内蒙古汉、回、蒙古族扣手、交叉臂及惯用手的分析

利用对数线性模型分析了郑连斌、陆舜华等1996年在内蒙古调查的汉、回、蒙古族的3项人类遗传学指标（扣手、交叉臂、惯用手）,得出与其既有相同又有不同的结论。结果显示：（1）扣手与民族、性别都无关;（2）交叉臂与民族不相关,与性别相关;（3）惯用手、民族、性别三者存在三因子效应;（4）惯用手与扣手、惯用手与交叉臂分别存在相关性,而交叉臂与扣手之间相关性不显著。     

岷江上游不同植被下土壤团聚体特征分析

以岷江上游卧龙自然保护区内不同植被条件下土壤为对象,研究了暗针叶林、针阔混交林、暗针叶林林窗下箭竹林、高山栎4种植被土壤的团聚体数量特征.结果表明,湿筛法得到的4种植被类型土壤团聚体服从对数正态分布,其几何平均直径与标准差之间存在负相关关系.其中,针阔混交林和高山栎林土壤具有较大的团聚体直径.土壤的分维数范围在2.40～2.78之间,＜0.25mm团聚体含量越高,土壤团聚体分形维数越大,暗针叶林土壤的第2层和暗针叶林窗箭竹林土壤的第3层的分形维数最大.土壤团聚体的保存机率以3～1mm、1～0.5mm粒径级团聚体为大,遭到破坏的可能性小;＞10mm、0.5～0.25mm粒径级的团聚体的保存机率小,容易遭到破坏.对团聚体稳定性指数进行剖面加权平均发现,针阔混交林土壤的稳定性指数最高,其次为高山栎林土壤、暗针叶林林窗下箭竹林和暗针叶林土壤,说明针阔混交林和高山栎林有利于土壤团聚体的稳定.团聚体的3个数量特征之间具有密切联系,均可用于说明土壤团聚体稳定性的大小.     

基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析

识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性.本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍使用的转录调控模体进行分析,然后用U-检验进一步筛选出相对于背景序列来说过表达的模体.这些模体为酵母RP基因潜在的转录调控元件,与实验获得的转录因子结合位点的符合率达90%.本方法的优点在于用严格的统计标准在一组基因启动子中搜索普遍使用的模体,克服了以往分析中对模体使用普遍性的模糊判断.本文的方法也可以有效地搜索共表达基因族的组合调控模体对.研究中还发现一个现象:2×2列联表中反映属性相关程度的Pearson相关系数与对数线性模型的交互效应之间存在着明显的相关性.这一结果提示,可以用对数线性模型的交互效应来评价两属性的关联情况.     

高温和密度效应对棉蚜死亡和繁殖的影响

在室内采用叶子圆片培养基饲养棉蚜的方法,研究不同温度(32、34、36、38、40 ℃)和密度(每皿5、25、50、75)对棉蚜死亡和繁殖的影响.结果表明： 随着温度的升高、密度和持续天数的增加,棉蚜累计死亡率呈上升趋势.互补重对数模型模拟结果表明：β值随着密度的增加而减小,说明随着棉蚜密度的增加,温度对棉蚜的作用减弱;不同持续天数的γ_j值不同,说明棉蚜条件死亡率受温度和作用时间的共同影响.双因素方差分析结果表明,温度和密度显著影响棉蚜的繁殖率,且存在交互作用.32~36 ℃范围内,棉蚜繁殖率随密度的增加呈降低趋势,40 ℃条件下,不同密度棉蚜繁殖率没有差异,说明随着温度的升高,密度对棉蚜的作用逐渐减弱.即在不同的温度区间和密度范围内,温度和密度对棉蚜的作用大小、主次发生了改变.研究结果为棉蚜种群监测、预警和改进害虫控制方法提供了科学依据.     

GFP/DNA双标记法流式细胞仪分析荧光补偿调节方法的建立

用PI或Hoechst 33342标记表达GFP基因的BGH 823细胞DNA,流式检测分析时,需要做荧光补偿.以此为例,建立了线性(DNA含量)和对数(GFP表达量)放大信号之间的荧光补偿调节方法.结果表明,建立的补偿调节方法对于GFP/DNA双标记实验,完全适用和有效;它既实现了在同一散点图上同时呈现线性与对数放大,也提供了对数和线性2种不同荧光信号参数发生荧光重叠时进行补偿调节的方法.     

