新方法检测Holliday交叉动力学过程更容易

生物通2007年10月19日报道来自伊利诺斯大学香槟分校（University of Illinois at Urbana—Champaign）、霍德华休斯医学院和英国邓迪大学的研究人员报道了一种新的杂交方法,能更好的检测Holliday交叉（Holliday junction,HJ）的动力学过程。Holliday交叉是四股DNA所形成的交叉结构,名称来自于1964年提出此概念者Robin Holliday,用以解释发现于酵母菌的遗传资讯交换,也就是同源重组。[第一段]     

一种高效构建同源重组DNA片段的方法——融合PCR

融合PCR技术（fusion PCR）采用具有互补末端的引物,形成具有重叠链的PCR产物,通过PCR产物重叠链的延伸,从而将不同来源的任意DNA片段连接起来,此技术在不需要内切酶消化和连接酶处理的条件下实现DNA片段的体外连接,为同源重组片段的构建提供了快速简捷的途径。对原有的融合PCR技术进行改进,以三个同源重组线性DNA片段的构建为例,详细论述了改进的融合PCR技术的反应过程及技术体系。结果表明,改进的融合PCR技术可以同时进行三个片段及四个片段的融合反应,产物长度均在4.5kb以上,各同源重组片段在扩增过程中均无突变发生,获得的片段可以用于后续实验分析。     

大肠杆菌表达的重组葡激酶-水蛭素融合蛋白的分离纯化及其二聚体分析

采用阴离子交换和凝胶过滤色谱法纯化大肠杆菌高密度培养所表达的重组葡激酶－水蛭素融合蛋白（rSFH）,经SDS-PAGE和RP-HPLC分析纯度达到98％以上,每升发酵液得率约0.7g。同时利用疏水色谱、MALDI-TOF对纯化过程中出现的rSFH同源二聚体的分析和表面疏水面积的计算及利用高效排阻色谱（HPSEC）分析NaCl、温度对rSFH的可逆二聚化行为的影响,认为疏水作用在rSFH的可逆二聚化行为中发挥着重要作用。     

动物基因组编辑中提升CRISPR/Cas9介导的同源重组效率研究进展*

基因组编辑技术可以对DNA或RNA进行精准改造,极大地促进了生命科学的发展。CRISPR/Cas9系统在靶位点诱导DNA发生双链或单链损伤,细胞对损伤部位采用无供体模板的非同源末端连接(non-homologous end joining,NHEJ)或有供体模板的同源重组(homologous recombination,HR)修复。基于HR的基因组编辑策略通常被用于获得DNA的精准改造,而NHEJ在动物DNA损伤修复中起主导作用。为了提升HR效率,研究人员设计了多种方案,包括CRISPR/Cas9系统优化和DNA修复通路调控等。从DNA损伤修复途径、Cas9变体选择、sgRNA设计、供体模板设计、DNA修复途径相关蛋白功能调控、供体模板募集效率提升、细胞周期调控及编辑细胞生存效率提升等方面详细综述了相关研究成果,发现尚未开发出放之四海而皆准的HR提升策略,基于HR的基因组编辑需要针对具体案例制定个体化策略。旨在为动物基因组编辑中提升CRISPR/Cas9介导的HR效率研究提供理论参考,为动物基因功能分析、基因治疗和经济动物基因编辑育种提供帮助。     

基于Cfku70基因失活策略构建果生刺盘孢的高效基因敲除底盘菌株

果生刺盘孢侵染危害多种植物,是重要的植物病原真菌。在一些丝状真菌中,敲除非同源末端连接修复通路的关键基因ku70或ku80可显著提高同源重组效率,进而提高靶基因置换频率。本研究从果生刺盘孢基因组鉴定到Cfku70和Cfku80两个基因,并明确了基因失活对菌株生物学表型和基因敲除效率的影响。敲除Cfku70或Cfku80不影响菌株的菌落形态、营养生长、产孢、分生孢子萌发、侵染结构发育和致病;Cfku70基因敲除还大幅提升3个测试基因的敲除效率。本研究证实Cfku70基因失活能显著提高果生刺盘孢的基因敲除效率,适宜作为高效基因敲除的底盘菌株,研究结果为通过批量敲除策略筛选新型致病因子奠定重要基础。     

淀粉样蛋白A、D-二聚体、肌酸激酶同工酶联合检测对川崎病患儿冠状动脉损伤的诊断价值分析

摘要 目的：探讨血清淀粉样蛋白A(SAA)、D-二聚体(D-D)、肌酸激酶同工酶(CK-MB)联合检测对川崎病患儿冠状动脉损伤(CAL)的诊断价值。方法：选取2018年9月～2021年5月我院收治的80例川崎病患儿,根据是否合并CAL分为CAL组(n=34)和NCAL组(n=46)。收集患儿基础资料,并检测SAA、D-D、CK-MB水平。多因素Logistic回归分析川崎病患儿CAL影响因素,受试者工作特征（ROC）曲线分析血清SAA、D-D、CK-MB水平对川崎病患儿CAL的诊断价值。结果：与NCAL组比较,CAL组C反应蛋白(CRP)、红细胞沉降率(ESR)、SAA、D-D、CK-MB水平升高(P＜0.05)。多因素Logistic回归分析显示,CRP、ESR、SAA、D-D、CK-MB为川崎病患儿CAL独立影响因素(P＜0.05)。SAA、D-D、CK-MB、三项联合诊断川崎病患儿CAL的曲线下面积（AUC）分别为0.661、0.687、0.746、0.799,联合应用的诊断效能最高。结论：血清SAA、D-D、CK-MB是川崎病患儿CAL独立影响因素,且联合检测以上指标可辅助诊断川崎病患儿CAL。     

