基于荧光方法的大肠杆菌单管定量检测技术研究

通过研究培养温度、培养基pH值对大肠杆菌生长和培养液荧光强度的影响,确定44℃,培养液pH值7.0～7.5为大肠杆菌MUG酶荧光检测的最佳条件。通过研究培养时间和接种菌浓度与培养液荧光强度的关系,建立起基于荧光方法检测大肠杆菌的单管定量检测技术。通过与平板菌落计数法和最大可能数法比较发现单管定量检测法的相对标准偏差小于这两种常用的方法,而且更为快速、经济,适合用于大肠杆菌的定量检测。     

《生物化学专题》双语教学的设计与探讨

从开课对象、教材和教学内容的选择、教学手段的运用以及反馈评价体系的建立等几方面对《生物化学专题》的双语教学进行设计和探讨,为推进双语教学改革,探索一条适合中国国情的双语教学模式提供参考和借鉴。     

一种基于二代测序拷贝数变异检测的新方法

区域捕获测序是针对基因组特定区段如对MHC(Major histocompatibility complex)区域、外显子区域等测序的有效手段,但是由于捕获测序中探针设计不均匀而造成区域内测序深度变异很大,因此,与基于全基因组的测序数据相比,其拷贝数变异的检测难度更大.目前已经出现了捕获测序下拷贝数变异(copy number variations,CNV)的检测方法,但对CNV的检测准确性仍然很低,特别是对于低频率CNV来说效果极差.因此,本研究开发了一个新的拷贝数变异检测方法,其特点是:(1)以区域内划分的区间为单位检测区间内的CNV,而不是直接对每个个体检测CNV;(2)全面利用群体内所有个体信息,通过区间内read深度在群体的分布规律来检测CNV的分离规律,假设区间内只有1个CNV,那么区间内的read深度将服从三峰的混合正态分布.将该方法应用于21 327个银屑病个体区域捕获测序的CNV检测中,结果表明,XHMM,ExomeDepth和本方法跟金标准重叠的窗口总数与金标准总窗口数的百分比(即重叠率)分别是7％、18％和62％.与XHMM和ExomeDepth相比,新方法在区间内CNV检测覆盖度可以分别提高55个百分点和44个百分点.本研究完善拷贝数变异检测方法,为疾病的诊断治疗提供一定的理论依据.     

基于16S rRNA基因扩增子测序分析日本囊对虾肠道菌群结构与功能的特征

【背景】肠道菌群在对虾的生理活动中起关键作用。日本囊对虾是我国海水养殖虾类中的主要品种之一,迄今为止有关其肠道菌群结构与功能的研究还鲜有报道。【目的】利用高通量测序技术探究日本囊对虾肠道菌群的组成结构与功能作用,揭示虾体肠道菌群与外源菌群结构间的相关性。【方法】60 d的养殖周期结束后,分别采集日本囊对虾肠道样品(归为虾肠组,n=3)、养殖水体样品(归为水体组,n=3)和对虾饲料样品(归为饲料组,n=3),提取各样品总DNA进行16SrRNA基因扩增子测序,基于生物信息学方法分析与比较样品间的菌群结构特征,并使用PICRUSt软件预测日本囊对虾肠道菌群功能。【结果】3组样品测序共获得822 713条有效序列,抽平处理后可聚类为3 416个OTU。虾肠组样品中有28.49%、59.30%的OTU可以依次在水体组、饲料组样品中检测到。门水平上,虾肠组样品中的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)。水体组、饲料组与虾肠组样品中的优势菌门结构不尽相同,但均由变形菌门和拟杆菌门组成。属水平上,虾肠组样品中的优势菌属包括弧菌属(Vibrio)、另类弧菌属(Aliivibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假黄棕杆菌属(Pseudofulvibacter)、科尔韦尔氏菌属(Colwellia)、小纺锤状菌属(Fusibacter)、发光杆菌属(Photobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)以及弓形杆菌属(Arcobacter)。水体组和饲料组中检出的核心菌属结构与虾肠组相比有明显差异,其中海命菌属(Marivita)和假单胞菌属(Pseudomonas)分别为养殖水体及对虾饲料样品中的最优势菌属。PICRUSt预测结果显示,日本囊对虾肠道菌群的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包含氨基酸代谢、碳水化合物代谢与能量代谢等。【结论】日本囊对虾肠道菌群与其他种类对虾肠道菌群的结构间存在共性,其形成在一定程度上受到了外源菌群的干预,并在虾体的日常代谢活动中发挥了一定的作用。     

七鳃鳗遗传多样性与演化研究进展

七鳃鳗(Petromyzonidae)是目前已知最古老的脊椎动物中惟一的幸存者.对其资源保护和演化发育生物学的研究正日益受到重视.本文从染色体、蛋白质和DNA水平总结近年来七鳃鳗遗传多样性与演化方面的研究进展.重点介绍了限制性酶切片段长度多态性、DNA随机扩增多态性、DNA扩增片段长度多态性、微卫星DNA标记等技术及线粒体DNA和功能基因研究应用于七鳃鳗种群遗传多样性、遗传分化、遗传结构、种质鉴定与渔业资源管理及系统进化等方面的新进展.     

