| Cluster Viz:集成于Cytoscape的聚类可视化插件 |
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| 引用本文： | 蔡娟,王建新,李敏,陈钢.Cluster Viz:集成于Cytoscape的聚类可视化插件[J].生物信息学,2011,9(3):185-188. |
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| 作者姓名： | 蔡娟 王建新 李敏 陈钢 |
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| 作者单位： | 中南大学信息科学与工程学院,长沙,410083 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，教育部博士点专项基金(新教师基金)，中南大学自由探索计划资助，湖南省研究生科研创新项目 |
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| 摘 要： | 生物网络中的聚类分析是功能模块识别及蛋白质功能预测的重要方法,聚类结果的可视化对于快速有效地分析生物网络结构也具有重要作用。通过分析生物网络显示和分析平台Cytoscape的架构,设计了一个使用方便的聚类分析和显示插件ClusterViz。这是一个可扩展的聚类算法的集成平台,可以不断增加其中的聚类算法,并对不同算法的结果进行比较分析,目前已实现了三种典型的算法实例。该插件能够成为蛋白质相互作用网络机理研究的一个有效工具。
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| 关 键 词： | 蛋白质相互作用网络 功能模块 聚类算法 可视化 ClusterViz |
ClusterViz:A Cytoscape plugin for clustering visualization |
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| CAI Juan,WANG Jian-xin,LI Min,CHEN Gang.ClusterViz:A Cytoscape plugin for clustering visualization[J].China Journal of Bioinformation,2011,9(3):185-188. |
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| Authors: | CAI Juan WANG Jian-xin LI Min CHEN Gang |
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| Institution: | CAI Juan,WANG Jian-xin,LI Min*,CHEN Gang(School of Information Science and Engineering Central South University,Changsha 410083,China) |
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| Abstract: | Clustering of biological networks is one of the most important approaches for identifying functional modules and predicting protein functions while visualization of clustering results is also important to uncover the structure of biological networks.In this paper,by analyzing the software framework of Cytoscape,which is a biological visualization and analysis platform,a convenient ClusterViz-called plugin for clustering analysis and visualization has been developed.It is designed as a scalable integrating p... |
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| Keywords: | protein interaction network functional module clustering algorithm visualization ClusterViz |
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