性等研究中,然而由于缺乏合适的统计检验方法等原因,其分析的可信性往往较低,因而限制了其应用。鉴于生物多样性研究中广泛应用主观和直接的比较不,有必要建立和使用较为严格的多样性统计检验。本研究建立和应用了如下随机化检验方法：单群落多样性指数和均匀度的显著性检验,单群落多样性指数和均匀度的置认区间,群落间多群样和均匀度的差异显著性检验。随机化方法已被成功地应用于群落生态学研究,其原理是：随机排序某一向量中的元素,或随机交换两向量中的对应元素。计算该随机化数据的多样性和均匀度,重复该过程多次,统计和计算显著性检验的p值,由向量中的对应元素。计算该随机化数据的多样性和均匀度,重复该过程多次,统计和显著性检验的p值。由此可确定多样性和差异的统计显著性。同时,研制了相应的Internet计算软件BiodiverisytTest。该软件由7个Java类和1个HTML文件组成,可运行于多种操作系统和网络浏览器上,可读取多种类型的ODBC数据库文件如Access,Excel,FoxPro,Dbase等。该软件中包括Shannon-Wiener多样性指数,Simpson多样性指数,McIntosh多样性指数,Berger-Parker多样性指数,Hrlbert多样性指数以及Brillouin多样性指数。基于Shannon-Wiener多样性指数和Berger-Parker多样性指数,用BiodiversityTest软件对水稻田节肢动物群落多样性（15个地点,17个功能群,125个节肢动物种）进行了比较和分析。结果显示,两组结果可较好地反映水稻节肢动物群落多样性的差异显著性,这些检验方法可有效地反映多样性指数和均匀度的变化。与水稻田节肢动物群落间多样性的直接比较法相比,该随机化检验方法获得更客观的结果。本算法与软件有助于改进生物多样性研究中使用的某些不甚严格的分析方法,为随机化检验方法在生物多样性研究中的进一步应用提供了一种可用的工具。     

珠江口沉积物来源链霉菌SCSIO 40020中bafilomycins的鉴定及其生物合成基因簇的异源表达

[目的] 从珠江口沉积物来源的菌株SCSIO 40020中分离bafilomycins,并对其生物合成基因簇进行克隆和异源表达研究。[方法] 通过分析菌株SCSIO 40020的16S rRNA基因序列并构建系统发育树以鉴定菌种,以柱层析法和制备色谱法对次级代谢产物进行分离纯化,借助波谱学手段完成单体化合物的结构鉴定,采用生物信息学分析定位bafilomycins的生物合成基因簇,通过筛选菌株SCSIO 40020基因组的细菌人工染色体文库和接合转移将bafilomycins生物合成基因簇导入3种链霉菌进行异源表达,利用高效液相色谱检测异源表达菌株的发酵产物。[结果] 菌株SCSIO 40020被鉴定为链霉菌属菌株,从其发酵产物中分离鉴定了2个单体化合物bafilomycins A₁和D。克隆了链霉菌SCSIO 40020中bafilomycins的生物合成基因簇并推导了其生物合成途径,在3种链霉菌中表达产生了bafilomycins。[结论] 从珠江口环境中获得了一株产生bafilomycins的链霉菌SCSIO 40020,成功建立了该菌株次级代谢产物生物合成基因簇的异源表达体系,并首次在链霉菌Streptomyces lividans SBT18、Streptomyces coelicolor M1154和Streptomyces albus J1074中进行了表达,获得了bafilomycins,为后续bafilomycins结构类似物的生产和链霉菌SCSIO 40020中新结构活性化合物的挖掘奠定了基础。     

