山茶属植物ITS的多态性——一个广泛逃离一致性进化的实例

利用位于45S rDNA内转录间隔区（ITS）的3对SSR引物, 对山茶属（Camellia L.）的40个物种进行PCR扩增, 检测3个SSR位点的多态性, 研究物种倍性与多态性之间的关系。实验结果显示, 37个种（占92.5%）的ITS片段存在个体内长度多态性, 在这些种类的个体内至少有2–6类ITS拷贝, 表明山茶属植物的ITS片段存在广泛的非一致性进化; ITS序列上存在易于滑动的SSR位点, 并且其基因组中有较多位于不同染色体上的rDNA位点, 这很可能是山茶属植物ITS片段存在广泛多态性的原因。然而, 研究中没有发现多倍体种类ITS片段的多态性显著高于二倍体种类。山茶属植物ITS片段的多态性提示该属植物的rDNA可能存在更为复杂的进化模式, 在利用ITS片段解决该属植物的系统分类问题时应更为谨慎。     

四个DNA 片段在山茶属分子系统学研究中的应用

选取山茶属14 个组中的10 组21 种植物对目前常用于属内种间的4 个DNA 片段( ITS、waxy 、trnLF
、rpL16) 进行序列测定。结果表明: ( 1) 来自叶绿体基因组的2 个片段( trnL- F、rpL 16) 其PCR 扩增和
测序都很容易, 但两者的进化速率都非常慢, 序列矩阵只有很少信息位点( trnL-F 含9 个, rpL16 为20
个) , 不能提供必要的系统发育信息。( 2) 来自核基因组的ITS 片段其PCR 产物比较容易获得, 但其序列
的测定存在较多问题。( 3) waxy 是来自核基因组的另一个片段, 其PCR 扩增因受模板DNA 的数量和质量
的影响很大而有一定难度, 但其进化速率较快, 序列矩阵具有较多信息位点( 92 个) , 并且在山茶属是单
拷贝, 这对于解决山茶属这类具有许多近缘物种的类群的系统关系有重要价值。基于tsnL- F、rpL16 和
waxy 三组数据所建分子系统树支持山茶属为一单系, 但属下系统由于取样等原因有待进一步研究。     

山茶荣谢

霜霰弥漫的隆冬,山茶披着淡淡的清寒而至,在一片山寒水瘦间如火如荼地盛开。此时中国的北方,还是满眼的冰封雪飘,而那山高水长的西南天地,已霎时换上了火红的新装。每个人的瞳孔,都被那炙热的颜色映红;每个人的心里,都涌起一股勃勃的生机。     

四个DNA片段在山茶属分子系统学研究中的应用

选取山茶属14个组中的10组21种植物对目前常用于属内种间的4个DNA片段（ITS、waxy、trnL-F、rpL16）进行序列测定。结果表明：（1）来自叶绿体基因组的2个片段（trnL-F、rpL16）其PCR扩增和测序都很容易,但两者的进化速率都非常慢,序列矩阵只有很少信息位点（trnL-F含9个,rpL16为20个）,不能提供必要的系统发育信息。（2）来自核基因组的ITS片段其PCR产物比较容易获得,但其序列的测定存在较多问题。（3）waxy是来自核基因组的另一个片段,其PCR扩增因受模板DNA的数量和质量的影响很大而有一定难度,但其进化速率较快,序列矩阵具有较多信息位点（92个）,并且在山茶属是单拷贝,这对于解决山茶属这类具有许多近缘物种的类群的系统关系有重要价值。基于tsnL-F、rpL16和waxy三组数据所建分子系统树支持山茶属为一单系,但属下系统由于取样等原因有待进一步研究。     

漂洋过海来看你——寻山茶记

定题会上,我选择了一种对我而言陌生、颇具神秘色彩的花卉作为我硕士期间的研究对象:华东山茶。定题35天后,我踏上了去寻找山茶的旅程,我知道,这次我要飘洋过海了。出来之前我甚至没有见过露地栽植的茶花,更不要提野生的。我担     

基于ITS序列探讨山茶属金花茶组的系统发育关系

测定了分布于我国的 2 2个山茶属金花茶组的种或变种的nrDNAITS区序列 ,它们的序列长度在 476～ 496之间。GC含量都超过了 70 % ,应用Kimura2 模型计算了序列间的分化程度 ,构建了最大简约树、邻接树和最大似然树 ,分析结果表明 :( 1 )淡黄金花茶、毛籽金花茶、陇瑞金花茶、弄岗金花茶、大样金花茶和凹脉金花茶的关系较近 ;( 2 )小瓣金花茶、小花金花茶、薄叶金花茶、多瓣金花茶、夏石金花茶和龙州金花茶的关系较近。ITS区序列分析结果与AFLP分析结果相近     

