奥利亚罗非鱼髓样分化因子(MyD88)的克隆及其在组织中的表达

髓样分化因子（myeloid differentiation factor 88,MyD88）是TLR（toll-like receptor）信号通路的关键接头蛋白,在先天性免疫中具有重要作用。通过RACE-RCR技术克隆了奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）MyD88基因cDNA全长序列（GenBank登录号：JN032017）。序列分析表明,奥利亚罗非鱼MyD88 基因全长为1 611 bp,其中包括155 bp的5’非编码区,589 bp的3’非编码区和867 bp的编码区,编码288个氨基酸残基。MyD88蛋白N端具有死亡结构域,C端具有TIR结构域。同源性分析表明,奥利亚罗非鱼MyD88氨基酸序列与鳜鱼（Siniperca chuats）相似性最高,为85.8%,与其他鱼类相似性为70%~82%,与哺乳动物相似性为63%~66%;系统进化树分析表明,奥利亚罗非鱼MyD88与同属鲈形目的鳜鱼、大黄鱼（Larimichthys crocea）聚在一起。采用实时定量PCR方法检测MyD88在奥利亚罗非鱼各组织中的表达情况。结果显示,MyD88在所有被测组织中都有表达,其中表达量最高的是卵巢,其次在小肠、脾、肝、肾、鳃和血液中有较高的表达量,肌肉、精巢组织中表达量最低。本研究可为进一步探讨MyD88在奥利亚罗非鱼TLR信号通路中的作用奠定一定的基础。     

云南个旧锡矿区可培养细菌多样性及其重金属抗性

摘要:【目的】揭示个旧锡矿区尾矿库和矿坑土壤中可培养细菌的多样性;发掘一批锡矿区土壤细菌菌株并对其Pb2+、Cd2+耐受性进行评价。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中可培养细菌多样性进行研究,平板法评价代表菌株对Pb2+、Cd2+的耐受性。【结果】使用2种培养基从尾矿库和矿坑土壤中分离到214 株细菌,对其中107株代表菌株的16S rRNA基因序列系统发育分析结果显示,菌株分属细菌域的5个门、12个目、25个科、42个属;其中变形菌门(Proteobacteria)是优势类群,占总菌株数的69.2%;假单胞菌属(Pseudomonas)菌株是优势物种,占24.8%;2株菌代表了2个潜在新类群。对105株代表性菌株的重金属耐受性研究表明,耐受浓度1000 mg/LPb2+或Cd2+的菌株分别占73.3%和8.6%,菌株对Pb2+的耐受性明显好于Cd2+;分离自锡尾矿库的菌株耐受不同浓度Pb2 +和Cd2 +菌株比例明显高于矿坑来源的菌株;分离自锡尾矿区的2 株菌(DT47-2A 和DT50-1)对1000 mg/L浓度Pb2+和Cd2+均具耐受性。【结论】个旧锡矿区土壤可培养细菌具有丰富的多样性,而且蕴含着不少潜在新类群;该环境中含有大量Pb2+、Cd2+耐受菌株,并对Pb2+、Cd2+具有较强的抗性或适应性。     

云南盐矿中病毒样颗粒的多样性

摘要:【目的】了解云南盐矿中病毒样颗粒的多样性及特征,为丰富嗜盐菌病毒资源及其生态功能研究奠定基础。【方法】采用电子显微镜直接观察、双层平板分离纯化对云南5 个盐矿样品病毒的分布和形态特征进行比较研究。【结果】电镜观察病毒富集液表明,其中含有3种不同形态的病毒样颗粒(头尾形、丝状、球状)。同时,分离获得3株嗜盐细菌病毒,其中2株感染盐单胞菌(Halomonas sp.),1株感染色盐杆菌(Chromoha lobacter sp.),分别命名为QHHSV-1、YPHSV-1 及YPCPV-1。QHHSV-1形成边缘清晰、透明的噬菌斑,出斑时间约为8 h,培养24 h,其噬菌斑直径可达3 mm,电镜观察显示,QHHSV-1呈头尾形,头部直径约为47 nm,其尾部极易断裂,长约75 nm;YPHSV-1形成边缘清晰、透明的噬菌斑,出斑时间约为12 h,培养24 h,其噬菌斑直径可达1 mm,电镜观察显示,YPHSV-1呈头尾形,头部直径约为50 nm,尾长约为140 nm;YPCPV-1形成边缘模糊、透光亦不易见的噬菌斑,出斑时间约为72 h,培养96 h,其噬菌斑直径可达2－4 mm,电镜观察显示,YPCPV-1呈球形,是表面有突起的多态形病毒,大小为20－50 nm。     

高盐环境可培养细菌噬菌体的研究进展

病毒广泛存在于各类环境中并担负着重要的生态功能,其中包括高盐环境。对高盐环境病毒的研究已成为极端环境微生物研究领域的新热点,目前已被报道的100多株盐病毒中,90多株感染古菌,仅有14株感染细菌。本文综述了目前已知的14株高盐环境细菌噬菌体的形态特征、盐度响应及基因组学的研究进展,并分析了高盐噬菌体的形态多样性、生存策略以及包含在基因组中的进化和起源信息,分析结果表明:高盐噬菌体以有尾噬菌体为主;它们具有广盐性(Euryhaline)的特征,盐度极大地影响其吸附和增殖;它们与非高盐环境噬菌体可能具有共同的起源。高盐噬菌体虽然历经近30年的研究历程,但仅有14株被分离与培养,所以其分离纯化是今后重要工作之一,且结合免培养技术揭示高盐噬菌体的多样性与生态功能是其研究的发展方向。     

