坚强芽胞杆菌主要分泌蛋白的鉴定及其分泌性序列

[目的]坚强芽胞杆菌是一种在自然界普遍存在的益生菌,在对虾养殖中应用较为广泛.为了研究其分泌性蛋白从而为分泌性载体的构建提供理论依据,本文对坚强芽胞杆菌的主要分泌蛋白进行质谱鉴定及分泌性序列的分析.[方法]从本实验室分离保存的1株来自对虾肠道的坚强芽胞杆菌(Bacillus firmus)培养液中获取了分泌性蛋白,进行SDS-PAGE,并对表达量较高的3条蛋白区带进行MALDI-TOF/TOF质谱鉴定及克隆测序,进行生物信息学分析.[结果]鉴定出的蛋白分别是坚强芽胞杆菌几丁质酶(chitinase)、坚强芽胞杆菌肠毒素A(enterotoxin A)和坚强芽胞杆菌BCG9842蛋白(hypothetical protein BCG9842).经在线软件SignaIP 3.0分析,确定chitinase、enterotoxin和BCG9842均存在不同的分泌性信号肽序列bf-43、bf-37和bf-16,通过在线软件PSORT分析表明,bf-43定位于细胞的外膜上,bf-37和bf-16定位于细胞的胞外.[结论]本研究鉴定出了坚强芽胞杆菌的3个主要分泌性蛋白,分析筛选出了3条分泌性序列,为分泌性载体的构建提供理论依据.     

米曲霉耐热木聚糖酶纯化及酶学特性研究

对米曲霉原始发酵液中耐热木聚糖酶进行纯化和酶学特性研究,利用甘蔗渣为碳源培养米曲霉,通过超滤和阴离子交换柱两步纯化得到木聚糖酶XynH1,分子量35．402kDa,利用飞行时间质谱和SDS—PAGE分析,推断XynH1为XylanaseXynF1,分子量为35．402kDa。XynH1属于糖苷水解酶家族10,酶活为442．2IU／nag,最适pH和温度分别为pH6．0和65℃,80℃以下及pH4．0～10．5范围内较稳定。     

几个能量代谢相关蛋白在HeLa细胞自噬过程中表达下调

自噬是真核细胞中的一种保守的代谢信号通路。人们已经知道自噬与肿瘤发生等疾病密切相关,但对于自噬的分子机制仍然不是很清楚。鉴定更多的自噬相关蛋白对于进一步阐明自噬的分子机制具有重要意义。该研究使用饥饿法处理HeLa细胞,通过电镜观察以及检测自噬标记蛋白LC3-I的转换,证实HeLa细胞发生了明显的自噬。之后,使用双向电泳结合串联质谱分析鉴定细胞自噬时发生变化的蛋白质。结果发现果糖二磷酸醛缩酶A、GAPDH和ATP合成酶O亚基的量在HeLa细胞发生自噬后明显降低。实时定量PCR结果证明饥饿诱导后,这三种蛋白的mRNA水平都发生了明显的下降。使用自噬抑制剂3-Methyladenine预处理HeLa细胞后再行饥饿,三种蛋白mRNA的表达水平与正常细胞相当而明显高于饥饿诱导的细胞。结果表明这三种蛋白在饥饿诱导的自噬中表达下调,其分子机制还有待进一步研究。     

LC-MS/MS检测癫痫患者神经递质类氨基酸

目的：建立液相色谱串联质谱同位素内标法检测神经递质类氨基酸并用于癫痫患者临床评价。方法：选用AAA-C18柱色谱柱,以乙腈水（含有0.01%七氟丁酸、0.1%甲酸）为流动相,采用梯度洗脱进行分离,血浆样品用iTRAQ-115衍生化试剂处理后,加入iTRAQ-114衍生化的氨基酸内标并进样,选用3200QTRAP型质谱仪的多重反应监测（MRM）扫描方式进行检测。疾病组与健康组的统计采用t检验和主成份分析。结果：疾病组和健康组氨基酸测定结果显示：Trp、GABA两组间没有显著性差异（P〉0.05）,Arg、Gly、Ser、Tau、Asp、Glu、EtN、两组间有显著性差异（P〈0.05）,通过PCA分析显示,疾病组与健康组之间差异明显,Asp、Glu、Ser等是引起差异的主要氨基酸。结论：试验方法灵敏、专属性强,并初步的用于癫痫患者体内氨基酸评价。     

糜蛋白酶提高膜蛋白质谱分析序列覆盖率的胶内消化方法

近年来,质谱技术在膜蛋白结构与功能研究中被广泛应用。由于膜蛋白的跨膜结构域含有大量疏水性氨基酸,常常导致液质串联质谱检测的序列覆盖率较低,从而限制了质谱技术在膜蛋白结构与功能研究中的应用。文中利用人的整合膜蛋白维生素K环氧化物还原酶为模型,优化胶内消化条件,建立了一种稳定提高膜蛋白质谱序列覆盖率的糜蛋白酶胶内消化方法。通过探索钙离子浓度、pH值和缓冲体系对序列覆盖率、检测特异肽段的总数和类型以及特异肽段大小的影响,发现在5–10 mmol/L钙离子浓度、pH 8.0–8.5的Tris-HCl缓冲液中,可以兼顾序列覆盖率和肽段的多样性。该方法可以使膜蛋白的质谱覆盖率达到80%以上,将在膜蛋白结构与功能、膜蛋白相互作用位点的鉴定以及膜蛋白与小分子药物结合位点的鉴定等研究中具有广泛的应用价值。     

