研发动态

国际大熊猫基因组计划在深圳启动;我国初步建立转基因农产品品系特异性的精准检测技术体系;我国首次获得转ω-3脂肪酸去饱和酶基因猪;我国建立HIV毒株的基因变异和流行特征数据库;美国绘出唾液蛋白质组图     

动物种群遗传多态性研究中的PCR技术

基因组DNA的变异是种群遗传多态性研究的基础。PCR技术可以在反应管内经济快速地扩增特定DNA序列,在动物种群遗传多态性研究中的应用主要包括三个方面：(1)种群遗传多态位点的检测;(2)基因定位或利用已经定位的单拷贝基因设计染色体位点特异的分子标记;(3)与DNA测序技术相结合,高效经济地获取特定基因座位的全部遗传变异。     

幽门螺杆菌vacA和cag毒力岛基因的变异、表达及其临床意义

所有幽门螺杆菌菌株均有vacA基因,但部分菌株不表达VacA蛋白,不同的vacA等位基因组合后组成sla/ml、sla／m2、slb／m1、elh／m2、s2／m1和s2／m2等亚型。cag毒力岛是部分幽门蠕杆菌具有的与致病力相关的基因组。CagA和VacA可能不是幽门螺杆菌不变或可靠的毒力标志,不能单纯以I型菌株(CagA^ ／VacA^ )和Ⅱ型酋株(CagA^-／VacA^-)来区分细菌致病性强弱。幽门螺杆菌的毒力具有宿主依赖性,其遗传多样性和毒力因子差异、基因型地理分布不同、宿主易感性及环境因素不同也可能手致感染后出现不同的临床结局。     

耐药相关性的人类免疫缺陷病毒基因变异

随着高效抗反转录病毒治疗的广泛应用,艾滋病的治疗已获得实质性的进展。现已有23种抗病毒药物,但耐药性的出现使治疗效果下降。回顾性研究显示药物耐药性可以先于新的药物治疗而存在。前瞻性研究显示若事先掌握病人的基因耐药资料,抗病毒治疗的效果将好于未掌握资料者。本文将详细综述人类免疫缺陷病毒耐药机制和临床意义以指导抗病毒治疗。     

SARS-CoV Genome Polymorphism： A Bioinformatics Study

A dataset of 103 SARS-CoV isolates （101 human patients and 2 palm civets） was investigated on different aspects of genome polymorphism and isolate classification. The number and the distribution of single nucleotide variations （SNVs） and insertions and deletions, with respect to a “profile”, were determined and discussed （“profile” being a sequence containing the most represented letter per position）. Distribution of substitution categories per codon positions, as well as synonymous and non-synonymous substitutions in coding regions of annotated isolates, was determined, along with amino acid （a.a.） property changes. Similar analysis was performed for the spike （S） protein in all the isolates （55 of them being predicted for the first time）. The ratio Ka/Ks confirmed that the S gene was subjected to the Darwinian selection during virus transmission from animals to humans. Isolates from the dataset were classified according to genome polymorphism and genotypes. Genome polymorphism yields to two groups, one with a small number of SNVs and another with a large number of SNVs, with up to four subgroups with respect to insertions and deletions. We identified three basic nine-locus genotypes： TTTT/TTCGG, CGCC/TTCAT, and TGCC/TTCGT, with four subgenotypes. Both classifications proposed are in accordance with the new insights into possible epidemiological spread, both in space and time.     

个性化胚胎干细胞

美国科学家在9月4日出版的《自然·遗传学》杂志上报告说,他们发现多个实验室培育的人类胚胎干细胞系在细胞分裂晚期都会发生基因变异,这可能会影响干细胞治疗的前景。人类胚胎干细胞可分化为不同的人体组织细胞。     

中国脊髓灰质炎病毒疫苗株基因变异的分析

从急性弛缓性麻痹（ＡＦＰ）病例分离的３２株脊髓灰质炎（脊灰）病毒,在ＶＰ１编码区,经ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法鉴定,并经核酸测序进一步证实力疫苗株,其中５株为Ｉ型疫苗,１６株Ⅱ型疫苗株,１１株Ⅲ型疫苗株,以同样的分析方法检测这些毒株基因组的３Ｄ聚合酶编码区,发现２株Ｉ型疫苗株在３Ｄ区的４３１个核苷酸序列为野毒序列,即这２株Ｓａｂｉｎ１基因型（ＶＰ１）与野毒基因型（３Ｄ）重组株;其余３株Ｉ型疫苗株未发现基     

鸡体内疫苗抗体选择压对H9N2亚型禽流感病毒内部基因演化的影响

在我国,接种疫苗是防控H9N2亚型禽流感(Avain influenza,AI)流行的主要措施。为了解H9N2亚型禽流感病毒(Avain influenza virus,AIV)在疫苗抗体选择压下的遗传变异情况,本研究选择A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2,F/98)禽流感病毒分别在有和没有疫苗抗体选择压的SPF鸡体内连续传代。为了减少混合病毒对研究结果的干扰,我们建立了三个独立传代系列。结果表明,母本病毒在经过有和没有疫苗抗体选择压下连续传代后,两种模式下的传代病毒的内部基因都发生了基因突变。与没有疫苗抗体选择压下的传代病毒相比,有疫苗抗体选择压下的传代病毒氨基酸突变数量明显减少(P0.05),肺组织分离到的传代病毒的突变氨基酸数量显著多于相同传代条件下气管中分离到的传代病毒的氨基酸突变数量(P0.05)。此外,疫苗抗体选择压下的传代病毒V9L和V9T有4个特有突变:PB2(H366Q、A322E)和M(P154A、A246Q),没有疫苗抗体选择压下的传代病毒N9L和N9T有9个相同突变:PB2(I298Q、E526R)、PB1(T348A)、PA(L336M)、NP(G52A、L187G)、M(H23I)和NS(S81L、H85S),所有第9代次的传代病毒相同的突变有2个:PB2(R327K、Y369S)。值得注意的是,相比母本病毒没有疫苗抗体选择压下的传代病毒对鸡胚的感染力显著提高(P0.01),而有免疫选择压下的传代病毒对鸡胚的感染力相比母本病毒变化不大(P0.05),但丧失了致死鸡胚的能力。本研究对了解禽流感病毒在疫苗的选择压力下的演化规律,以及理解疫苗对病毒进化的影响具有重要参考意义。     

丙型肝炎病毒基因高变区变异的动力学研究

本文旨在对ＨＣＶ的基因高变区的变异规律进行初步探索。根据随访的５年、分别检测３个两例的ＨＣＶ持续感染者的高变区基因变异的资料分析,发现高变区的变异可能有两种不同的动态模式;一种为快速演变模式,表现为基因变异速度快、优势克隆转化快和同一时间点各克隆的遗传距离近;另一种灯对缓慢演变模式,表现为基因变异速度缓慢,优势克隆转化不明显,同一时间点不同克隆间的遗传距离远。该研究结果显示,ＨＣＶ高变区基因变划具