永兴岛白穗软珊瑚共附生放线菌筛选及部分活性次级代谢产物的鉴定

【目的】从白穗软珊瑚中分离和鉴定共附生放线菌,运用PCR技术对所分离的放线菌进行I型聚酮合酶(PKS)筛选,研究其次级代谢产物。【方法】使用11种培养基对白穗软珊瑚共附生放线菌进行分离、鉴定,构建16S rRNA基因系统发育进化树,以基于I型PKS的KS基因设计的简并引物对所分离放线菌进行基因筛选,对阳性菌株用3种培养基发酵检测,对目标菌株进行放大规模发酵分离鉴定次级代谢产物。【结果】从白穗软珊瑚中分离到20株共附生放线菌,包括链霉菌属10株、迪茨氏菌属2株和盐水孢菌属8株,筛选获得18株I型PKS阳性菌株,并从菌株Salinospora arenicola SH04中分离到化合物rifamycin S和rifamycin W。【结论】首次从珊瑚共附生环境中分离得到海洋专属性稀有放线菌盐水孢菌属,并以I型PKS基因筛选为指导,分离鉴定了聚酮类化合物rifamycins,为研究软珊瑚共附生可培养放线菌的多样性和基于基因筛选指导分离次级代谢产物提供了可靠依据。     

南海珊瑚来源真菌Aspergillus sp.SCSIO 40435的分离鉴定及其次级代谢产物研究

【目的】南海珊瑚共附生真菌Aspergillus sp. SCSIO 40435次级代谢产物分离鉴定及抑菌活性筛选。【方法】利用稀释涂布平板法分离珊瑚共附生真菌。采用单菌多代谢产物方法(one strain many compounds,OSMAC)对分离菌株进行化学多样性筛选,并采用滤纸片扩散法对真菌发酵产物进行抑菌活性分析。通过ITS测序鉴定活性菌株SCSIO 40435的分类地位,运用多种色谱手段从其粗提物中分离纯化单体化合物,并利用各种波谱手段(HRESIMS、1D和2D NMR、单晶X-ray衍射法等)确定化合物的结构。最后,采用微量肉汤稀释法对单体化合物的抑菌活性进行评估。【结果】从南海珊瑚样品中分离得到19株共附生真菌,结合化学多样性和抑菌活性分析,筛选出1株产物丰富且具有多种抑菌活性的菌株SCSIO40435。利用ITS测序分析将其鉴定为曲霉属真菌(Aspergillus sp.),进一步从其发酵产物中分离鉴定了4个对三联苯类化合物：dicandidusin A(1)、candidusin A(2)、terphenyllin(3)和4″-deoxyterphenylli...     

荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析

为研究荷包猪SLA-3基因特征,设计引物克隆了荷包猪SLA-3,经生物信息学软件分析其基因特征。结果显示,所克隆的荷包猪SLA-3基因(暂命名为SLA-3-HB02)碱基序列长度为1 417 bp,其中2-1 054为ORF区,共编码350个氨基酸,在其编码的氨基酸334-344处存在缺失。SLA-3-HB02与其他SLA-3、SLA-2及SLA-1等位基因群的氨基酸同源率分别为87.8%-98.6%、82.8%-87.8%和83.7%-90.0%。分子进化关系分析,SLA-3-HB02与美国的Hanford遗传距离较近;各功能区分析,SLA-3-HB02保留了HLA-A2等的部分功能基因位点,并与HLA-B15和H-2K1有一定的交叉识别位点。同源模建揭示SLA-3-HB02分子与HLA-A2及H-2K1 3D结构相似。     

HCMV UL97 mRNA序列特异性M1GS的构建及其体外切割活性研究

HCMV UL97基因编码一种蛋白激酶,该酶参与调控病毒DNA的复制和衣壳的形成,且序列异常保守,可作为抗HCMV治疗的重要靶位。基于HCMV UL97 mRNA T3位点附近的序列,设计一段与该位点互补的引导序列（Guide Sequence,GS）,并将其与大肠杆菌核酶P催化亚基（M1 RNA）的3’末端共价连接,构建了一种序列特异性的M1GS（M1-T3）。体外实验证实,所构建的M1-T3可与UL97 mRNA的T3位点特异性结合并产生有效的切割作用。进一步研究M1-T3的结构与其对底物片段靶向切割活性的关系,结果发现在M1 RNA与GS之间增加一段88核苷酸桥连序列的M1-T3（即M1-T3’）,其靶向切割活性大大增强。此外,去除M1-T3 3’末端的CCA序列,其靶向切割活性将基本丧失。上述结果表明,这段桥连序列和3’末端的CCA序列是M1-T3重要的结构元件。这不仅有助于阐明M1GS与其底物的相互作用机制,同时也为进一步评价M1-T3在体内对UL97基因表达及病毒复制的抑制活性奠定了基础。     

