三种室内饲养鱼类肠道微生物群落PCR-DGGE指纹分析

以室内饲养的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)、银鲫和异育银鲫(中科三号)(Carassius auratus gibelio)幼鱼为对象,通过PCR-DGGE指纹技术对其肠道微生物群落进行了探索研究。在三种鱼的肠道中检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中斑点叉尾的平均谱带数(7.5)相对于银鲫和异育银鲫的谱带数(分别为15和14)要少。基于PCR-DGGE指纹谱带及各谱带相对丰度的UPGMA聚类和MDS排序结果显示银鲫和异育银鲫肠道微生物相似性高,而与斑点叉尾的差异比较大;rank-abundance散点图及回归分析也显示斑点叉尾与银鲫、异育银鲫肠道微生物群落存在显著差异(P0.05),而银鲫和异育银鲫之间无显著差异(P=0.383)。在斑点叉尾肠道中检测到的菌群主要是变形杆菌,包括-变形杆菌和-变形杆菌;而银鲫和异育银鲫肠道中菌群主要包括梭杆菌属中的类群,还包括变形杆菌门中的气单胞菌属,以及一些未知的类群。以上结果均表明在所研究的三种鱼的幼鱼阶段,其肠道微生物组成在不同种类鱼中存在差异,且该差异受基因型的影响可能更大。       

鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌的群体分化研究

结合形态和线粒体Cyt b数据, 研究了鄱阳湖及洞庭湖定居性鱼类红鳍原鲌的6个地理群体(湖口群体、星子群体、都昌群体、鄱阳群体、余干群体和洞庭湖群体)共186尾样本的群体分化情况. 形态分析结果显示地理群体间形态差异较小. 遗传分析结果中, 群体间遗传分化指数(Fst) 为-0.00567-0.33429, 显示群体间存在较大遗传差异, 而单倍型分布和分子变异分析(AMOVA)也得到相似的结果. 根据群体遗传距离构建的系统树, 6个群体分为两大支: 洞庭湖群体与其他群体距离最远, 单独聚为一支; 星子、都昌、鄱阳和余干4群体聚成另一支, 而湖口群体处于两支的过渡位置. 因此, 群体间已产生显著遗传分化, 且主要体现在洞庭湖和鄱阳湖各群体间. 综合上述分析结果及红鳍原鲌的生活习性认为, 鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌群体间的遗传分化是红鳍原鲌定居性的生活习性导致不同地理群体间长期的群体隔离、缺乏基因交流的结果.       

广东韩江潮州江段鱼类多样性及季节变化

为了解韩江潮州江段鱼类生物多样性及季节变化, 2012年5月至2013年4月, 采用定置刺网和地笼网对韩江潮州江段5个样点开展了渔获物调查。共采集鱼类53种, 隶属8目19科48属, 以鲤形目和鲈形目为主, 分别为27种和11种, 占总种数的50.9%和20.8%; 其中13种为该水域新记录种; 广东鲂(Megalobrama terminalis)、福建小鳔鮈(Microphysogobio fukiensis)、赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)和鲮(Cirrhinus molitorella)为全年优势种。Shannon-Wiener多样性指数(H')、Pielou均匀度指数(E)和Margalef种类丰富度指数(D)均表现出夏季最高, 其后依次是秋季、冬季、春季; Simpson指数(D')秋季最高, 其后是夏季、冬季、春季; Bray-Curtis尾数/种类相似性系数聚类分析和非度量多维标度分析在38.23%的水平上将12个月分为2个群聚: I包括夏、秋季节6个月, II包括春、冬季节6个月, 这与多样性指数H'、E、D和D'的变化趋势一致, 表明韩江潮州江段鱼类资源的季节变化显著, 水温和流量是影响该江段鱼类资源的主要环境因子。10个主要物种被聚合为两大类群, 分别为季节性出现的小型鱼类和常见种。我们认为保护栖息环境、建立适宜的禁渔制度是保护该江段鱼类资源的关键措施。     

草鱼肠道纤维素降解细菌的分离与鉴定简

为更好地弄清草鱼(Ctenopharyngodon idella)肠道纤维素降解细菌的种类,采用羧甲基纤维素(CMC)作为唯一碳源的选择性培养基,分别从草鱼肠道内容物和肠道黏膜中分离到了40株产纤维素酶细菌。16S rRNA基因序列的分析结果显示,大多数产纤维素酶细菌为气单胞菌属(Aeromonas)的种类,其次为肠杆菌属(Enterobacter)的细菌以及未经分离纯培养的细菌(Uncultured bacterium)。进一步研究细菌产纤维素酶能力发现,纤维素酶活性显著性高于其他菌株的分别是A.veronii MC2、A.veronii BC6、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)中一种未经分离纯培养的细菌BM3(Uncultured bacterium BM3)和A.jandaei HC9。草鱼肠道中简答气单胞菌(A.jandaei)、类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)、阴沟肠杆菌(E.cloacae)以及产气肠杆菌(E.aerogenes)是被作为产纤维素酶细菌的首次报道。     

草鱼肠道酸碱度的研究

胃肠道是一个复杂的消化系统, 每一部分都具有独特的生理特征。酸碱度(pH)是消化道重要的生理指标之一, 其对营养物质的消化、吸收和肠道微生物的生长等具有重要影响。为了研究草鱼在食物消化过程中, 肠道的酸碱度变化, 测定了草鱼肠道食物糜、肠液和黏膜的pH。结果显示, 随着食物的消化, 它们的pH都有下降的趋势。肠道食物糜pH在6.86±0.24到8.43±0.10之间, 肠液pH在7.14±0.22到8.63±0.02之间, 相同时间点相同肠段两者之间的pH差异很小, 并且在实验期间两者的pH变化趋势相同。黏膜pH在6.23±0.04到6.7±0.13之间, 为弱酸性。除了时间点12h外, 相同时间点和相同肠道部位黏膜的pH与食物糜、肠液的pH相比均有显著性差异(P<0.05)。分析发现草鱼摄食食物的pH与上述三相的pH之间均有显著性差异(P<0.05), 研究结果为草鱼消化生理及营养学研究提供了基础资料。