盐度对九孔鲍能量收支的影响

以海带为饵料,在不同盐度（21、25、29、33、37、41）条件下,对九孔鲍（Haliotis diversicolor aquatilis）进行了摄食-生长实验,测定了摄食能、排粪能、排泄能、粘液能、代谢能、壳能和软体部生长能,各组分占摄食能的比例、总生长效率（K₁）和净生长效率（K₂）,建立了九孔鲍能量收支方程。结果表明：从占摄食能的比例而言,排粪能、排粪能、排泄能、粘液能、代谢能在盐度21与其他盐度之间有显著差异（P<0.05）,而从占摄食能的比例而言,软体部能、K₁和K₂在盐度37时最大,在盐度21时最小,与其他盐度之间有显著差异（P<0.05）,而盐度25、29、33和37之间没有显著差异（P>0.05）,因此,从鲍摄食、代谢和生长三方面均衡考虑,盐度25～37为鲍适宜养殖的范围。     

鳗鲡病原性维氏气单胞菌的分离与鉴定

从养殖患病的日本鳗鲡(Anguilla japonica)肾脏分离得到1株优势菌株,形态特征和生理生化测试结果显示,分离菌在4%羊血平板培养基上呈α型溶血,革兰氏阴性,有运动性,氧化酶阳性,在pH6.0和1%NaCl中生长等。结合Biolog自动微生物鉴定系统和16S rRNA、gyrB基因序列分析结果,确定该分离菌为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)。人工腹腔注射感染鳗鲡的试验结果表明,分离菌对鳗鲡的半数致死量LD50为2.15×107CFU/mL。药敏试验结果显示,在13种抗菌类药物中,分离菌对左氧氟沙星、氟哌酸、阿奇霉素和萘啶酸等8种药物敏感,而对利福平和新生霉素等5种药物敏感度低。     

水产养殖环境耐药细菌中复合1型整合子的流行特征

【目的】了解复合1型整合子在水产养殖环境中的分布和流行特征。【方法】对108株分离自福建水产养殖场的耐药细菌,通过PCR和序列分析,检测其复合1型整合子上下游保守区和可变区的携带情况。【结果】有86株(79.6%)和47株(43.5%)分别携带1型整合子和ISCR1元件,这两种上下游保守区均携带的耐药细菌则有26株(24.1%),其中16株(14.8%)耐药细菌成功地扩增出上下游可变区,分布于8属9种。进一步对ISCR1上下游序列的拼接和分析,表明这16株细菌携带两种类型的复合1型整合子:(1)int I1-aac(6')-Ib-cr-arr-3-dfr A27-aad A16-qac E 1-sul1-ISCR1-sdr-qnr B6-qac E 1-sul1(15株);(2)int I1-aac(6')-Ib-cr-arr-3-dfr A27-aad A16-qac E 1-sul1-ISCR1-sap A-like-qnr B2-qac E 1(truncated)-sul1(1株,肺炎克雷伯菌C12),该阵列为新发现的复合1型整合子结构。【结论】复合1型整合子在水产养殖环境中并不少见,且存在于多种细菌中,但其基因阵列结构缺乏多样性。     

大黄鱼仔稚鱼脊柱、胸鳍及尾鳍骨骼系统的发育观察

研究采用二重染色法对3-28日龄人工培育的大黄鱼Larimichthys crocea(Richardson)仔稚鱼的部分骨骼系统的发育进行观察。结果显示,仔鱼的脊索从6日龄(平均全长MTL3.9mm)开始分节,8-10日龄髓弓、脉弓先后开始发育,14日龄(MTL7.5mm)脊椎骨、髓棘、脉棘均已形成,至28日龄(MTL19.5mm)已发生骨化;大黄鱼仔鱼孵化时,胸鳍的上匙骨、匙骨、后匙骨、支鳍骨原基已形成,27日龄(MTL19.0mm)稚鱼具5块支鳍骨,鳍条发育完整;尾鳍发育以8日龄仔鱼脊索后端腹部2块尾下骨的形成开始,至14日龄仔鱼尾鳍已初具雏形,尾杆骨、尾上骨和尾下骨均发育完全,21日龄稚鱼尾下骨排列成弧状,第三与第四块尾下骨之间的缝隙增大,把尾鳍鳍条分为上下两部分,鳍条分节明显,28日龄稚鱼尾鳍尾杆骨及鳍条发生钙化。       

海上风电场对大型底栖生物影响

海上风电作为一种清洁能源在全球快速发展,其建设和运营皆会对底栖生境造成影响。海上风电对大型底栖生物的影响是研究热点之一。本文对国内外相关研究进行了整理和分析,海上风电场对大型底栖生物的影响主要从以下几个方面展开:栖息地改变、生物多样性变化、禁止拖网作业影响以及促进生态连通性等。未来研究应重点关注海上风电场在更长时间尺度上对大型底栖生物群落动态演替过程的影响及对海洋底栖环境潜在的生态效应。此外,加强产业、政府管理和科学研究部门之间的知识共享和信息交流,有助于全面深入了解海上风电场对海洋生态系统的影响。