埃及伊蚊不同组织的基因共表达模式分析

【目的】利用权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探索埃及伊蚊Aedes aegypti不同组织基因共表达模式。【方法】从NCBI SRA数据库中选择埃及伊蚊不同组织的转录组数据中具代表性的9种组织(雌雄成蚊的触角和脑,雌蚊的喙、下颚须和卵巢,雄成蚊的前足、中足、后足和腹部末端)的双端测序数据;经过缺失值移除以及方差计算后,筛选出方差最大的5 000个基因,利用R软件中WGCNA包建立埃及伊蚊成蚊不同组织的基因共表达网络并划分模块;然后利用clusterProfiler包对组织特异性模块内的基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopediaof Genes and Genomes)富集分析,并用Cytoscape软件中的CytoHubba插件筛选共表达模块内的hub基因。【结果】从埃及伊蚊成蚊不同组织中共鉴定出11个基因共表达模块,在雌蚊触角、喙、卵巢、下颚须以及雄蚊脑、腹部末端组织中各鉴定出1个特异性表达模块,雄蚊前足、中足和后足组织中无特异性表达模块。6个组织特异性表达模块内基因功能注释到组织生物学功能;其中,雌蚊触角特异性green模块内基因具有气味结合和嗅觉受体活性等功能;雌蚊喙特异性purple模块内基因具有丝氨酸型肽链内切酶活性和丝氨酸水解酶活性等功能;雄蚊脑特异性blue模块内基因在生物学过程调节、信号转导和神经系统过程等生物学过程中发挥主要作用。利用CytoHubba进一步鉴定出所选组织特异性共表达模块中具有高连通性的hub基因,包括AAEL010426, AAEL002896, AAEL002600, AAEL000961, AAEL007784和AAEL006429。【结论】本研究依据埃及伊蚊不同组织转录组数据,利用WGCNA方法发现了许多重要的基因共表达模块。本研究的结果为蚊虫基因共表达模式分析提供新思路和方法基础,对探究蚊虫不同组织特有的基因资源信息以及功能基因生物信息学研究有参考价值。     

猪血清白蛋白基因5′-端调控区的克隆与分析

根据已报道的hsa(人血清白蛋白基因)启动子的序列设计了一对引物,以猪的基因组DNA为模板,采用PCR扩增出一条256 bp的DNA链,用Primer Premier5.0和Promoter ScanⅡ软件进行分析。结果表明,此序列为psa基因5′-端上游调控区,该区域含有一般启动子的CAAT-box、TATA-box等基本的顺式作用元件。另外,还含有CTF/NF-1,CTF,APF,HNF-1, CP1等转录因子的结合位点。     

库拉索芦荟内生真菌菌群的多样性研究

【目的】了解不同生境下库拉索芦荟内生真菌的菌群组成及其动态变化规律。【方法】分别于春、秋两季对云南、四川、广东以及陕西四地的多年生库拉索芦荟采样,进行内生真菌的分离、鉴定及多样性分析。【结果】所得1 442株内生真菌可归于29个属,其中未发现有性世代及不产孢的占96.88%,子囊菌占0.83%,担子菌占0.07%,接合菌占2.22%。内生菌群以链格孢属Alternaria(35.63%)、镰刀菌属Fusarium(12.69%)及拟茎点霉属Phomopsis(11.65%)为优势种群。【结论】云南与四川的样本菌群组成相似性最高(Cs=0.88),广东与云南的差异性最大(Cs=0.73)。在根部,以链格孢属Alternaria、镰刀菌属Fusarium及丝核菌Rhizoctonia属为优势种群;叶中则以链格孢属Alternaria、拟茎点霉属Phomopsis及茎点霉属Phoma为优势种群。此外,不同季节间内生真菌的组成也存在一定差异,春季以丝孢纲类居多(IF=31.42%),秋季则以腔孢纲类居多(IF=31.01%)。     

太白山野生桃儿七内生真菌群落组成及多样性

[目的]为研究秦岭中段主峰太白山野生桃儿七(Sinopodophyllum hexandrum)中内生真菌的群落组成及多样性,揭示不同生境对其内生真菌群落组成和分布的影响。[方法]选取红河谷、蒿坪两地野生桃儿七为研究对象,采用三步法对两个样地30株野生桃儿七根、茎、叶组织块进行内生真菌的分离、纯化及鉴定,并对所分离菌株群落组成及多样性进行统计分析。[结果]共获得1 865株内生真菌菌株,涉及22个属,链格孢属和茎点霉属为主要优势类群。多样性指数分析结果表明,两样地间不同组织的内生真菌多样性呈现出相似的趋势,即茎>根>叶。[结论]太白山野生桃儿七各组织中内生真菌群落组成不同,不同样地间及同一样地桃儿七内生真菌种类均具有一定差异性,具有丰富的物种多样性。     

