最短尾短体线虫转录组及潜在效应蛋白分析

最短尾短体线虫（Pratylenchus brachyurus）是一种重要的迁移性内寄生植物病原线虫。对其转录组进行测序和分析,是进一步研究其寄生特点和致病机理的重要基础。通过转录组测序和分析,得到72 516个unigenes,其中38 266个（52.76%）unigenes注释到7个蛋白质数据库中。Cazyme分析预测到541条具有植物/真菌细胞壁降解活性的蛋白质序列,分别属于GH5、GH30、GH53、GH28、PL3、GH16、GH18和GH20家族。转录组中有56个蛋白序列与秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）的RNAi通路蛋白具有同源性。鉴定到51个与已知植物寄生线虫效应蛋白具有同源性的蛋白序列,检测了9个潜在效应蛋白在抑制植物防卫反应中的作用,其中7个能够抑制由Gpa2/Rbp-1引起的细胞程序性死亡反应。研究结果表明最短尾短体线虫转录组与同属的短体线虫基因分布特点相似,其潜在效应蛋白具有抑制植物防卫反应的特点。     

组学技术在重离子辐射微生物诱变育种中的应用

重离子辐射诱变具有诱变率高、诱变谱宽、突变体易稳定等优势,在微生物育种实践中已得到广泛应用。随着测序技术的发展,对重离子辐射诱变效应的研究可以实现较为全面地了解突变体在基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多个层面的生物学信息。本文综述了利用重离子辐射诱变技术进行微生物育种的研究进展,以及联合高通量测序技术探究重离子诱变产生的生物学效应机理。在此基础上,进一步探讨利用组学方法研究重离子诱变微生物的新思路,旨为重离子诱变微生物育种技术提供参考和建议。     

谷子及其根际土壤微生物群落对铬胁迫的响应机制

重金属铬(Cr)污染对农田中农作物产生毒害作用并破坏土壤微生物群落稳态,但不同农作物及其根际土壤微生物群落对Cr胁迫的响应机制均有所差异。该研究在时间序列上分析Cr胁迫对谷子(正名:粱, Setaria italica)长势、谷子差异表达基因(DEGs)的功能途径及土壤微生物群落结构和功能等方面的影响,阐明谷子及土壤微生物群落的响应机制,为Cr胁迫下的谷子生长及污染土壤的生态修复治理提供理论依据。基于室内盆栽实验,以谷子幼苗和种植谷子的土壤为实验材料,在Cr胁迫前(CK)及胁迫后6 h和6 d (Cr＿6h、Cr＿6d)的时间序列上分别进行样本采集,同时测量幼苗生理性状指标及土壤理化指标。通过转录组分析,研究Cr胁迫时间序列上谷子幼苗基因表达及所富集的功能途径的变化趋势;通过高通量测序分析,研究Cr胁迫时间序列上土壤微生物群落结构、物种多样性、群落功能的动态变化过程及与土壤理化性质的相关性。结果发现:1)转录组分析结果表明Cr胁迫诱导基因表达上调(上调DEGs 54%); Gene Ontology (GO)富集分析表明DEGs在CK和Cr＿6h、Cr＿6h和Cr＿6d样本对中与光合作...     

湿地松木质部和针叶松脂合成基因分析

为挖掘湿地松(Pinus elliottii)松脂合成相关的基因,对不同采脂期的木质部和针叶进行高通量转录组测序,与火炬松(Pinus taeda)参考基因组进行比对,共获得了68 211条unigenes,546 356 450条clean reads,平均比对率达90.21%。将不同时期木质部、木质部与针叶间进行两两对比,以P＜0.05,|log₂FoldChange|＞1.0为标准来筛选差异基因,并进行GO和KEGG富集分析。结果表明,参与萜类物质合成的差异基因有133个,其中大部分富集在MEP途径,从差异基因中挑选8个产脂相关的候选基因进行RT-qPCR验证,确定HMGR、DXS、TPS、ABC转运蛋白基因与产脂存在关联性。通过转录组测序与分析,挖掘出133个参与松脂萜类物质合成相关的差异基因,其中萜烯合酶基因(TPS)和ABC转运基因在正调控萜类物质合成中发挥关键作用。     