贵州山茶属一新种

本文发表了贵州山茶属一新种,即丹寨茶Camellia danzaiensis Chang et K.M.Lan     

九种二变种山茶属植物的核型报道

本文报道了９种２变山茶属植物的核型．结果如下：Ｃａｍｅｌｉａｈｅｎｒｙａｎａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝２１ｍ＋８ｓｍ＋１ｓｔ;Ｃ．ｆｕｒｆｕｒａｃｅａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝２０ｍ＋１０ｓｍ;Ｃ．ｗａｒｄｉ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝１８ｍ＋１１ｍ＋１ｓｔ;Ｃ．ａｎｌｕｎｇｅｎｓｉｓ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝１９ｍ＋９ｓｍ＋２ｓｔ;Ｃ．ａｎｌｕｎｇｅｎｓｉｓｖａｒ．ａｃｕｔｉｐｅｒｕｌａｔａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝１９ｍ＋９ｓｍ＋２ｓｔ;Ｃ．ｐｙｘｉｄｉａｃｅａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝２０ｍ＋８ｓｍ＋２ｓｔ;Ｃ．ｐｙｘｉｄｉａｃｅａｖａｒ．ｒｕｂｉｔｕｂｅｒｃｕｌａｔａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝２１ｍ＋８ｓｍ＋１ｓｔ;Ｃ．ｂｒｅｖｉｓｔｙｌａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝１８ｍ＋１０ｓｍ＋２ｓｔ;Ｃ．ｌｅｐｔｏｐｈｙｌａ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝２４ｍ（１ｓａｔ）＋４ｓｍ（１ｓａｔ）＋２ｓｔ;Ｃ．ｙｕｎｎａｎｅｎｓｉｓ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝１８ｍ＋１０ｓｍ＋２ｓｔ;Ｃ．ｐｉｔａｒｄｉ：２ｎ＝２ｘ＝３０＝１８ｍ＋１２ｓｍ．其中,前７种２变种的核型为首次报道,比较前人的有关研究可以看出上述核型在种间较相似,以组为单位进行比较比种间比较具有更大的意义。     

基于转录组测序的滇山茶花叶呈色机理分析

该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对滇山茶的花叶(绿叶区和金叶区)的cDNA进行了转录组测序,分析滇山茶的花叶呈色机理。测序结果得到了228 862条单基因序列,筛选得到了4 851条差异表达基因。2 291条差异表达基因在GO数据库中有功能注释,1 826条差异表达基因被注释到COG数据库,这些差异表达基因被分为23个主要功能类别,其中大部分基因与滇山茶的生长和代谢有关。1 363条差异表达基因注释到了KEGG数据库,进一步筛选出了差异表达基因注释序列最多的15条代谢通路,其中卟啉和叶绿素代谢途径中的GluRS、δ-ALAD、ALAS基因和类黄酮合成途径中ANS、LAR、CHS基因与滇山茶的花叶形成密切相关。研究表明,滇山茶的花叶呈色是由于叶色相关代谢通路中大量的基因表达量发生变化引起的,并不是由单基因突变所致,病毒诱导的多个代谢途径基因沉默可能是滇山茶花叶呈色的主要原因。该研究丰富了滇山茶的转录组信息,并为滇山茶的彩叶品种培育提供了一定的参考。     

山茶属CHS基因家族的组成和分子进化初探

用PCR方法从4种山茶属(Camellia)(山茶科)(Theaceae)植物的总DNA中分别扩增到CHS基因外显子2的部分序列,经克隆、测序得到16个该基因的序列,这些序列与来自GenBank的该属另一种植物的3个序列及作为外类群的大豆(Glycine max (L.) Merr.)的2个序列一起进行分析.研究表明,山茶属CHS基因家族在进化过程中已分化为A、B、C三个亚家族,包括A1、A2、A3、B1、B2、C 等6类不同的基因成员;其中只有A2类成员为全部被研究的5种植物所共有,而其他5类成员只在部分被研究的植物中发现;所有这些CHS成员具有很高的同源性:在核苷酸水平上同一亚家族内基本上高于90%,不同亚家族间也在78%以上.从推测的氨基酸组成看,山茶属内CHS基因的功能已发生了分化,各类成员的碱基替代率有较大差异; 从分子系统发育树和可能的氨基酸组成分析,山茶属具有新功能的基因成员是在经过基因重复后,或是由少数几个位点的突变而成,或是由逐渐积累的突变而形成的.进一步分析认为,该属CHS基因的分化直到近期还在活跃地进行,并且不同种的进化式样有一定的差别,这种不同的进化式样可能是物种形成后受不同环境因素影响而形成的.