M1GS-HCV/C141核酶的构建及其体外抗病毒活性测定

丙型肝炎病毒 (Hepatitis C virus,HCV) 是引起慢性肝炎的重要病因之一,严重危害公众健康。目前临床HCV感染常采用干扰素联合病毒唑进行治疗,然而应答率不高且易反复。因此,探索新型抗HCV治疗策略及药物显得尤为迫切。针对HCV核心基因的序列,设计与之互补的引导序列 (Guide Sequence,GS),通过PCR的方法将其共价连接于大肠杆菌核糖核酸酶P(RNase P) 催化性亚基 (M1 RNA) 的3￠末端,成功构建了一种靶向性M1GS核酶 (M1GS-HCV/C141)。经体外切割试验、胞内反义效应及胞内毒性研究,结果表明：M1GS-HCV/C141核酶不仅能够在体外对靶RNA片段产生特异性切割,在HCV感染的Huh7.5.1细胞中,也能显著抑制病毒核心蛋白的表达,进而使HCV RNA的拷贝数减少约1 000倍。因此,文中构建的M1GS-HCV/C141核酶在体外具有显著的抗HCV活性,这为HCV治疗研究提供了一条新的潜在途径。     

六盘山南侧华北落叶松人工林冠层蒸腾及其影响因子的坡位差异

2014年5—10月,在宁夏六盘山香水河小流域选择了一个东南坡向的典型华北落叶松人工林坡面,设立上、中上、中、中下、下5个坡位的样地(P_1、P_2、P_3、P_4、P_5),利用热扩散探针法监测树干液流,并同步监测气象、土壤水势等环境因子.结果表明:研究期间林分日蒸腾(T_r,mm·d^-1)存在显著的坡位差异,不同坡位T_r为:P_2(0.975)>P_4(0.876)>P_3(0.726)>P_1(0.653)>P_5(0.628).T_r与日最高气温(T_max)、日均太阳辐射强度(SR)、日均饱和水汽压差(VPD)、日潜在蒸散(PET)、日均土壤水势(Ψ)呈显著正相关,与日均大气相对湿度(RH)、日降水量(P)、日最低气温(T_min)呈显著负相关.基于边界线的斜率绝对值分析表明,从坡上到坡下,T_r对日均气温(T)、RH、VPD、PET和Ψ的响应呈现逐渐减小的趋势,而对SR、土壤体积含水量(VSM)的响应程度则逐渐增大.进一步回归分析和偏相关分析表明,VPD、PET和RH对不同坡位T_r的影响均占主导地位,Ψ和T对上坡样地T_r影响较大,而下坡样地T_r受SR、T_min和VSM的影响较大.总体来看,T_r的坡位差异是土壤水分和气象条件共同作用的结果,在利用特定观测样地的液流速率尺度外推计算坡面T_r时,需同时考虑土壤水分和气象因子随坡位的变化.     

叶状蔷薇珊瑚来源真菌Parengyodontium album SCSIO 40430次级代谢产物研究

【背景】海洋来源真菌次级代谢产物由于具有化学结构新颖和生物活性多样的特点,是药物发现新的源泉之一。【目的】研究Parengyodontium album SCSIO 40430次级代谢产物及其抑菌活性。【方法】利用常压柱色谱、半制备HPLC等色谱学方法对P.albumSCSIO40430发酵液粗提物进行分离纯化;通过HR-ESI-MS、1H、13CNMR等光谱学方法,并结合文献数据,确定其产生的化合物结构;对分离得到的化合物进行抑菌活性测试。【结果】分离到3个苯并二氢吡喃酮类化合物,结构确定为Deoxyphomalone(1)、2-Ethyl-3,5-dihydroxy-11-methylchroman-9-one (2)、2-Ethyl-3-hydroxy-5-methoxy-11-methylchroman-9-one (3)。【结论】获得3个苯并二氢吡喃酮类化合物;活性测定结果显示化合物2对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSAATCC43300)、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensisSCSIOBT01)有较好的生长抑制活性(MIC 16μg/mL)。