温度,盐度,碱度对池沼公鱼胚胎发育的影响

池沼公鱼(Hypomesus olidus Pallas)是亚冷水小型经济鱼类,栖居于淡水、河口咸淡水中。近年来国内池沼公鱼移植广泛展开,为探讨池沼公鱼对不同生态条件的生存适应能力和     

陕西省猕猴桃溃疡病病原菌分离鉴定及分型研究

明确陕西省猕猴桃主产区丁香假单胞菌猕猴桃致病变种（Pseudomonas syringae pv. actinidiae，Psa）的变型，从而有针对性地制定猕猴桃溃疡病的综合防治策略，采集陕西省猕猴桃主产区周至、眉县、灞桥、渭南、长安和鄠邑不同年份发病样本进行病原菌的分离，对病原菌进行初步鉴定后再应用特异性PCR进行分子鉴定，并进行回接实验。从鉴定出的Psa菌株中选出16株不同年份不同地区的代表性菌株应用7个管家基因进行MLSA分型分析。共分离鉴定出86株不同地区不同年份的Psa菌株，并通过回接实验验证了其致病性。MLSA分型结果表明16株代表性Psa菌株均属于Psa3，且Psa3与Psa6的遗传距离最近。陕西省猕猴主产区的Psa变型为Psa3，近十年未发生变异。研究结果为今后Psa的检测鉴定及防治研究提供参考。     

协调人与生物圈 保护生命共同体 专家视点回眸之水源

正猫儿山自然保护区,2011年被批准加入联合国教科文组织世界生物圈保护区网络。,位于广西桂林市的兴安、资源和龙胜三县境内,是漓江、资江和浔江的发源地,是广西重要的水源涵养林区之一,享有漓江的"心脏",桂林山水的"命根子"之美誉。是南岭山脉越城岭主峰,海拔2141.5米,是广西第一高峰,居五岭之冠,号称"华南之巅"。陆定一同志誉猫儿山集"泰山之雄,华山之险,庐山之幽,峨眉山之     

“无人区”里考古记

藏北高原,藏语把这个地区叫“羌塘”,意思是北方的高地。它东西长2400公里,南北宽约700公里,平均海拔为4500米。高原缺氧、干旱(年平均雨量不超过200毫米),年平均温度在摄氏零度左右,最高不超过10℃,最低在-40℃以下,昼夜温差大,气候变化无常。湖水盐化,植被稀疏,人难以生活,故有“藏北无人区”之称。广袤的羌塘,是科学上的处女地,为揭开其奥秘,唤醒沉睡的宝藏,青藏高原综合科学考察队组织了藏北分队,决心进山探宝,对这个地区进行多学科的考察。1976年6月9日藏北分队从班戈县色哇区出发,不畏艰险,开始了“无人区”里的综合考察工作。     

试栽羊肚菌分子系统分析

[目的]为了弄清陕西汉中试栽羊肚菌的种类归属。[方法]收集到汉中地区试栽羊肚菌子实体19个样品,采用CTAB法提取其基因组DNA,使用通用引物PCR扩增5个基因序列(ITS、LSU、EF1-α、RPB1和RPB2)保守区片段,用1. 0%的琼脂糖凝胶电泳对PCR产物进行检测,并对PCR产物送样测序。依据测序结果构建系统发育树,结合系统发育树进行物种归属鉴定。[结果]获取了所有样品的5个基因序列保守区片段,通过测序比对19个样品5个基因序列保守区片段并进行序列联合,对总长度3 025 bp的保守区序列分析并构建系统发育树,依据系统发育树鉴定出汉中试栽羊肚菌分别为六妹羊肚菌(Morchella sextelata)、梯棱羊肚菌(M. importuna)、隐形羊肚菌(M. cryptica)和北方羊肚菌(M. septentrionalis)。[结论]采用多基因联合分析法弄清楚汉中试栽羊肚菌的种类归属。