基于nLSU rDNA序列分析探讨侧耳属系统发育关系

以PCR产物直接测序分析了侧耳属（Pleurotus）27个种41个茵株的nLSU rDNA序列,以Hohenbuehelia serotina和Lentinula edodes为外群,运用MEGA3．1软件中的邻接法（neighbor—joining）和最大简约法（maximums parsimony）分别构建侧耳属的系统发育树。分子系统发育树表明：Coremiopleurotus组和Pleurotus属内单、二系茵丝系统均为多系起源;P．rattenburyi,刺芹侧耳种族群（P．eryngii species—complex）与被划分在Lepiotarii组的栎侧耳P．dryinus能与侧耳属其他成员明显分开;红侧耳P．djamor、桃红侧耳P．salmoneostramineus、扇形侧耳P．flabellatus与贝盖侧耳P．calyptratus关系密切;金顶侧耳P．citrinopileatus与P．euosmus聚在一起,而与黄白侧耳P．conucopiae为不同的分类单元;肺形侧耳P．pulmonarius与P．abieticale亲缘关系较近。     

CO1在侧耳属物种快速鉴定中的应用

以侧耳属Pleurotus15个种的15个菌株为材料,根据GenBank上侧耳属细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因（cytochrome c oxidase subunit 1 gene,CO1）序列信息,设计引物CO332F、CO332R,进行第一轮PCR扩增,结果显示所有菌株都能得到单一条带,根据条带大小,15个菌株可分为4组。随后针对每个种设计特异性引物,进行第二轮PCR扩增,结果显示每个菌株只有在自己特异的引物中出现目的条带。通过两轮扩增,根据扩增条带的大小和有无,即可对15个种进行快速鉴定。     

香菇三个功能基因部分序列的单核苷酸多态性分析

以15个香菇栽培品种为材料,对尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)进行了部分序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。结果表明,测序中出现的双峰,是菌丝双核体细胞中两细胞核之间的差异造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共发现48处多态性位点,发生频率为1/65bp,其中36个属于转换、12个为颠换。从群体发生频率上,38个属于超过10%的常见SNP,10个属于罕见SNP。不同基因的SNP发生频率不同,uck1、mapk和exg1的SNP发生频率分别为1.40%、0.82%和2.41%。外显子区SNP数量高于内含子,3个基因在外显子区域分布28个,内含子分布20个。外显子的28个SNP位点中,11个为错义突变,17个为同义突变。错义突变引起了编码氨基酸的改变。对SNP位点的聚类分析表明,15个栽培品种间存在的多态性位点在1–36之间,15个品种的SNP类型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品种的鉴别。