乙烯调控灵芝酸生物合成关键基因的筛选

灵芝是我国著名的药用真菌,灵芝酸是其主要活性成分,具有多种药理活性。乙烯可以促进灵芝酸的生物合成,但其调控机理尚不明确。本实验利用非靶向代谢组研究发现Top 20差异代谢物中含有6种灵芝的活性成分(灵芝酸η、赤芝酸F、赤芝酸N、丹芝酸A、灵芝酸V1和灵芝酸δ),其中有4种灵芝酸(灵芝酸η、赤芝酸F、赤芝酸N和灵芝酸V1)为上调积累,2种灵芝酸(灵芝酸δ和丹芝酸A)为下调积累。通过非靶向代谢组与转录组的关联分析发现基因GL23307、GL25546和GL29595同时与3种灵芝酸积累显著相关,并通过启动子顺式元件预测,发现分别编码泛素蛋白和抑肽酶基因GL25546、GL23307的启动子区域含有响应乙烯信号的顺式作用元件GCC-box,因此,推测这两个基因在乙烯调控灵芝酸生物合成中发挥重要作用。     

贵州台江早、中寒武世凯里组的腕足动物

描述贵州台江下、中寒武统凯里组的腕足动物化石６属１０种，其中包括１新种，２比较种和２未定种。该腕足动物组合带有波希米亚及哈萨克斯坦的色彩，对于我国寒武纪腕足动物的分类、演化、古生物地理研究及查清凯里动物群的组成、凯里组的时代，均有重要的意义。     

河南济源晚石炭世太原组的一种复体四射珊瑚

Ａｃｒｏｃｙａｔｈｕｓ是一类块状体或丛状体的四射珊瑚，在北美分布于下石炭统，我国见于上石炭统，但丛状体的在我国系首次发现。在连续切片上，可见两个生长阶段，其繁殖方式有侧芽繁殖和边缘泡沫板内繁殖，系统分类上另置独立的科级分类。根据形态分析，该珊瑚栖息在动水，能量略高及食料丰富的浅水环境。当前标本为一新种：Ａ．ｊｉｙｕａｎｅｎｓｉｓｓｐ．ｎｏｖ．。     

江苏句容仑山附近奥陶纪鹦鹉螺

一、前言1984、1985年笔者与陈挺恩等两次对江苏句容仑山以及江宁汤山地区奥陶系剖面进行观察和研究.在仑山附近奥陶系剖面的红花园组、大湾组、牯牛潭组和宝塔组中,采到数量较多的鹦鹉螺化石.除红花园组化石制片尚有困难,暂时未着手研究;大湾组、牯牛潭组、宝塔组的化石,经研究共有13属、36种.其中1新属,ll新种,1比较种,2未定种.江苏句容县仑山,江宁县汤山附近的奥陶系研究较早.德国学者 Richthofen     

山茶属植物的进化与分布

山茶属Camellia植物在其进化过程中,以雄蕊不定数、在某些类群中存在心皮离生至合生的中间过渡,认为是山茶科中较原始的一属,分布于亚洲东部和东南部,中国长江以南广袤的亚热带地区是该属的现代分布中心,中南半岛和我国云南、广西南部的热带地区种类虽少,却集中了本属原始或较原始的类群和种类。本属演化上的近缘属或姐妹群——核果茶属Pyrenaria（包括石笔术属Tutcheria）分布区大致与本属相似,其原始（子房5室,心皮先端多少分离,花柱离生）的种类也分布于此,它们可能同出于一个心皮离生的古老祖先,即生长于亚洲古热带森林环境中的类似千五桠果属（Dillenia）的原始山茶科植物,上述地区是该属的早期分化中心和起源地,大约在白垩纪特提斯海（古地中海）东岸的劳亚古陆和冈瓦纳古陆接触地带由原始五桠果类植物演化而来。山茶属植物自热带亚洲起源和分化发生后,向四周辐射状扩展,在亚洲大陆,类群和种类明显表现出由南向北、从热带向亚热带分化和替代的规律。在漫长的进化过程中,经历第三纪以来地史和古气候的变迁,分化发展为具花梗和花梗强烈缩短变无便的两个演化枝,分道扬镳平行发展,两枝在演化上相似地表现出雌、雄蕊数目的减少及合生水平的提高,本属最进化的类群是分布区南界的管蕊茶组 Sect．Calpandria和广布我国亚热带林下的连蕊茶组Sect．Theopsis,前一组花丝全部合生成肉质管,后一组雌、雄蕊高度合生,果通常1室发育,中轴退化。晚第三纪以来,古气候的变迂和亚洲山体的隆升,山茶组 Sect.Camellia,油茶组Sect．Paracamellia以及连蕊茶组 Sect．Theopsis在新的环境中产生进一步分化和自然杂交,出现了一些多倍体种群,细胞地理学研究表明,自中南半岛向北呈现出核型由对称到极不对称、染色体从二倍体到多倍体的变异系列,从而对山茶属中演化与分布的一致性提供了证据。