大叶藻居群微卫星遗传多样性研究

采用4对微卫星引物对大叶藻的7个地理居群进行了遗传多样性与遗传结构分析。扩增148株大叶藻得到57个等位基因, 每个位点平均等位基因数为6, 大叶藻居群的平均期望杂合度(He)为0.687, 平均观测杂合度(Ho)为0.417。青岛湾居群的遗传多样性最高(A=7.750, AR=7.043), 俚岛居群最低(A=4.750, AR=4.543)。从F_st值来看, 7个大叶藻居群间属于中度分化。UPGMA系统发育树显示, 中国4个大叶藻居群聚类到一起, 其遗传分化可能是由于历史大海草场的遗留小片段居群产生, 而中国、韩国、日本和爱尔兰居群间的遗传分化则主要是由于地理隔离造成的。自由交配估计结果支持海草的东亚起源说。青岛湾居群遗传多样性较高, 可优先作为大叶藻移植修复的材料和基因库, 并进行重点保护。     

应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析

目的检测国内Et本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰白兔的遗传背景及遗传结构,为封闭群兔遗传检测方法建立和标准化提供基础资料。方法应用18个微卫星标记及荧光标记一半自动基因分型技术对三个群体95个个体进行Hardy．Weinberg检测,统计每个位点等位基因频率、杂合度、F值、遗传距离等信息。结果三个种群平均等位基因观测数为3．167、4．556、3．444,平均观测杂合度为0．444、0．5230、0．4976。18个位点平均多态信息含量（PIC）为0．410、0．549、0．470,日本大耳白兔6个位点HWE检验（P〈0．05）,显著偏离Hardy—Weinberg平衡,并在Satl3,INRCCDDV0088位点基因型完全纯和,新西兰白兔和青紫蓝兔分别有2个位点显著偏离Hardy—Weinberg平衡。三个种群遗传距离：青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近,为0．124,与日本大耳白兔遗传关系最远,为0．320;新西兰白兔与日本大耳白兔较远,为0：10。结论三个种群有各自不同遗传特征,遗传多样性较高,种群间分化明显。个别位点偏离遗传平衡,推测人工繁育过程中存在一定问题。     

二斑叶螨和肩突硬蜱基因组微卫星分布规律研究

本研究利用已公布的二斑叶螨Tetranychus urticae和肩突硬蜱Ixodes scapularis的全基因组测序结果,对其基因组中的微卫星序列进行了系统分析和比较。结果表明:在二斑叶螨基因组中共找到微卫星7934个,出现频率为1/11.45kb,占全基因组碱基总数的0.16%,其中三碱基重复微卫星最多,占总数的72.83%;在肩突硬蜱基因组中共找到550629个微卫星,出现频率为1/3.21kb,占全基因组碱基总数的0.57%,其中单碱基重复微卫星最多,占总数的73.74%。另外,肩突硬蜱基因组中微卫星的重复次数普遍高于二斑叶螨基因组中微卫星的重复次数,二斑叶螨基因组中微卫星的GC含量(34.10%)明显高于肩突硬蜱(24.35%)。微卫星家族方面,二斑叶螨基因组倾向拥有更多的唯一序列(P<0.0001)。A、T、AG、TC、TG、GAT、ATTT、AATA是两个物种共有的常见核心重复序列。     

应用IdentifilerTM系统对湖南人群中OL等位基因的观察与分析

应用IdentifilerTM系统和ABI310型遗传分析仪,对湖南人群中3 423例无关个体进行基因分型,筛选出OL等位基因,并对其分布及构成进行分析.结果显示在3 423例个体基因分型中,发现12种OL等位基因,分布于D13S317、D19S433、D21S11、D3S1358、D7S820和FGA等6个基因座,各基因座OL等位基因的种类数目为1～3个,位点频率为0.292‰～9.641‰.通过以上研究,可对IdentifilerTM系统群体遗传多态性数据进行有效的补充和完善,从而使其更好地应用于人类生物学、法医遗传学等领域.     

利用鸡F2资源群体构建1号染色体遗传连锁图谱

在鸡1号染色体上选取23个微卫星标记,利用东北农业大学鸡F2资源群体构建了遗传连锁图谱。选用369只F2个体用于基因型测定。结果表明23个微卫星位点除MCW0058为低度多态,其他位点均为中高度多态。构建的连锁图谱覆盖1号染色体全长,总共637.9 cM。MCW0115和ROS0025标记顺序与EL图谱不同,但与WAU图谱一致。其他标记顺序与3大参考家系标记顺序一致,图谱总长和标记间距离大于3大参考家系。此连锁图谱的构建为数量性状位点（QTL）定位奠定了良好的基础。     

