Phylogenetic Patterns of the Southeast Asian Tree Frog Chiromantis hansenae in Thailand

Although landscape features such as mountains and rivers are recognized often as limiting factors to amphibian dispersal and gene flow, a limited number of studies have investigated such patterns across Southeast Asia. A perfect example of this is Thailand, located in one of the world＇s biodiversity hotspot regions. Thailand represents the corridor between mainland Asia and the Sunda Shelf, a famous and widely recognized biogeographic region, and yet there are few studies on the genetic structure among populations of amphibian species distributed across Thailand. The Southeast Asian tree frog, Chiromantis hansenae has been reported to possess a geographic range that is restricted to Thailand and, presumably, Cambodia~ Here, we investigate phylogenetic relationships among C. hansenae populations using partial sequences of the mitochondrial 16S rRNA gene and nuclear POMC gene. Our results reveal two distinct evolutionary lineages within C. hansenae populations in Thailand. The genetic divergence among populations between these two clades is considerable, and results support inter-population divergence, and high genetic differentiation （pairwise FsT = 0.97）, between two localities sampled in western Thailand （TK1 and TK2）, separated from each other by 40 kilometers only. The results suggest that landscape features across Thailand may have a profound impact on patterns of diversification in the country, underscoring the urgent need for fine-scale investigations of genetic structure of endemic and ＂widespread＂ species.     

泛基因组研究在遗传多样性和功能基因组学中的应用

相对于单个参考基因组仅聚焦于个体遗传信息的挖掘,泛基因组研究则能够反映整个物种或类群全部的遗传信息。随着基因组测序和分析技术的不断发展,泛基因组学逐渐成为新的研究热点,并已在植物、动物和微生物多个物种中获得了广泛应用,为全面解析物种或类群水平的遗传变异和多样性、功能基因组和系统进化重建等研究提供了强有力的工具,取得了很多显著的研究成果。尽管如此,由于泛基因组学研究尚处于发展阶段,测序费用和分析成本仍然较高,难以广泛普及; 且存在分析标准不一、数据挖掘不够全面深入、理论难以应用于生产实际等尚待解决的问题,仍有较大的发展空间。该文系统总结了泛基因组在生物遗传多样性挖掘和功能基因组学中的研究进展,主要包括其在泛基因组图谱的构建、基因组变异和有利基因的发掘、功能基因的多态性、群体遗传多样性和系统进化等多个领域中的应用和研究,探讨了其在不同领域的应用潜力。同时,讨论了目前泛基因组研究中存在的局限性和可能的解决方法,并对其将来的发展前景进行了展望。     

人GJB2分子进化与耳聋遗传效应的关联性分析

间隙连接蛋白β2(GJB2)基因突变与遗传性非综合征性耳聋密切相关,其广泛的突变类型及特异性的热点突变被认为是一种独特的致聋基因。本研究应用生物信息学方法对17个物种的GJB2蛋白进行了系统发育、保守性、跨膜区结构、三维结构和错义突变的分析,并结合已有报道的实验结果进行关联性分析。分析预测获得了166个固定的氨基酸位点、2个非保守区以及2个空间结构保守位点;关联性分析证实发生在保守位点的突变致病性高,非保守区突变的概率致病性小,跨膜区且改变氨基酸性质的突变,可能影响蛋白的空间结构而改变膜通道的通透性。本文为进一步研究GJB2基因突变与聋病的关联性及分子发病机制提供了理论依据,同时,这种研究思路对其它疾病的相关研究具有一定的借鉴价值。     

研发动态

科学家在现代生物体内观察5亿岁基因进化在美国佐治亚州理工学院进行的一项实验中,研究人员将一个5亿岁的基因复活后注入现代大肠杆菌中,观察其超过1000代的进化过程。研究人员成功地测定了古代延伸因子EF-Tu的基因序列(EF-Tu也是     

认识鲸鱼

人们习惯上将鲸类称作鲸鱼,这是因为鲸鱼的身体呈流线形,外形像鱼,故俗称鲸鱼。其实鲸鱼虽然外表像鱼,但并不是鱼。人类对于事物的认识都有一个渐进的过程,古人在给鲸类起名字时,连鲸字本身也有一个鱼字偏旁。不仅汉字如此,国外也有类似之处,如德语把鲸叫     

《人类进化和生物考古视角下的牙齿生长发育》评介

牙齿人类学(Dental anthropology)是体质人类学的重要分支学科,主要通过对人类牙齿特征及其变异性(即牙齿齿冠与齿根的形态学和测量学特征)进行研究来探讨人类的起源和演化问题。此外,牙齿的生长发育、疾病、磨耗、使用模式、人工畸形和拔牙习俗等也是牙齿人类学家所关注和研究的内容。从牙齿的研究中所获得的重要信息,在推断个体的性别和死亡年龄、复原古人类的行为习惯和食物结构、探索人类的起源和迁移路线等问题上都起着不可替代的作用。     

植物miRNA的进化

鉴于miRNA在植物基因表达调控中的重要作用, 人们已经开展对植物miRNA的预测、鉴定、功能和进化等方面的研究。随着许多模式植物基因组测序的完成, miRNA的基因组学和进化信息的整合为miRNA的起源和进化研究提供了越来越多的证据和假说, 然而尚未见关于植物miRNA进化方面的系统报道。文章从miRNA的起源以及相应的几种假说、miRNA的产生和消亡、miRNA的功能进化等几方面来分析和综述植物miRNA进化的研究进展。     

龙洞山溪鲵精子的超微结构

应用透射电镜和扫描电镜对龙洞山溪鲵(Batrachuperuslongdongensis)精子的超微结构进行观察和研究,探讨山溪鲵属以及小鲵科物种精子的结构特征,并探讨有尾两栖类精子结构特征的演化及其与生殖进化的关系。结果表明:1)龙洞山溪鲵的精子具小鲵科物种精子的共同特征,即精子无顶体钩,顶体呈三叶草状,尾部无线粒体,轴纤维粗大呈圆柱状等特征;2)龙洞山溪鲵精子核脊的形态结构与小鲵科其它属物种以及有尾类其它科物种精子的核脊存在明显的差别,由此可见核脊形态结构具有属或种的特异性。此外,与已有报道的有尾两栖类物种精子的结构特征进行分析比较表明:1)有尾类精子特征的分化与其受精方式的变化是一致的;2)精子结构特征支持隐鳃鲵超科为单系的推测     

氧气增加与哺乳动物进化

研究人员报告说,大气中氧气含量增加的时间与哺乳动物进化的重要阶段相符,意味着氧气的增加使哺乳动物多样化和变大成为可能。PaulFalkowski和同事通过分析原始沉积物中碳和硫的同位素记录,重建了过去2.05亿年中大气的氧含量。他们发现在超大陆-联合大陆分裂成较小的大陆、大西洋海盆形成期间,大气中的氧含量大约增加了一倍。在大陆边缘生活的浮游植物的进化极大地增加了海洋沉积物中的有机物质,这最终使更多的氧气释放到大气中。     

动物线粒体DNA在进化遗传学研究中的应用

介绍了进化遗传学研究的主要内容、基本的研究方法以及线粒体的结构和遗传特点;综述了近年来线粒体DNA在进化遗传研究上的主要应用情况。