A platform to standardize,store, and visualize proteomics experimental data

With the development of functional genomics research, large-scale proteomics studies are now widespread, presenting significant challenges for data storage, exchange, and analysis. Here we present the Integrated Proteomics Exploring Database （IPED） as a platform for managing proteomics experimental data （both process and result data）. IPED is based on the schema of the Proteome Experimental Data Repository （PEDRo）, and complies with the General Proteomics Standard （GPS） drafted by the Proteomics Standards Committee of the Human Proteome Organization. In our work, we developed three components for the IPED platform： the IPED client editor, IPED server software, and IPED web interface. The client editor collects experimental data and generates an extensible markup language （XML） data file compliant with PEDRo and GPS; the server software parses the XML data file and loads information into a core database; and the web interface displays experimental results, to provide a convenient graphic representation of data. Given software convenience and data abundance, IPED is a powerful platform for data exchange and presents an important resource for the proteomics community. In its current release, IPED is available at http：//www. biosino.org/iped2.     

层析介质的寿命与层析介质的清洗验证

近20～30年中．生物技术在中国得到了迅猛的发展。随着生物制药技术的发展,生物药物的质量越来越得到重视。生物药物从研究到上市,其过程主要包括实验室成果转化、临床试验、由患者广泛应用。药物研发成功的关键是药物的有效性,同时药物的安全性则更为重要。因此在严格确保高质量的同时,确保其有效性及工艺的稳定性显得尤为重。     

美国能源部联合基因组研究所完成大豆基因组解读

2008年12月8日,美国能源部联合基因组研究所（DOE JGI）公布了完整的大豆基因组序列草图。该序列数据可广泛应用于新育种研究领域,为解决生物燃料与粮食战略问题提供支持。     

沙尔制药选择SAS药品研发解决方案处理临床试验数据

商业分析领域的市场领导者SAS公司日前宣布,全球专业生物制药公司沙尔（Shire）与SAS结成合作伙伴,选择利用SAS药品研发解决方案（SAS Drug Development）作为其临床试验数据的平台。从而使沙尔这样的客户在为全球的患者及其家人开发并提供药品时精力更集中,更高效。沙尔坚信该系统将为沙尔和SAS带来最大收益。     

Variation in the timing of river entry of Atlantic salmon （Salmo salar L. ） in the Baltic

The timing of river entry in the Atlantic salmon is known to depend on genetic, demographic and environmental factors, but little is known about the relative magnitude of among population and among year variation and covariation in this respect in natural state Atlantic salmon rives. To investigate this, variability in the timing of river entry in three historical Finnish Atlantic salmon populations were analyzed using salmon trap data collected during 1870- 1902. The analyses reveled that 1 ） the timing of river entry differed substantially and consistently among the rivers, and that 2） variation among the rivers was much larger than variation among years. Annual variations were not explained by regional environmental conditions, whereas in one river the timing of the local flood peak was a significant predictor of the timing of river entry. Differences in the timing of salmon entry to geographically closely situated rivers suggests that a regionally fixed opening date for coastal fisheries might not be the best management strategy as it may lead to uneven exploitation of salmon populations from different rivers [ Current Zoology 55 （5） ： 342 - 349, 2009] .     

基于替代数据思想的复杂度归一化方法及其在心电信号分析中的应用

基于替代数据(Surrogate)思想的复杂度归一化方法,克服了一般复杂度对信号采样长度与采样频率的敏感性。文章对在生物医学信号复杂度分析中最有潜在应用价值的近似熵和C0复杂度进行了归一化。应用该方法可以有效地反映人体心脏某些病理状态之间的差别。同时,通过比较各种复杂度指标发现,C0复杂度和近似熵对采样长度的敏感性最弱,适用于短数据量的信号分析。     

空间异质性对样地数据空间外推的影响

应用模型结合的方法模拟了3个空间异质性等级预案下反应变量(气候变化下景观水平的树种分布面积)的变化情况,并分析模拟结果在预案之间的差异性,探讨了环境空间异质性对样地观测到的树种对气候变化响应向更大空间尺度外推的影响.结果表明：空间异质性在一般情况下对样地数据向土地类型尺度外推没有影响,而对样地尺度外推到海拔带尺度的影响则有较复杂的情况.对于对气候变化不敏感的树种以及非地带性树种,空间异质性对样地数据向海拔带尺度外推没有影响;对于大多数对气候变化敏感的地带性树种而言,空间异质性对样地数据向海拔带尺度外推则有影响.     

缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法

蛋白质三维结构叠加面临的主要问题是,参与叠加的目标蛋白质的氨基酸残基存在某些缺失,但是多结构叠加方法却大多数需要完整的氨基酸序列,而目前通用的方法是直接删去缺失的氨基酸序列,导致叠加结果不准确。由于同源蛋白质间结构的相似性,因此,一个蛋白质结构中缺失的某个区域,可能存在于另一个同源蛋白质结构中。基于此,本文提出一种新的、简单、有效的缺失数据下的蛋白质结构叠加方法（ITEMDM）。该方法采用缺失数据的迭代思想计算蛋白质的结构叠加,采用优化的最小二乘算法结合矩阵SVD分解方法,求旋转矩阵和平移向量。用该方法成功叠加了细胞色素C家族的蛋白质和标准Fischer’s 数据库的蛋白质（67对蛋白质）,并且与其他方法进行了比较。数值实验表明,本算法有如下优点：①与THESEUS算法相比较,运行时间快,迭代次数少;②与PSSM算法相比较,结果准确,运算时间少。结果表明,该方法可以更好地叠加缺失数据的蛋白质三维结构。     

外源Ca2+对高温强光胁迫下小麦叶绿体D1蛋白磷酸化及光系统Ⅱ功能的影响

用10 mmol·L^-1 CaCl₂溶液预处理灌浆期小麦叶片,以水预处理为对照,然后将预处理植株进行高温强光（35 ℃,1600 μmol·m^-2·s^-1）胁迫,测定胁迫处理过程中小麦旗叶光合电子传递速率、净光合速率、叶绿素荧光参数及D₁蛋白的变化,以研究外源Ca²⁺对高温强光胁迫下小麦叶片类囊体膜D₁蛋白磷酸化和PSⅡ功能的影响.结果表明：CaCl₂溶液预处理使小麦叶片在高温强光逆境下PSⅡ反应中心发生可逆失活,有效抑制了高温强光下D₁蛋白的净降解,保持了较高的D₁蛋白磷酸化水平,暗恢复后PSⅡ反应中心活性迅速恢复,全链电子传递速率和PSⅡ电子传递速率恢复至对照水平,维持了较高的PSⅡ原初光化学效率（F_v/F_m）、实际光化学效率(Ф_PSⅡ)、光化学猝灭系数（q_P）和净光合速率（P_n）.表明外源Ca²⁺通过调节小麦叶绿体D₁蛋白的周转,促进了PSⅡ的正常运转,减轻了高温强光胁迫对叶片光合机构的损伤.     

基于Fiedler向量的基因表达谱数据分类方法

尝试将一种基于图的Fiedler向量的聚类算法引入到基因表达谱数据的肿瘤分类中来。该方法将分属不同类的所有样本通过高斯权构造Laplace完全图,经SVD分解后获得Fiedler向量,利用各样本所对应的Fiedler向量分量的符号差异来进行基因表达谱数据的分类。通过模拟数据仿真实验和对白血病两个亚型(ALL与AML)及结肠癌真实数据实验,证明了这一方法的有效性。