云南热带户用沼气池的原核生物群落结构研究

【目的】揭示云南热带农村户用沼气池中的原核生物(细菌和古菌)的群落结构特征。【方法】采用16S r RNA基因克隆文库技术对云南(北)热带代表性气候区的户用沼气池中的原核生物(细菌和古菌)多样性进行研究。【结果】得到细菌330条有效序列,划分为108个OTUs,文库覆盖度为81.5%;古菌有效序列185条,划分为17个OTUs,文库覆盖度为97.8%。通过Gen Bank数据库进行相似性比对与系统发育分析,结果表明:大部分细菌为未知细菌(Unclassified bacteria,占24.19%),优势细菌类群归属拟杆菌门(Bacteroidetes,占23.58%)、绿弯菌门(Chloroflexi,占21.46%)、厚壁菌门(Firmicutes,占13.91%)和变形菌门(Proteobacteria,占8.74%);古菌主要的优势类群为乙酸盐营养型的甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)的鬃毛甲烷菌属(Methanosaeta,占76.75%);此外还检测到少量未培养的泉古菌门细菌(Crenarchaeota,占9.19%)。【结论】云南(北)热带代表性气候区的农村户用沼气池中的微生物种类十分丰富,不同微生物种类的丰度存在明显差异,并存在明显优势种群,且细菌比古菌具有更丰富的多样性。     

罗非鱼mtDNA D-loop区部分序列结构和种群遗传多样性分析

采用PCR扩增和测序的方法获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)埃及品系(简称AJ,22尾)、88品系(简称XH,26尾)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)(简称ALY,28尾)"夏奥1号"线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列(575～581 bp)。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对序列结构进行分析,成功识别了罗非鱼mtDNA D-loop区序列的中央保守区和保守序列区,找到了4个特征序列(CSB-D、CSB1、CSB2、CSB3)。76个个体共检测出28个单倍型。AJ群体有12个单倍型,XH群体有10个单倍型,ALY群体存在9个单倍型。其中,3个群体共享1个单倍型(XH06),AJ和XH群体共享一个单倍型(XH10),其他为各个群体独有。AJ和XH(Nm=0.77)、AJ和ALY(Nm=0.02)、XH和ALY(Nm=0.02)之间均存在一定的遗传分化。AJ和XH的核苷酸多态性(Pi)值(分别为0.042 4、0.031 1)明显高于ALY的Pi值(0.001 2)。本实验中的ALY品种纯度高,AJ和XH的遗传多样性较丰富。mtDNA D-loop区能反映出罗非鱼群体的种质特征,适用于罗非鱼群体内的遗传多样性研究。     

奥尼罗非鱼及其亲本感染无乳链球菌后生理响应变化

研究通过比较杂交子一代奥尼罗非鱼(Oreochromis spp.)与亲本在腹腔注射无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)后累积死亡率差异, 血液生理指标、生化指标和脾脏促炎性细胞因子的表达水平变化, 以深入了解奥尼罗非鱼抗病性杂种优势的生理和分子基础。结果显示: 在无乳链球菌人工感染后, 奥尼罗非鱼的累积死亡率显著低于亲本(P<0.05)。感染前奥尼罗非鱼的白细胞数、红细胞数和红细胞压积最高, 感染后3种罗非鱼的白细胞都显著性升高(P<0.05), 红细胞数、红细胞压积和血红蛋白显著性下降(P<0.05), 呼吸暴发受到抑制, 奥尼罗非鱼血液生理指标与父本奥利亚罗非鱼更为接近; 奥尼罗非鱼在感染细菌后的血糖浓度和溶菌酶含量显著高于亲本, 呼吸暴发强于亲本(P<0.05)。定量PCR结果显示感染后3种罗非鱼脾脏TNF-α、IL-1β和IL-6的mRNA表达水平都显著上升(P<0.05), 3种罗非鱼的TNF-α和IL-6都在感染后7h达到峰值, 奥尼罗非鱼IL-1β在感染后48h达到峰值, 尼罗罗非鱼IL-1β在感染后24—48h达到峰值, 奥利亚罗非鱼IL-1β在感染后72h达到峰值; 奥尼罗非鱼的TNF-α和IL-6 mRNA表达水平在感染前后都最高, IL-1β mRNA表达水平在感染前和感染后7—48h显著高于亲本(P<0.05)。研究表明杂交育种途径能显著提高鱼体的抗病力, 与亲本相比, 奥尼罗非鱼对无乳链球菌的侵染具有更强的防御能力; 感染后3种罗非鱼促炎性细胞因子都显著升高, 可能参与了宿主对细菌感染的防御, 但奥尼罗非鱼的免疫应答比亲本更活跃, 表现出抗病力杂种优势。     

中国陕西侧跗叶蜂属七新种及分种检索表（膜翅目：叶蜂科）

简要记述了中国陕西省侧跗叶蜂属研究状况。描述了侧跗叶蜂属7新种:中原侧跗叶蜂 Siobla centralia Niu & Wei sp. nov.,弯毛侧跗叶蜂S.curvata Niu & Wei sp.nov.,S. listoni Niu & Wei sp. nov.,柔刃侧跗叶蜂S. pseudoplesia Niu & Wei sp. nov.,秦巴侧跗叶蜂S. qinba Niu & Wei sp. nov.,陕西侧跗叶蜂S.shaanxi Niu & Wei sp. nov.,狭颊侧跗叶蜂S. vulgaria Niu & Wei sp. nov.编制了陕西省26种侧跗叶蜂的分种检索表。