枯草芽孢杆菌转录调控网络的连接结构及分解

对枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）转录调控网络的全局连接性质进行分析之后,基于一种自上而下的思路,将重点放在最大弱连通体,提出了基于距离的分解方法,并对得出的模块进行了明确的生物学功能定义。研究结果表明基于距离的分解方法对于标识转录调控网络中的生物学功能模块十分有效.     

封面说明

<正>以前人的研究数据以及综述总结为基础,封面图为SAGA复合物(Spt-AdaGcn5 Acetyltransferase complex)的结构模式图,包括了19个亚基体内的基本分布情况。圆圈的大小模拟代表蛋白的相对大小。虚线代表前人已经有实验验证两者之间存在遗传或生化的相互作用。颜色代表不同的模块,绿色代表乙酰化功能模块,橙色代表去泛素化功能模块,蓝色代表TATA结合蛋白相关模块,黄     

Cluster Viz:集成于Cytoscape的聚类可视化插件

生物网络中的聚类分析是功能模块识别及蛋白质功能预测的重要方法,聚类结果的可视化对于快速有效地分析生物网络结构也具有重要作用。通过分析生物网络显示和分析平台Cytoscape的架构,设计了一个使用方便的聚类分析和显示插件ClusterViz。这是一个可扩展的聚类算法的集成平台,可以不断增加其中的聚类算法,并对不同算法的结果进行比较分析,目前已实现了三种典型的算法实例。该插件能够成为蛋白质相互作用网络机理研究的一个有效工具。     

华北山地6个外生菌根树种的根属性及其与菌根侵染率的关系

该研究以共存于同一暖温带森林的6个外生菌根(ECM)树种为研究对象,测定分析不同根序(1～5级)和功能根系(吸收细根和运输细根)的主要形态和构型属性及ECM侵染率,探究不同外生菌根树种的根属性变异模式及其与菌根真菌侵染程度的关系。结果表明:(1)随着根序的增加,不同树种根直径和单根长度均增加,而比根长和根分支强度均降低;根属性在同一根序下均存在显著的种间差异,尤其是2个裸子植物(落叶松和油松)的根直径较其他4个被子植物大。(2)同一树种的所有根属性在吸收细根和运输细根之间均有显著差异;吸收细根和运输细根的根直径、比根长和根组织密度在树种间均存在显著差异,而其单根长度和根分支强度在树种间无显著差异。(3)ECM侵染率以落叶松最高,千金榆和白桦最低,且与根尖直径呈显著正相关关系,与根尖比根长呈显著负相关关系。研究发现,基于根序或者功能根系,根属性在种间的变异模式不完全一致,单根长度和根分支强度在两个功能根系中均没有表现出显著的种间差异;吸收细根的比根长和根分支强度的变异系数较大,对环境变化有较敏感的响应;古老树种的根直径相对较粗,对菌根真菌的依赖性更高。     

根据基因功能表达谱研究抑郁症模型及安佳欣胶囊的抗抑郁症机制

由基因芯片检测正常大鼠、模型大鼠和服用安佳欣胶囊进行治疗后的大鼠各8例的基因表达谱,在正常组和模型组之间,筛选得到207个差异表达基因和25个差异表达基因功能模块,在模型组和给药组之间,筛选得到860个差异表达基因和24个差异表达基因功能模块。比较两次结果,得到信号传导通路、蛋白质转运等价相同的功能模块,预测此功能模块可能为安佳欣胶囊发挥抗抑郁作用的一部分靶点。在这9个模块中寻找在模型组出现差异表达而在给药组表达趋于正常水平的基因,从基因水平分析药物的治疗机制。     

蛛丝蛋白MiSp重组模块R1R2CT表达及其纤维化动力学研究

为探索蛛丝蛋白模块单元在成丝过程中的作用,研究了大腹园蛛Mi Sp R1R2CT功能模块在不同p H条件下的纤维化动力学特性。大腹园蛛Mi Sp蛋白的R1R2CT功能模块与硫氧还蛋白融合,并在BL21(DE3)中进行表达,表达量约为15 mg/L LB培养基。R1R2CT蛋白在p H 7.5和6.5时较为稳定,在22 h之内不发生纤维化;当p H值降至5.5时,R1R2CT在前2 h内快速纤维化,3~5 h趋势较为平缓;5 h之后R1R2CT蛋白再次出现Th T信号的快速增长,7 h后保持缓慢增长至22 h。R1R2CT的增长速率及幅度高于单独的CT(C-terminal)蛋白,而单独的R1R2在p H 7.5、6.5和5.5时均保持稳定,表明重复区依赖CT模块的快速纤维化模式。已有研究表明,CT在重复区纤维化过程中起晶核作用,该成果也从反面证实CT的晶核理论。