Circ_0072088通过靶向miR-223-3p/PFN2轴促进乳腺癌细胞的生长

目的 探究环状RNA(circular RNA,circRNA)0072088在乳腺癌(breast cancer,BC)细胞中的生物学功能及其作用机制.方法 在公共基因芯片数据库Gene Expression Omnibus(GEO)中下载GSE101123数据集,通过GEO2R分析得到差异基因.通过实时定量聚合酶链...     

基于随机森林模型的甜橙环状RNA的鉴定及其功能初步分析

为挖掘甜橙(Citrus sinensis)基因组中的环状RNA(circular RNA, circRNA),明确circRNA在甜橙与病原菌互作过程中的生物学功能,本研究基于机器学习随机森林模型,利用python环境开发了针对甜橙circRNA鉴定的流程,比较不同建模算法的优劣,鉴定甜橙基因组中的circRNA,构建甜橙circRNA-miRNA及circRNA-miRNA-mRNA互作网络,并对靶向mRNA进行基因功能富集。通过比较随机森林、决策树以及前馈神经网络3种建模算法,结果表明,基于随机森林算法构建的模型性能最好。共鉴定了2 523个甜橙circRNA,它们不均匀地分布在9条染色体上,其中5号染色体分布最多,有416个;存在606个甜橙circRNA-miRNA互作对及21 043个miRNA-mRNA互作对;靶向mRNA基因功能广泛参与代谢、转运及发育等过程,涉及苯丙烷类物质生物合成、亚油酸代谢和植物-病原菌互作等代谢途径;甜橙circRNA影响miR172和miR482等抗病相关小RNA的转录调控。本研究为甜橙circRNA参与抗病生物学过程的研究提供参考。     

氨基酸环状衍生物的合成及抑菌活性

近年来,氨基酸及其衍生物在医药和农业上已显示有广阔的应用前景。现就近十余年来,国外文献报道的具有抗病原微生物活性的氨基酸环状衍生物作一简要概述。     

小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA在非酒精性脂肪性肝病中的作用

小细胞外囊泡（small extracellular vesicles,sEVs）是由细胞分泌的一种细胞外囊泡,产生于多泡体,多泡体与质膜融合并释放到细胞外基质。由于小细胞外囊泡可以携带分子质量相对较小的核酸、蛋白质、脂质,能够执行细胞间物质传递、细胞间通讯等功能。因此,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅参与细胞正常生理过程,也可以在多种疾病的发生发展过程中起重要作用。本文综述了小细胞外囊泡在非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）中的作用,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅有望成为NAFLD诊断的标志物,同时也具有治疗NAFLD的潜在作用,或能为治疗NAFLD提供新思路。     

结节性甲状腺肿circRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建

基于生物信息分析筛选结节性甲状腺肿中差异表达的环状RNA(circRNA),并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在结节性甲状腺肿中的作用。从GEO数据库中检索结节性甲状腺肿组织基因芯片数据,利用R软件筛选出差异表达的circRNA。联合多个生物信息数据库预测差异表达circRNA下游的miRNA及mRNA, 并对靶mRNA进行GO及KEGG富集分析。利用STRING在线数据库及Cytoscape软件筛选核心基因。确定了2个circRNA,42个miRNA及546个mRNA。GO及KEGG富集分析表明靶mRNA主要涉及细胞生长及基因表达调控过程。基于Cytoscape软件筛选出了14个核心基因(SP1、IGF1R、RPS6KB1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、VEGFA、CCND1、CDK2、HSPA4、HIF1A、CREB1,NR3C1和STAT5A)。最终基于2个circRNA、11个miRNA和14个核心mRNA构建了circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结节性甲状腺肿组织中异常表达的circRNA及相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能成为结节性甲状腺肿诊断与治疗的新靶点。     

CircRNA-0028171调控三氧化二砷诱导的血管内皮细胞凋亡

本文旨在研究circ RNA-0028171对三氧化二砷(As₂O₃)诱导的血管内皮细胞凋亡的调控作用。用0～15μmol/L As₂O₃作用人脐静脉血管内皮细胞(human umbilical vein endothelial cells,HUVECs) 24 h,用MTT法检测HUVECs损伤情况,用实时定量PCR检测circ RNA-0028171及凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax m RNA表达水平,用Western blot检测Bcl-2、Bax蛋白表达水平。通过转染circ RNA-0028171过表达质粒和si RNA观察circ RNA-0028171是否参与As₂O₃对HUVECs的调控。结果显示,与对照组相比,As₂O₃组细胞活性显著下降,Bcl-2/Bax m RNA比值和蛋白比值显著降低,circ RNA-0028171显著低表达。过表达circ RNA-0028171抑制As_2<...     

环状RNA翻译功能与消化系统肿瘤

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类新型单链RNA,可通过多种机制影响各类疾病的发生发展。由于没有5′帽端和3′尾端,过去认为circRNA不具备翻译功能。随着测序技术和蛋白组学的发展,大量研究表明,circRNA能够通过“非帽依赖式翻译”合成蛋白,且其产物可参与多系统肿瘤的演变。本文简述了circRNA的主要翻译机制,包括IRES介导、m6A介导及滚环扩增,介绍了常用的circRNA翻译功能预测工具,阐述了circRNA编码产物与胃癌、结直肠癌、肝癌等多种消化道肿瘤的关系,旨在为消化系统肿瘤的研究提供新思路。     

环状RNA及其在神经退行性疾病中的作用

随着高通量测序技术的出现,对转录组进一步的研究已经成为可能。新兴转录本环状RNA(circular RNA, circRNA)是一种无5’端帽子和3’端poly (A)尾结构的内源性共价环形非编码RNA分子。在过去的十年间,人们逐渐发现circRNA在基因表达过程中发挥重要作用,激发了人们的研究兴趣。此篇文章我们较为系统地整理了circRNA的一般特性、生物发生、作用机制,并重点阐述了circRNA在神经退行性疾病中的重要作用,这将有助于寻找疾病相关新的生物标志物,为进一步探究此类疾病的预防、诊断及治疗方案提供新思路。     

原代培养的大鼠心房肌细胞间隙连接的超微结构研究

用原位包埋超薄切片技术,研究了原代培养的大鼠心房心肌细胞的间隙连接(gap junction)的超微结构。观察到一种GJ结合的小泡(GJ—associated vesicle,GJAV)和一种质膜包绕的颗粒群体,其中某些较大的群体内含环状GJAV复合体(concatenate GJAV complexes,CGJAVC)。我们发现,这两种结构都紧邻细胞质膜,位于细胞间隙区域,同时又常伴随已组装好的GJ。因此,我们推测GJAV和CGJAVC是GJ的前体或中间产物。文章分析了观察结果,并进一步探讨了心肌细胞GJ的形成过程。     

矮化枣树叶中小分子环状RNA的初步研究

枣树矮化病是我国枣树苗繁育中新发现的重要病害,其症状表现为节间短缩,枝叶密挤,呈丛状。病树比相同条件下的正常树约矮二分之一。其病因未见有研究报道。我们对病株叶组织抽提液,用电子显微镜没有观察到病毒颗粒和类菌原体。从病树和正常枣树叶的细胞核抽提液中,用正反和垂直双向凝胶电泳方法分析细胞核RNA,结果发现,病株叶细胞核RNA中含有环状低分子量的RNA。这是我国首次在矮化枣树叶细胞核中分离到的环状小分子RNA。这一发现将对枣树矮化病的病因研究提供一个有用的线索。