过表达外源ST3Gal I增加MCF-7细胞与胞外基质粘附和侵袭能力

为探讨过表达外源α2,3-唾液酸转移酶（ST3Gal Ⅰ）对乳腺癌MCF-7细胞粘 附和侵袭能力的影响,构建pEGFP-N1-ST3Gal I真核表达载体.采用GenEscortTM Ⅱ包裹后转染MCF-7细胞. MCF-7细胞为3组：未转染组 (M)、转染空质粒组 (P) 和转染ST3Gal I组 (ST3); 荧光显微镜观察融合蛋白EGFP ST3Gal I的表达.采用 半定量RT-PCR、Western印迹法分析转染后MCF-7细胞ST3Gal Ⅰ基因mRNA水平和 蛋白表达水平;流式细胞术分析ST3Gal Ⅰ下游产物细胞表面α2,3-唾液酸含量;采用细胞粘附实验及transwell小室检测转染前后细胞与基质胶Matrigel粘附、迁移和侵袭运动能力的变化.结果表明, 荧光显微镜下P组细胞内绿色荧光呈弥散分 布,而ST3组绿色荧光主要集中在细胞质中,RT-PCR与Western印迹也证实了外源 ST3Gal Ⅰ基因mRNA和蛋白表达均明显增加（P<0.05）,其下游产物细胞表面 α2,3-唾液酸含量明显增加（P<0.05）;与M、P组相比,ST3组表现为粘附、迁移和侵袭能力明显增强（P<0.05）.利用转染技术可明显提高外源ST3Gal Ⅰ在MCF -7细胞表达,明显增加MCF-7细胞与胞外基质（ECM）粘附、迁移和侵袭能力,可形成肿瘤入侵表型,将有望成为治疗乳腺癌转移的新靶点.     

开放条件下高聚β-羟基丁酸酯含量的甲烷氧化混合菌群的富集

目的:在开放条件下以甲烷为底物富集高聚β-羟基丁酸酯(PHB)含量的甲烷氧化菌群,获得能够利用低成本碳源高产PHB的菌种。方法:采用丰盛-饥饿模式间歇供料,以甲烷为底物,好氧开放式培养甲烷氧化混合菌群,利用苏丹黑染色法动态检测丰盛和饥饿阶段胞内PHB含量的变化,以此为基础考察丰盛-饥饿期比例对富集高PHB含量的甲烷氧化菌群的影响。结果:丰盛-饥饿期比例为1∶3时,微生物PHB含量从17.7%增加到35.5%,且开放培养过程中菌群结构稳定。结论:通过丰盛-饥饿模式间歇供料开放式培养所得的高PHB含量的稳定的甲烷氧化菌群,具有工业生产PHB的应用价值。     

植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化分析

Ⅲ型聚酮合酶(type Ⅲ polyketide synthase,PKSⅢ)广泛存在于细菌、真菌和植物中,目前数据库中已积累了大量的序列资料。为了进一步了解植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化,以及其作为系统进化研究材料的可能性,选取了75条来自不同植物物种包括苔藓类植物、蕨类植物、裸子植物、单子叶植物和双子叶植物的PKSⅢ蛋白序列,用CLUSTAL X软件对其氨基酸序列进行了比对,并用邻位相接法构建了系统进化树。结果表明,尽管不同来源的PKSⅢ序列表现了很大的差异,但保守结构域CHS-like所包含的主要功能位点半胱氨酸(Cys184)、苯丙氨酸残基(Phe236和Phe286)、组氨酸残基(His335)、天冬酰氨残基(Asn369)在各植物物种中具有很好的保守性;同时发现,在植物PKSⅢ序列中多数的Cys位点均具有较好的保守性,而且蕨类植物PKSⅢ和单子叶植物PKSⅢ在Cys保守位点有很好的相似性;进一步构建分子进化树表明,PKSⅢ基因基本上首先根据功能而聚类,明显地划分为CHSs和non-CHSs两类,其次按照不同的植物物种聚类。     

基于小波包变换的基因微阵列数据预处理方法

目的:基于阿尔茨海默病微阵列基因表达数据,分析研究微阵列基因表达数据预处理的新的有效方法。方法:首先采用标准差滤波、FSC(特征记分准则)和WPT-SAM(小波包变换-微阵列数据显著性分析)方法对微阵列基因表达数据进行预处理,比较处理后获得的基因数和FDR值;然后采用分类聚类方法对处理后的数据进行分类聚类和分层决策聚类,比较分类聚类结果。结果:标准差滤波和FSC方法获得的初筛基因数据较WPT-SAM方法多,但FDR值也高、后续分类聚类结果较WPT-SAM方法差。结论:WPT-SAM方法在预处理微阵列基因表达数据中,是比较灵活理想的分析方法。     

生物网络研究进展述评

生物网络是一类典型的复杂适应性系统,包含了许多个体的多层次的各种相互作用和关系,在过去的十年里,利用复杂网络理论对生物网络进行研究引起了人们的注意并获得了快速发展.本文首先从从度分布、聚类系数及鲁棒性等角度对现阶段生物网络性质的研究进行了简要介绍,后进一步对生物网络的聚类算法及主要建模理论做出了概括.今后的研究趋势在于如何建立合理的生物网络模型,以深入研究生物网络的各种性质.     

