基于结构比较的蛋白质同源模建系统及其评估Ⅱ侧链的安装

至今,有关蛋白质侧链的同源模建,除了在本体模板上安装侧链和少数限制条件下在同源模板上安装侧链的报道外,系统的研究和实施似乎还未见报道。本软件系统ＰＭＯＤＥＬＩＮＧ采用同源移植和“死端排除“相结合的侧链安装策略,对与模板蛋白相应践基具有相似大小和形状的目标残基采用直接移植的方法。其余铡链则用广义“死端排除定则”安装。经众多蛋白的测试,达到了较好的模建品质。     

蛋白质柔性复合物的结构预测

将自洽系综最优化方法（ＳＣＥＯ）推广到主链可变的分子体系,并以此来实现蛋白质复合物结合界面的柔性优化。据此,提出了一种模拟蛋白质“诱导契合”过程的计算方法,来实现蛋白质柔性复合物的结构预测。经过三个蛋白质柔性复合物结构预测的检验,表明这种方法是可行的,并且达到了计算精度和计算速度上的兼顾     

用自洽系综最优法预测溶剂化蛋白质突变体的结构

ＣｈｒｉｓｔｏｐｈｅＬｅｅ等发展的自洽系综最优化方法（ｓｅｌｆ－ｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔｅｎｓｅｍｂｌｅｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ,ＳＣＥＯ）,在预测核内残基突变体的结构中取得了很好的效果。我们在Ｌｅｅ的基础上发展了该方法,且在自洽最优化过程中,引入水的溶剂化效应,使自洽最优化方法能更好用于表面残基突变体结构的预测。９个表面残基突变体的结构预测表明这个新方法是有效的。     

蛋白质复合物结合自由能的预测

本文发展了一种合理的经验能量函数和结合自由能算法,并应用到２１个蛋白质复合物的结合自由能预测上。与现今发表的其他工作相比,我们的结果与实验的测定值符合得更好,平均预测精度为１．０ｋｃａｌ／ｍｏｌ,与实验值的相关达到９６％。应用本方法预测一个典型的蛋白质与其抑制剂复合物的结合自由能,在ＳＧＩ－ＩＭＰＡＣＴ Ｒ１００００工作站上约需２分钟。本文的结果还证实,与对蛋白折叠过程的认识不同,亲水原子在蛋白质     

基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估

对蛋白质三维结构的同源模建的所有关键模块作了详细研究后,现已整合成蛋白质结构模建的软件系统ＰＭＯＤＥＬＬＩＮＧ。它分主链模建和侧链安装两部分,共七个模块组成。经１１族同源蛋白的模建实验的回顾性检表明,与目前流行的商品软件相比,具有操作自动化,模建精度高和运行时间少的优点。文中还对蝮蛇蛇毒磷酯酶,细胞因子受体ＣＤ４０的配体ｇｐ３９,小鼠巨细胞蛋白酶和人白介素１３等至今未知结构的蛋白作了预测性模建。     

一种快速和优质的蛋白质结构刚体叠加方法

统计了１１０族同源蛋白质的多重结构联配结果,得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加,用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较,此法可达到相同的品质（尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离）,但ＣＰＵ时间降了１个到２个数量级,对大蛋白更为明显。     

基因组序列的大尺度同源分析

本文报道了一种大尺度基因组现源分析方法,利用散列检索技术和稀疏动态规划算法实现快速的序列比较。经植物叶绿体基因组,哺乳类Ｔ细胞受体基因哺乳类眼γ－晶状体基因簇等实例应用,证明了此方法可以十分快捷地提供足够精确的联配结果,可实际应用基因组序列分析。