Species Abundance in a Forest Community in South China：A Case of Poisson Lognormal Distribution

Abstract: Case studies on Poisson lognormal distribution of species abundance have been rare, especially in forest communities. We propose a numerical method to fit the Poisson lognormal to the species abundance data at an evergreen mixed forest in the Dinghushan Biosphere Reserve, South China. Plants in the tree, shrub and herb layers in 25 quadrats of 20 m× 20 m, 5 m× 5 m, and 1 m× 1 m were surveyed. Results indicated that: (i) for each layer, the observed species abundance with a similarly small median, mode, and a variance larger than the mean was reverse J-shaped and followed well the zero-truncated Poisson lognormal; (ii) the coefficient of variation, skewness and kurtosis of abundance, and two Poisson lognormal parameters (& and μ) for shrub layer were closer to those for the herb layer than those for the tree layer; and (iii) from the tree to the shrub to the herb layer, the α and the coefficient of variation decreased, whereas diversity increased. We suggest that: (i) the species abundance distributions in the three layers reflects the overall community characteristics; (ii) the Poisson lognormal can describe the species abundance distribution in diverse communities with a few abundant species but many rare species; and (iii) 1/α should be an alternative measure of diversity.
(Managing editor: Ya-Qin HAN)     

酿酒酵母对数生长后期代谢重构的全基因组表达谱芯片分析

为了探讨酵母进入对数生长后期以后酒精生产速度降低的原因, 我们利用酵母表达谱芯片技术对酿酒酵母细胞从对数生长中期进入对数生长后期时的全基因组表达谱进行了分析, 发现酵母在对数生长中期的表达谱非常稳定, 而一旦进入对数生长后期, 则出现明显的代谢重构现象。许多氨基酸合成和代谢相关的基因、离子转移以及与能量的生成和储存等功能相关的基因出现了不同程度的上调; 而许多涉及酵母转座和DNA重组的基因则表达下调; 一些中心代谢途径也发生了代谢重构, 包括: 琥珀酸和a-酮戊二酸生成途径基因的一致上调, 都与氨基酸合成和代谢相关基因表达的结果相吻合。结果表明: 由于氨基酸合成的需求量增加, 进入对数生长后期酵母的代谢转向TCA循环和乙醛酸循环, 导致酒精的生产速率降低。     

MATLAB7．X生物信息工具箱的应用-基因芯片分析（三）

本文主要介绍生物信息工具箱在基因芯片图像和数据处理方面的应用,通过基因芯片数据的基因表达图谱研究基因表达水平,比较健康组织和病变组织的区别,并且观察药物应用所造成的变化。以健康小鼠和帕金森疾病小鼠脑基因的表达情况和差别的分析为例,介绍生物信息工具箱用于标准化处理基因芯片数据,分析和可视化基因表达谱方面的应用。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用——基因芯片分析(三)

本文主要介绍生物信息工具箱在基因芯片图像和数据处理方面的应用,通过基因芯片数据的基因表达图谱研究基因表达水平,比较健康组织和病变组织的区别,并且观察药物应用所造成的变化.以健康小鼠和帕金森疾病小鼠脑基因的表达情况和差别的分析为例,介绍生物信息工具箱用于标准化处理基因芯片数据,分析和可视化基因表达谱方面的应用.     

对数生长与G0期人包皮成纤维细胞Stat1对INF—α刺激反应的差异

Stat1（信号转导与转录活化子1）的激活与刺激因子和细胞组织类型有关,它的活化受体有组织分布特异性,本研究比较G0期和对数生长周期两个不同状态体外培养的人包皮成纤维细胞受到干扰素（INF－α）刺激后Stat1基因mRNA、蛋白质表达以及蛋白质合成效率的差异。结果表明：成对数生长的细胞Stat1的mRNA表达量较对照组增加达10倍左右,蛋白质表达增加3－4倍左右;G0期细胞Stat1的mRNA表达量较对照组增加约3－4倍,蛋白质表达增加约3－4倍;对数生长细胞Stat1蛋白质合成效率明显降低,在翻译水平可能有调控,以上结果提示对数生长和G0细胞对INF－α刺激反应有差异。