云南地方稻waxy基因序列多样性分析

利用特异引物Wx-F/AG-2对来源于云南省16个州市64个县的252份地方稻种waxy基因中含有微卫星序列(CT)n和第一内含子的序列进行PCR扩增并测序。结果表明在268个碱基的序列内检测到4个变异位点:第一内含子上游56位处(CT)n存在(CT)10、(CT)11、(CT)12、(CT)14、(CT)16、(CT)17、(CT)18、(CT)19、(CT)20、(CT)21等10种变异;(CT)11、(CT)18、(CT)17、(CT)12、(CT)10等5种单倍型是云南优势类型,合计占供试材料的92.85%;籼稻以(CT)10、(CT)11、(CT)12为主,而粳稻以(CT)11、(CT)12、(CT)17和(CT)18为主;第一内含子+1位存在G/T变异,81.75%品种是G,T只出现在(CT)16、(CT)17、(CT)18和(CT)20的品种中,其频率在籼稻中为13.48%,粳稻20.86%,水稻16.17%,陆稻22.35%,粘稻10.47%,糯稻42.62%。+86-88位存在ATA/GTA/A--3种变异;+128位处存在(AATT)5和(AATT)6 2种变异。根据这4个变异位点,可将252个云南地方稻种归为16种单倍型,其中Wx4(32.54%)、Wx9(13.89%)、Wx12(12.7%)、Wx5(12.3%)、Wx1(8.33%)、Wx11(7.94%)是主要类型,合计87.7%,其他类型频率较低。籼/粳亚种、水/陆稻和粘/糯中存在单倍型种类和单倍型频率两方面的差异,籼稻/粳稻、水/陆稻和粘/糯稻各亚种或生态型均有独享的单倍型,共享单倍型频率也存在差异,表明亚种间或生态型间发生了一定的遗传分化。单倍型地理分布分析表明,临沧、普洱单倍型种类最丰富,以之为中心向外扩展,单倍型种类有减少的趋势,第一内含子+1位的T主要分布在临沧、普洱、西双版纳、德宏等南部地区。本研究揭示了云南地方稻种群体waxy基因的变异和分布特点。     

分类学发展史概略和坚持分类学的完整概念

温故而知新。本文以历史进程为序,根据分类学中的重大事件,粗线条勾画出一个框架以反映分类学发展的的轨迹。包括以下几个部分:古代至林奈之前的生物分类;近代分类学科的诞生;进化理论的确立与修正及其深远影响;分类学的蓬勃发展(居群概念、新系统学与Biosystematics,细胞分类法与化学分类法,学派争鸣促进分类学繁荣);分子生物学为分类学注入强大活力。在讨论部分论述了坚持分类学的完整概念,不宜将分类的某个依据和方法理解和翻译为某个分类学,如chemotaxonomy,cytotaxonomy,DNA taxonomy应理解和翻译为某个分类方法,而不是"化学分类学","细胞分类学","DNA分类学"等,说明了其理由和依据。对于林奈创立了二名法、将二名法理解为物种的学名是由属名+种名组成等一些不确切的说法给予了澄清。     

普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析

LBD是一类具有LOB(lateral organ boundaries)结构域的基因家族,在植物发育过程中起到非常重要的作用。采用生物信息学方法,根据拟南芥LBD基因序列鉴定了普通烟草基因组中的LBD基因,并对家族成员进行了序列特征、系统发育和表达谱分析。结果表明:普通烟草基因组中共有98个LBD基因成员,其基因结构相对简单,一般含有1~3个外显子。LBD基因家族可分成I和II两大类,两类均含有CX_2CX_6CX_3C保守结构域,但II类不含有LX_6LX_3LX_6L形成的"卷曲螺旋"二级结构,根据与拟南芥LBD蛋白构建的系统发育树则可细分成5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id和II)。将LBD基因与表达序列标签(EST)比对,发现36个基因有EST证据;EST、芯片数据和转录组数据分析表明:LBD基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性。这些研究结果为普通烟草LBD基因家族功能的深入研究奠定了基础。     

中国二头孢盘菌属的分类研究（英文）

提供了中国二头孢盘菌属的分类研究概况和已知种类。对属的概念进行了修订;基于形态学特征和序列分析的结果,将兰斯盘菌属的3个种转入二头孢盘菌属,建立3个新组合(黄二头孢盘菌、黄山二头孢盘菌、暗丝二头孢盘菌);描述了一新种(缩孢二头孢盘菌)。该属目前已知的10个种中,在我国分布9个种。编制了该属世界已知种的分种检索表。     

基于高通量测序的群体基因组学——植物病原真菌研究新方向

群体基因组学能够从全基因组水平揭示种群结构与进化、物种形成、适应性机制等。随着高通量技术的不断发展,基因组测序成本不断降低,大规模测序已成为可能。近几年被全基因组测序的真菌数量迅速增加,极大地促进了真菌群体基因组学的发展,加深了人们对植物病原真菌起源、遗传多样性、选择作用、致病性、毒力因子、杀菌剂抗药性、寄主专化型等生物学特性的认识。本文简要介绍了植物病原真菌的全基因测序以及比较基因组学的研究进展,重点综述了基于高通量测序的病原真菌群体基因组学的最新研究动态。群体基因组学将成为植物病原真菌一个新的研究方向。     

我国植物病原真菌最新研究进展——植物病原真菌专刊序言

本期《菌物学报》"植物病原真菌专刊"刊登了12篇文章,其中关于病原真菌种类调查、鉴定及形态描述的文章5篇,病原真菌检测与检疫的文章2篇,病原真菌种群结构的文章2篇,基因组学研究进展的文章3篇。本期内容基本体现了我国植物病原真菌研究的最新进展,对今后的植物病原菌形态分类、分子分析和基因组学研究都具有重要的参考价值。     

中国齿状真菌研究6.四个新记录种（英文）

报道了我国齿状木生真菌的4个新记录种,分别是:玫瑰色肉齿菌Climacodon roseomaculatus、带状小冠齿菌Hydnocristella himantia、棘丝刺齿耳Stecchericium acanthophysium和肾形齿耳Steccherinum reniforme。根据我国采集的标本对其进行了描述和绘图。     

中国柄锈菌属—新变种和—新记录种（英文）

报道了中国柄锈菌属1新变种和1新记录种。大油芒Spodiopogon sibiricus上的三吉柄锈菌大油芒变种Puccinia miyoshiana var.spodiopogonis为新变种;田葛缕子Carum buriaticum上的密堆柄锈菌Puccinia microsphincta为中国新记录种。提供了详细的形态描述和线条图。研究标本保存在赤峰学院菌物标本室(CFSZ)和中国科学院菌物标本馆(HMAS)。     

豆科植物上单胞锈菌属—新变种和—中国新记录种（英文）

报道了豆科植物上单胞锈菌属1新变种和中国1新记录种。达乌里黄耆Astragalus dahuricus上的斑点单胞锈菌达乌里黄耆变种Uromyces punctatus var.dahuricus为新变种;山岩黄耆Hedysarum alpinum上的八岳山单胞锈菌Uromyces yatsugatakensis为中国新记录种。提供了详细的形态描述和线条图。研究标本保存在赤峰学院菌物标本室(CFSZ)和中国科学院菌物标本馆(HMAS)。     

中国虫霉目真菌及其寄主昆虫名录更新

报道了中国虫霉目Entomophthorales真菌共计79种,隶属2科11属,并对其所涉及的寄主昆虫名称进行了规范与更新,且给出了各寄主的分类地位和中英文名称对照。