基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立

【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。【方法】利用数据依赖型及数据非依赖型两种蛋白质组学数据采集方法,比较了鞘脂菌SJTF-8在菲胁迫下蛋白质水平的表达变化。【结果】两种技术方法下共得到580个表达差异蛋白,这些蛋白在细胞代谢、转运和调控等方面发挥一定功能。【结论】数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)技术在重复性以及低丰度蛋白的检测上明显好于数据依赖型采集(datadependentacquisition,DDA)技术,因此,DIA在实际可用的表达差异蛋白检出方面具备明显优势,为发现菲胁迫下细胞诱导表达的低丰度调控蛋白提供帮助。     

液相色谱/离子阱质谱法研究何首乌中糖苷类化合物

采用液相色谱／离子阱质谱（HPLC／IT-MS）联用技术研究何首乌中糖苷类化合物,并对大黄素甲醚糖苷和大黄素糖苷的分子离子或准分子离子的离子化机理进行探讨。实验采用反相C18色谱柱,二元线性梯度洗脱,分离出12个主要成分。利用质谱的诱导碰撞解离技术获得碎片裂解信息,结合文献鉴定出9种糖苷的化学结构,其中顺式-2,3,5,4＇-四羟基二苯乙烯-2-O-β-D-毗喃葡萄糖苷、决明酮-8—O-（6＇-O-乙酰基）-β—D-吡喃葡萄糖苷和大黄素甲醚-8-O-（6＇-O-乙酰基）-β-D-吡喃葡萄糖苷为首次鉴定。     

不同产地南方大斑蝥水解产物化学成分的比较分析

比较分析不同产地南方大斑蝥中所含化学成分,以确定产地对斑蝥体内成分形成的影响.采用改进的酸水解-丙酮法提取斑蝥化学成分,分得的丙酮提取液经碳酸钠、硫酸钠(1:1)柱过滤,滤液过微孔滤膜,用GCMS技术对其进行分析,以峰面积归一化法测定各成分相对含量.以其中的27个成分为比较对象,占总提取物含量的90%以上.其中有主要成分斑蝥素,7个是脂肪酸类,其他为胺类化合物、芳香族化合物、杂环化合物及不饱和酮等.斑蝥的主要成分斑蝥素含量相对较高,其中以湖南产的最高,其他依次为广西、安徽,含量最低的是河南.可为斑蝥药材产区和人工养殖地域的合理选择提供一定依据.     

红星梭子蟹变应原原肌球蛋白基因的克隆、表达及其免疫学鉴定

克隆、表达红星梭子蟹蟹肉中变应原原肌球蛋白（Tropomyosin）,并对其免疫学特性进行鉴定。RT-PCR克隆红星梭子蟹（Portunus sanguinolentus）蟹肉中变应原原肌球蛋白的全长基因,根据序列设计带有酶切位点的特异性引物,扩增蟹Tropomyosin的完整开放阅读框,与pET-28a载体连接并转化大肠杆菌Escherichia. coli BL21(DE3),诱导表达后,Ni2+亲和层析柱纯化重组蛋白,Western-blot检测其免疫学活性,胰酶消化后进行MALDI-TOF-MS质谱分析鉴定。克隆所得蟹Tropomyosin基因包括一个编码285个氨基酸的开放阅读框。序列分析结果显示所克隆得到的基因与已知虾、螨、蟑螂等的Tropomyosin变应原基因有较高的同源性（>80%）。根据变应原的命名规则,将其命名为Pors 1,并提交GenBank数据库,登录号为EF143836。重组蟹Tropomyosin在大肠杆菌中能高效的表达,表达产物经Ni2+亲和层析柱纯化后进行Western-blot检测,结果显示该重组蛋白具有良好的免疫学活性,MALDI-TOF-MS质谱分析进一步证实了该重组变应原的正确性。本研究成功克隆和表达了红星梭子蟹变应原Tropomyosin,为蟹过敏性疾病的诊断和治疗奠定了基础。     

神湾菠萝夏季果与秋季果香气成分差异性分析

以'神湾'菠萝夏季果和秋季果为材料,采用顶空固相微萃取法(HS-SPME),提取果实中的香气成分,并经气相色谱/质谱(GC-MS)联机分析.结果表明,夏季果中检测出5类共21种香气成分,分别为酯类、烯类、酸类、醇类和酮类,其中酯类11种,相对含量为92.03%,含量最高的为己酸甲酯(44.91%);烯类6种,相对含量为3.99%;酸类、醇类和酮类分别检测出2种、1种和1种,其相对含量分别为0.72%、0.37%和0.22%.在秋季果中仅检测出2类共8种香气成分,其中酯类7种,总相对含量为92.11%,含量最高的为己酸甲酯(68.36%);烯类物质1种,相对含量为7.89%.