慢性肺源性心脏病患者血清白细胞介素-6、降钙素原、D-二聚体、N端B型脑钠肽前体与心功能分级和预后的关系研究

摘要 目的：探讨慢性肺源性心脏病（CCP）患者血清白细胞介素-6（IL-6）、降钙素原（PCT）、D-二聚体（D-D）、N端B型脑钠肽前体（NT-proBNP）与心功能分级和预后的关系。方法：选取2020年1月～2021年5月合肥市第一人民医院全科医学科及呼吸与危重症科收治的170例CCP患者（CCP组）,其中纽约心脏协会（NYHA）心功能分级Ⅱ级49例、Ⅲ级66例、Ⅳ级55例,根据1年后存活状况分为死亡组26例和存活组144例,另选取同期54名体检健康者（对照组）。收集CCP患者临床资料,采用酶联免疫吸附法检测血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平。通过多因素Logistic回归分析CCP患者预后不良的影响因素,受试者工作特征（ROC）曲线分析血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平对CCP患者预后不良的预测价值。结果：与对照组比较,CCP组血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平升高（P＜0.05）。Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级CCP患者血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平依次升高（P＜0.05）。单因素分析显示,死亡组NYHA心功能分级Ⅳ级、肺动脉收缩压、Tie指数和血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平高于存活组,第1秒用力呼气容积（FEV₁）占预计值％、FEV₁/用力肺活量（FVC）、三尖瓣环收缩期位移低于存活组（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示,NYHA心功能分级Ⅳ级和肺动脉收缩压、IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP升高为CCP患者预后不良的独立危险因素,FEV1占预计值％升高为独立保护因素（P＜0.05）。ROC曲线分析显示,血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平单独与联合预测CCP患者预后不良的曲线下面积分别为0.789、0.789、0.792、0.801、0.954,灵敏度分别为93.33％、66.67％、66.67％、86.67％、86.67％,特异度分别为46.67％、82.67％、85.33％、66.67％、94.67％。血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平联合预测CCP患者预后不良的AUC大于单项预测（P＜0.05）。结论：CCP患者血清IL-6、PCT、D-D、NT-proBNP水平升高可增加心功能严重程度并导致预后不良,可作为CCP患者预后不良的辅助预测指标,且四项指标联合检测具有更好的预测效能。     

强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构和功能的影响

【目的】采用高通量测序方法研究强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构的影响以及可提高宿主糖代谢相关菌群功能基因的分析。【方法】分别给予两组小鼠(各10只)常规饮食和强化玉米饮食(1/4的玉米粉加3/4的常规饮食成分),喂养10周,之后采集小鼠粪便样本,提取DNA,使用高通量测序仪进行宏基因组测序分析,比较两组小鼠肠道菌群和功能基因的差异。【结果】两组小鼠的终末体重没有明显差异。各样本DNA的测序有效率足够,肠道菌群的多样性存在一定差异。属放线菌门(Actinobacteria)的双歧杆菌(Bifidobacteriales)-B.pseudolongum分支和Coriobacteriia-Collinsella/Enterorhabdus分支的丰度在强化玉米饮食组的小鼠中显著升高,相应的宏基因组中涉及糖酵解和胆汁酸合成的一些酶和功能单元的含量也在强化玉米饮食组显著升高。【结论】强化玉米饮食可以提高肠道菌群中双歧杆菌等益生菌的丰度,增加宏基因组糖脂代谢相关基因和通路的含量,从而可能促进宿主的糖代谢功能。     

大肠杆菌rhtA缺失对血红素合成的影响

【背景】Escherichia coli BL21(DE3)是基因工程的常用宿主,以C5途径合成5-氨基乙酰丙酸(5-Aminolevulinicacid,ALA),ALA是合成血红素的重要前体物质,但ALA分泌对血红素合成的影响尚不清楚。【目的】阐明参与ALA外运的RhtA在血红素合成途径中的作用。【方法】利用Red同源重组,敲除Escherichia coli BL21(DE3)的rhtA,同时构建重组质粒pEA过表达血红素合成途径中的关键酶基因hemA,检测分析血红素及其前体物质含量,以及血红素合成途径中10个关键基因的表达水平。【结果】敲除rhtA对菌体生长没有显著影响,敲除菌株BL21(DE3)Δrht A与原始菌株BL21(DE3)比较,ALA的胞外含量下降23%,血红素含量提高12%,尿卟啉III (Uroporphyrin III,UIII)、粪卟啉III (Coproporphyrin III,CIII)和原卟啉IX (Protoporphyrin IX,PPIX)的含量分别提高25%、15%和18%;敲除rhtA同时过表达hemA的菌株BL21(DE3)ΔrhtA/pEA与仅过表达hemA的菌株BL21(DE3)/pEA比较,胞外ALA减少了16%,血红素含量提高了24%,UIII和CIII含量分别提高55%和64%,PPIX含量显著增加,约为4.7倍。实时定量PCR结果表明,rhtA缺失后,hemC基因转录水平下调,其余9个基因转录水平均有不同程度的上调。【结论】rhtA敲除减少了ALA的外运,使得胞内血红素产量得到提高。