基于三类特征融合的O-糖基化位点预测

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ~2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ~2-pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.     

暗褐网柄牛肝菌尿苷和麦角甾醇含量测定及 指纹图谱分析

采用HPLC测定暗褐网柄牛肝菌(Phlebopus portentosus)中尿苷和麦角甾醇含量并建立其指纹图谱。结果表明,最佳分析条件为Waters HSST3色谱柱(4.6 mm×150 mm,5μm),流动相为0.1%甲酸水(A)-甲醇(B),梯度洗脱(0～5 min,0%B; 5～15 min,0→4%B; 15～45 min,4%→100%B; 45～60 min,100%B),流速1 mL/min,检测波长260 nm,柱温30℃,进样量0. 5μL。尿苷和麦角甾醇分别在质量浓度0. 003 4～0.34 mg/mL和0. 060 5～1. 21 mg/mL时线性关系良好;平均加样回收率分别为98. 31%(RSD 2. 98%)和102. 72%(RSD 2.84%)。含量测定结果显示,10批样品尿苷和麦角甾醇的含量范围分别为0～2.00 mg/g和3.38～9. 10 mg/g。建立了10批暗褐网柄牛肝菌的共有峰模式,标记了6个共有峰,10批样品的指纹图谱相似度均0.95。方法学考察结果表明本实验建立的HPLC含量测定和指纹图谱分析方法准确可靠,可用于暗褐网柄牛肝菌的质量评价。     

无创正压通气联合纤维支气管镜肺泡灌洗对老年AECOPD合并Ⅱ型呼吸衰竭患者肺功能及血气指标的影响

目的:观察无创正压通气(NIPPV)联合纤维支气管镜(FB)肺泡灌洗对老年急性加重期慢性阻塞性肺疾病(AECOPD)合并Ⅱ型呼吸衰竭患者肺功能及血气指标的影响,为临床治疗方案的选择提供依据。方法:选取82例于2017年1月～2019年1月间在我院住院治疗的老年AECOPD合并II型呼吸衰竭患者。根据治疗方法将患者分为观察组(NIPPV联合FB肺泡灌洗治疗,n=42)与对照组(单独NIPPV治疗,n=40)。观察两组患者的住院时间及抗菌药静脉滴注时间,并比较治疗前及治疗后两组患者的血气指标[pH值(pH)、氧分压(PaO_2)、二氧化碳分压(PaCO_2)、血氧饱和度(SaO_2)]、肺功能指标[一秒钟用力呼气容积(FEV1)、肺活量(FVC)、呼气峰值流速(PEF)]的变化情况。记录两组患者治疗过程中的并发症发生情况。结果:观察组住院时间及抗菌药物静脉滴注时间均明显短于对照组(P0.05)。治疗后,两组pH、PaO_2、SaO_2明显上升,而PaCO_2明显下降(P0.05),且与对照组比较,观察组的pH、PaO_2、SaO_2明显较高,而PaCO_2明显较低(P0.05)。治疗后,对照组FEV1、FVC、PEF无明显变化(P0.05),观察组FEV1、FVC、PEF均明显升高且高于对照组(P0.05)。两组患者不良反应发生率比较差异无统计学意义(P0.05)。结论:NIPPV联合FB肺泡灌洗治疗对老年AECOPD合并II型呼吸衰竭患者血气指标及肺功能均有较好的改善效果,能明显缩短患者的住院时间及抗菌药静脉滴注时间,且安全性良好。     

胎盘特异性基因4 mRNA基因在孕妇外周血中的检测及临床价值

目的:应用实时荧光定量PCR(RT-PCR)技术对不同孕周孕妇外周血浆胎盘特异性基因4(PLAC4)m RNA基因进行检测,寻找唐氏综合征产前诊断的可靠生物学标志物,为无创性产前诊断提供新的突破口。方法:按入组标准随机选取健康育龄未妊娠女性5例,正常健康妊娠孕妇60例(早期妊娠20例、中期妊娠20例、晚期妊娠20例),唐氏筛查高危孕妇8例,正常分娩24 h女性5例。共收集外周血浆样本78例。应用RT-PCR技术,检测样本中的PLAC4 m RNA基因含量,并进行相对定量分析。结果:健康育龄未妊娠女性及正常分娩后24 h女性外周血浆中均无游离胎儿PLAC4 m RNA基因的存在;正常健康妊娠孕妇不同孕周标本均检测到PLAC4 m RNA基因,以早期妊娠作为对照,中期妊娠是早期妊娠的1.99倍,晚期妊娠是早期妊娠的3.73倍;唐氏筛查高危孕妇均检出PLAC4 m RNA基因,含量是早期妊娠的6.36倍。结论:PLAC4 m RNA基因有望成为唐氏综合征产前诊断的可靠性生物学标志物。     

有创无创序贯通气对急性呼吸衰竭患者血糖水平及预后的影响

目的:探讨有创无创序贯通气和有创机械通气对急性呼吸衰竭患者血糖水平及预后的影响。方法:选取我院重症医学科2012年3月至2017年10月收治的急性呼吸衰竭患者81例,按照通气方式不同分为两组,对照组(41例)采用单纯有创机械通气治疗,观察组(40例)采用有创-无创序贯通气治疗。比较两组患者的血糖水平、临床指标、治疗时间和临床转归情况。结果:两组患者治疗后血糖水平均较治疗前显著升高(P0.05),而观察组血糖水平显著低于对照组(P0.05);对照组拔管时和观察组通气3h后患者的动脉血二氧化碳分压(PaCO---_2)、动脉血氧分压(PaO_2)、收缩压(SBP)和心率(HR)对比无显著性差异(P0.05);观察组的通气时间、住院时间与对照组相比均较短(P0.05),撤机成功率高于对照组(P0.05),再插管率、呼吸机相关肺炎(VAP)和死亡率均显著低于对照组(P0.05)。结论:有创无创序贯通气急性呼吸衰竭患者血糖水平较低,治疗时间较短,且再插管率、VAP和死亡率较小,显著改善患者预后。     