藏绵羊GHR基因5′侧翼区序列特征分析

对欧拉型藏绵羊生长激素受体(GHR)基因5′侧翼区(包括P1启动子和外显子1A)进行了T-A克隆和序列测定(GenBank accession No. EF116490), 在分析其序列结构特征的基础上与GenBank中摩弗伦羊、山羊、普通牛、欧洲野牛进行了比较基因组学和系统进化研究, 结果表明: (1)欧拉型藏绵羊GHR基因启动子P1区存在C/EBP、C/EBPb、SP1、Cap、USF、HFH-2、HNF-3b、Oct-1等多个潜在的转录因子结合位点, 可能与GHR基因的转录调控和起始以及特异表达有关。在该非编码序列中, 重复序列所占比率为2.55%, 不存在SINEs、LINEs、LTR类反转录元件和DNA转座子元件, 而发现存在一(TG)11微卫星位点; (2)在启动子P1区, 藏绵羊与摩弗伦羊、山羊、普通牛、欧洲野牛各物种间同源性大小分别为99.7%、94.2%、85.9%、86.5%; 而在外显子1A区段, 藏绵羊与摩弗伦羊、山羊、普通牛、欧洲野牛各物种间同源性大小分别为 99.0%、97.0%、92.7%、94.6%。物种间欧拉型藏绵羊与摩弗伦羊同源性最高, 而欧拉型藏绵羊与普通牛最低。(3)邻接法(即NJ法)构建的分子系统进化树聚类结果表明, 欧拉型藏绵羊与摩弗伦羊先聚为一类, 再与山羊聚类形成一个大分支, 而普通牛和欧洲野牛先聚类形成另一大分支, 两大分支最后再聚为一起, 其聚类结果与线粒体DNA和动物学分类的研究结果一致。     

中国人胃癌KAI1基因表达及遗传不稳定性

采用Envision免疫组织化学,Leica-Qwin计算机图像分析,石蜡包埋组织抽提DNA,PCR-单链构象多态性(SSCP)和常规银染等方法,对56例石蜡包埋胃癌标本及其相应的正常组织,进行KAI1蛋白表达水平的研究和D1S1344、D11S1326位点微卫星不稳定(MSI)、杂合性缺失(LOH)的检测,为揭示KAI1基因作用机制和肿瘤转移机制提供实验依据。实验中,胃癌KAI1蛋白阳性检出率为55.4%(31/56):随着癌组织浸润程度的进展,其阳性率呈降低趋势(P<0.01);在无淋巴结转移的肿瘤组织KAI1蛋白表达率为83.9%,显著高于淋巴结转移肿瘤组织的20.0%;在肿瘤结节转移(tumor node metastasis,TNM)Ⅰ Ⅱ期,KAI1蛋白阳性率为82.8%,明显高于TNMⅢ Ⅳ期的25.9%(P<0.01)。56例胃癌D11S1326、D11S1344位点的SSCP分析中,均未出现MSI或LOH。实验结果提示,KAI1蛋白表达与胃癌组织浸润、淋巴结转移及恶性进展密切相关。在胃癌的发生发展中,KAI1基因未见遗传不稳定性改变。     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中,13对引物能成功扩增,且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定,其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间,扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个;观测杂合度在0.25与0.8之间,平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2 ,平均期望杂合度(He)是0.8±0.09 ;群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下,养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体,分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

德宏水牛微卫星标记分析的群体遗传变异

德宏水牛是云南省地方水牛的优良品种之一,为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构,筛选了分别位于水牛14条染色体上的15对微卫星引物,对德宏水牛81个个体进行了检测分析.共检测到62个等位基因,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.13,该水牛群体期望杂合度和多态信息含量分别为0.6520±0.1526和0.5863±0.1789,各座位的遗传分化系数在0～0.0919之间,平均值为0.0202.每个座位的基因流较大,平均12.1502.研究结果表明德宏水牛群体遗传多样性较丰富,亚群间的遗传分化程度低,基因流较大,且很少发生近交.     

基于微卫星标记的斑点叉尾鮰家系鉴定技术及应用

研究旨在建立准确、高效且经济的斑点叉尾鮰(Ictalures punctatus)家系亲缘鉴定体系, 以期为斑点叉尾鮰的遗传评估及家系育种提供科学依据。选用10对具有较高多态性SSR标记, 建立两个5重PCR反应体系。应用建立的斑点叉尾鮰家系亲缘鉴定体系对来源于13个全同胞家系和8个半同胞家系的333尾个体进行亲权鉴定。结果表明: 10个位点平均等位基因数为9.8、平均观测杂合度0.8591、平均期望杂合度0.8092、平均多态信息含量0.7845; 3种情况下的累积排除概率分别为: 0.99996806、0.99833267和0.99999998; 验证群体的鉴定结果与系谱高度一致, 真实鉴定率达到99.1%, 子代与父母本三者之间配对平均LOD值介于13.30—24.70, 且置信度均达到95%。研究选择的微卫星位点等位基因数目较多, 多态性较高, 可以快速、准确地对斑点叉尾鮰混养群体进行家系鉴定。