Possible effect of 30K proteins in embryonic development of silkworm Bombyx mori

The silkworm Bombyx mori possesses a 30K protein family of 3×10~4 Da,the biologicalfunctions of which have not been fully identified.The relationship between the 30K protein family and theembryonic development of temperature sensitive sex-linked mutant strain of silkworm was investigated bytwo dimensional polyacrylamide gel electrophoresis(2D-PAGE)and Matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry(MALDI-TOF MS).The results show that protein spots 1-5 of the 30Kprotein family,mainly existing in normal strain,are possibly related to embryonic development.The earlyconsumption of a 30K protein named 6G1-30K-1 and the accumulation of 30K proteins named 6G1-30K-3and 6G1-30K-4 are likely caused by the destruction of physiological balance in normal embryonic development,which may lead to lower hatchability of the temperature sensitive strain.The results suggest that reasonablemetabolism of 30K proteins is a prerequisite for the embryo's normal development.     

Raman spectroscopic analysis of the effect of ultraviolet irradiation on calf thymus DNA

Raman spectroscopy was used for the first time to detect the effect of independent UVA (ultraviolet-A: 320-400nm) and UVB (ultraviolet-B: 280-320 nm) irradiation on the calf thymus DNA in aqueous solution. After both UVA and UVB irradiation for 1h or 3h, the damage to the conformation of DNA was moderate, but the reduction of the B-form DNA component was obvious. Both UVA and UVB caused significant damage to the deoxyribose moiety and bases, among which the pyrimidine base pairs were more seriously affected. There appeared to be preferential damaging sites on DNA molecules caused by UVA and UVB irradiation. UVA irradiation caused more damage to the deoxyribose than UVB irradiation, while UVB irradiation caused more significant damage to the pyrimidine moiety than UVA irradiation. After UVB irradiation for 3h, unstacking of the AT base pairs and the cytosine ring took place, severe damage to the thymine moiety occurred, and some base pairs were modified. Moreover, with either UVA or UVB irradiation for 3h,the photoreactivation of DNA occurred. The damage to the DNA caused by UVB was immediate, while the damage caused by UVA was proportional to the irradiation duration. The experimental results partly indicate the formation of some cyclobutane pyrimidine dimers and (6-4) photoproducts.     

牛凝血酶等电点的初步测定

作为一种新型的速效局部止血药和工具酶,凝血酶在临床和生物学研究中的应用十分广泛,牛血浆是其重要的来源之一。等电点沉淀是提取牛凝血酶首要和关键的步骤,测定其等电点后,再用此法时将得到更纯的凝血酶粗制品。本实验的目的是采用载体两性电解质pH梯度等电聚焦电泳的方法,结合SDS-PAGE测定牛凝血酶的等电点。经双向电泳后,SDS聚丙烯酰胺凝胶中出现了4个清晰的斑点,分别测定它们的分子量和等电点, 其中一个斑点与牛凝血酶B链的分子量一致为32kDa,其等电点为5．19．     

代谢途径抑制剂及前体对海洋红树林内生真菌No.1403产抗肿瘤化合物1403C的影响

采用酶抑制剂法和前体喂养试验法初步研究了结构新颖的活性蒽醌化合物1403C的合成途径.研究表明,甲羟戊酸合成途径的关键酶抑制剂邻氨基苯甲酸、柠檬酸三钠对单位菌体1403C产量影响比较小;莽草酸途径关键酶氨基苯甲酸合成酶的抑制剂三甲胺在低浓度时(3、6 mmol/L)对单位菌体1403C产量没有影响,而高浓度(12 mmol/L)时由于较大程度改变发酵液pH而降低了单位菌体1403C产量;莽草酸途径中间产物莽草酸的添加对单位菌体1403C产量没有明显的影响;添加聚酮合成途径聚酮合酶的专一性抑制剂碘乙酰胺对1403C的合成产生强烈的抑制,抑制程度达94.2%;添加丙二酸对1403C的合成有较大的促进作用,单位菌体1403C产量最大增加了59.2%.乙酸钠和丙二酸混合比例为1∶ 4时对单位菌体1403C产量具有最大促进作用,最大提高量为102.7%.由此推断Halorosellinia sp.(No.1403)可能通过聚酮途径合成1403C.     

一株高产碱性内切聚半乳糖醛酸酶生产菌的筛选与鉴定

从碱性土样中经分离筛选得到1株固态发酵产碱性内切聚半乳糖醛酸酶活力较高的菌株。经提酶条件优化得到较优的酶液提取提条件为30倍Na2CO3/NaHCO3缓冲液提取1 h。从形态特征、培养特征、生理生化特征以及分子生物学鉴定结果来看,该菌株属B.gibsonii。