野生灵芝BSU01的分离鉴定、生物学特性及其木质纤维素酶活分析

灵芝作为传统中药,具有重要的医药和经济价值。本研究以一株野生灵芝属真菌BSU01为实验材料,通过形态特征和ITS序列聚类分析对其进行了鉴定,探讨了该菌株菌丝生长的最适碳源、氮源、C/N、pH及温度等生物学特征,以及该菌株产木质纤维降解素酶的能力。结果表明,菌株BSU01的形态特征与有柄灵芝相符;且与有柄灵芝ITS序列一致性达99%,并在系统发育树上聚在一起;菌株BSU01菌丝生长最适碳源为果糖或者葡萄糖,氮源为酵母提取物,C/N比为20/1到30/1,温度为30℃,pH值为5.5;菌株BSU01的漆酶、木质素过氧化物酶和Mn依赖过氧化物酶分别为12.13 U/L、0.52 U/L和0.33 U/L;CMCase和木聚糖酶酶活分别为7.14 U/mL和1.88 U/m L。本研究结果将为该菌的进一步开发利用提供数据参考。     

妊娠妇女与无性生活女性阴道分泌物 微生物组学分析

目的探讨妊娠妇女与无性生活女性阴道分泌物中菌群结构差异,为临床女性泌尿生殖系统疾病研究提供可靠的依据。方法运用高通量二代测序技术检测20例妊娠妇女和29例无性生活女性阴道分泌物中微生物;采用秩和检验进行组间显著性差异分析,使用生物信息学软件进行数据处理。结果 49份样本共注释出14个门、23个纲、33个目、28个科、38个属和23个种水平物种。妊娠妇女与无性生活女性阴道分泌物中菌群结构差异显著。妊娠妇女在种水平仅有Atopobium vaginae、Campylobacter ureolyticus、Lactobacillus coleohominis、德氏乳杆菌、瑞氏乳杆菌、惰性乳杆菌、罗伊乳杆菌、白假丝酵母菌和近平滑假丝酵母菌共9个物种。结论妊娠能引起女性阴道分泌物菌群结构发生改变,且菌种数量明显减少。Lactobacillus coleohominis和德氏乳杆菌可能在维持妊娠妇女阴道菌群平衡和自净作用中起到关键性作用。     

鄱阳湖沙地蔓荆灌丛沙堆形态特征及空间分布格局

目前灌丛沙堆研究主要集中在干旱半干旱区的沙质草原和沙漠边缘,对亚热带湿润区灌丛沙堆的形成、演变过程并不清楚。以鄱阳湖沙地为研究区,通过样方调查和地统计学的方法,研究不同沙化程度下蔓荆灌丛沙堆的形态特征及分布格局。结果表明:鄱阳湖沙地蔓荆沙堆的形态以盾形为主,其冠幅变化幅度为1.2—18.2 m~2,固定和半固定沙地显著高于流动沙地;对灌丛沙堆的形态参数来说,其长轴与短轴在固定和半固定沙地上呈极显著的线性相关关系,流动沙地上呈二次函数关系;半固定和流动沙地上沙堆底面积与沙堆高度呈二次函数关系(r0.6);3种类型沙地上灌丛底面积与沙堆体积之间极显著线性相关,其中半固定沙地线性函数的斜率最大;除固定沙地的沙堆高度和半固定沙地的灌丛高度外,3种沙地上蔓荆灌丛与沙堆的其他形态参数间均极显著相关,说明随着沙地的固定,蔓荆灌丛有利于沙堆水平尺度的增长;3种沙地上蔓荆沙堆均呈随机分布。     

蔓茎堇菜和柔毛堇菜多糖的抑菌抗氧化活性

利用乙醇沉淀法提取蔓茎堇菜Viola diffusa和柔毛堇菜V.principis多糖并分别进行抑菌及抗氧化试验。结果表明,蔓茎堇菜和柔毛堇菜多糖提取率分别为7.0%和8.3%。不同倍数体积无水乙醇沉淀提取的多糖抑菌和抗氧化能力不同。抑菌效果显示,蔓茎堇菜多糖对大肠杆菌和枯草芽孢杆菌的抑菌圈分别可达8.46mm和8.59mm,柔毛堇菜对大肠杆菌和枯草芽孢杆菌的抑菌圈均可达9.13mm,但两种堇菜多糖对黑曲霉和啤酒酵母未呈现抑制活性;抗氧化研究发现,蔓茎堇菜多糖抗氧化活性为243.64U·mL^-1,柔毛堇菜多糖抗氧化活性为411.78U·mL^-1。由此可见,无论是抑菌还是抗氧化活性方面,柔毛堇菜极显著优于蔓茎堇菜(P<0.01)。蔓茎堇菜和柔毛堇菜多糖都具有一定的抑菌抗氧化活性,均可作为食药两用植物资源进行开发利用。